Кіріспе
Ағылшын футболшысы
Челси
Харли мансабын «Челсиде» бастады, 1998 жылдың сәуірінде «Дерби Каунтиге» қарсы тұңғыш ойынын өткізді. Ол бірнеше жақсы ойын көрсеткенімен, әсіресе 1999–2000 маусымында, «Челсидің» ФА кубогын жеңген құрамында болды, бірақ финалда пайдаланылмаған қосалқы ойыншы ретінде қалып қойды. Лондондық клубта өзін бекемдей алмады. «Челси» сапында 42 матч өткізіп, екі гол соқты, екеуі де 1999–2000 жылғы Англия Премьер-лигасында «Уотфорд» және «Лидс Юнайтед» клубтарына қарсы жеңіс голдары болды. Ол сондай-ақ «Уимблдонға» жалға берілді, онда екі гол соқты, екеуі де дебюттік матчында «Крю Александра» клубына қарсы 4–0 есебімен жеңіске жеткен кезде соғылған. «Челсидегі» соңғы маусымында Харли Селестин Бабаяро мен Грейм Ле Соктан кейін үшінші нөмірлі ойыншы болды.
Фулхэм
Ол 2001 жылдың тамызында жаңадан бірінші лигаға көтерілген "Фулхэм" клубымен 3,5 миллион фунтқа келісім шарт жасасты. Харли "Фулхэм" құрамында өзін бекемдей алмады, бірақ "Астон Виллаға" қарсы өткен ойында 40 ярдтық әдемі соққымен Питер Энкельманды жеңіп, керемет гол соқты. Бұл үш маусымдағы 19 лигалық ойында ол соққан жалғыз голы болды. Ол "Шеффилд Юнайтедке", содан кейін "Вест Хэм Юнайтедке" жалға берілді, онда дебюттік матчында "Шеффилд Юнайтедке" қарсы 3:3 есебімен тең түскен кезде бір гол соқты.
Шеффилд Юнайтед
2004 жылғы маусымда ол "Шеффилд Юнайтед" клубына тегін трансфер бойынша толыққанды келісімшарт бойынша қосылды, үнемі ойынға түсіп, екі гол соқты.
Бернли
Бір жылдан кейін ол алғашқыда 75 000 фунт стерлингке «Бёрнли» клубына ауысты, ал одан әрі төлемдер негізгі құрамдағы ойындарына байланысты болды. Харли клубтың бірінші нөмірлі сол жақ қорғаушысы ретінде бекінді, бірқатар әсерлі ойындар көрсетті. Ол шабуылға құлшынып ойнайтын және жиі сол қанаттан шабуылға көмектесетін футболшы ретінде танымал. Харли сонымен қатар керемет стандарттық жағдайларды орындаушы және «Бёрнли» клубының көптеген бос соққыларын ұйымдастыруда маңызды рөл атқарды. Оның қабілетіне қарамастан, маусым ортасында формасы төмендеді, бірақ кейін қалпына келіп, маусымды бірқатар сенімді ойындармен аяқтады, нәтижесінде «Маусымның үздік ойыншысы» сыйлығын жеңіп алды. Ол «Бёрнли» клубындағы екінші маусымында дерлік барлық ойындарда қатысты. 2007–08 маусымының басында Харли бұрынғыдан өзгеше сол жақтан жартылай қорғаушы немесе қосалқы құрамда ойнады, оның орнына жаңа ойыншы Стивен Джордан келді. Джорданның жарақаттануы оған орнын қайта иеленуге мүмкіндік берді, бұл «Бёрнли» клубының нәтижелерін жақсартумен сәйкес келді. Алайда, 2008 жылдың 9 наурызында Харли «Бёрнли» клубымен жаңа келісімге келе алмады, бұл келесі жазда клубтан кету ниетін білдірді.
Уотфорд
2008 жылдың 17 шілдесінде Харли Уотфордпен екі жылдық келісімшартқа қол қойды. 2008 жылдың 4 қазанында ол Уотфорд сапындағы алғашқы лигалық голын соқты, Престон Норт-Эндке қарсы үйде өткен ойынның 12-ші минутында көзге түсті. Уотфорд бұл ойында 2:1 есебімен жеңіске жетті.
Ноттс округі
2010 жылдың 14 шілдесінде Харли Футбол Лигасы Екінші дивизионының чемпионы "Ноттс Каунти" клубымен екі жылдық келісімшартқа қол қойды және 2010–11 маусымда команданың негізгі ойыншысы болды. 2011 жылдың қыркүйегінде ол Австралия А лигасының "Мельбурн Виктори" клубында толық уақытты келісімшартқа ие болу үшін ойнады, алайда келісім шартқа қол қою жолы болмады. 2011 жылдың қазан айында ол Лига Екінші дивизионының "Ротерхэм Юнайтед" клубына бір айлық шұғыл несиеге келді, ол қараша айында 2012 жылдың қаңтарына дейін ұзартылды. 2012 жылдың мамыр айында клуб оны және тағы 12 ойыншыны босатты.
Портсмут
2012 жылдың 16 тамызында Харли қысқа мерзімді келісімшартқа Лига 1-дегі «Портсмут» клубына қосылды. Харли Лига 1 матчтарының бірінде «Борнмутқа» қарсы дебют жасады, бұл ойын 1–1 есебімен аяқталды. 2012 жылдың 24 қазанында «Стивенэйдж» клубымен өткен сыртқы ойында 2–1 есебімен жеңіліске ұшырағанда «Портсмут» сапындағы жалғыз голын соқты. 2013 жылдың 15 қаңтарында ол тағы бес ойыншымен бірге клубтан босатылды.
Мейдстоун Юнайтед
2013 жылдың 13 наурызында Харли туған қаласының клубы – «Мейдстоун Юнайтед» командасымен келісімшартсыз келісім жасады, сонымен қатар «Челси» академиясының жасөспірімдер жаттықтырушысы болып жұмыс істеді.
Портсмут
Джон Харли 2023 жылдың 16 ақпанында Джон Мусинхоның ассистент бапкері болып тағайындалды.