Кіріспе
Америкалық футболшы (1979 жылғы)
Чикагодағы өрт
UCLA-да колледж футболын ойнағаннан кейін Боканегра МЛС-пен 40 жобалық келісімшартқа қол қойды және 2000 жылғы MLS SuperDraft-та төртінші нөмірмен «Чикаго Файр» командасына таңдалып алынды. Ол жылдың көп бөлігін «Файр» командасында өткізді, сондай-ақ «Проект 40» командасында екі ойынға жалға берілді. Ол MLS чемпионатына жеткен және Lamar Hunt U.S. Open Cup-ты жеңіп алған команда үшін MLS Жылдың жаңа ойыншысы сыйлығын жеңіп алды. Ол MLS-тегі үздік қорғаушылардың біріне айналды, 2002 және 2003 жылдары MLS Жылдың қорғаушысы сыйлығын екі рет жеңіп алған тұңғыш ойыншы болды. Боканегра МЛС-те төрт жыл бойы бес гол соғып, сегіз нәтижелі пас берді.
Фулхэм
Боканегра 2004 жылдың қаңтар айында «Фулхэм» клубына қосылды, ол тез арада жанкүйерлердің сүйіктісіне айналып, «Шакал» және «Қара жылан» деген лақап есімдерін алды. «Фулхэм» сапында Боканегра көбінесе орталық қорғаушы ретінде, сондай-ақ сол жақ қорғаушы және қысқа мерзімге орталық жартылай қорғаушы болып ойнады. 2006–07 жылғы Премьер-лига маусымында ол бес гол соғып, «Фулхэмнің» екінші үздік мергені болды, ал америкалық Брайан МакБрайд бес голдан асып түсті. 2007 жылдың 1 қыркүйегінде Боканегра «Фулхэмді» Премьер-лига матчында алғаш рет капитан ретінде жетектеді, нәтижесі 3:3 есіммен «Тоттенхэм Хотспурмен» тең түсті. 2007 жылдың 15 қыркүйегінде ол Премьер-лигадағы 100-ші ойынын «Виган Атлетикке» қарсы өткізді, барлық ойындар «Фулхэм» сапында болды. 2008 жылдың 23 мамырында «Фулхэм» клубы оны босатып жіберді.
Ренн
Боканегра 2008 жылдың маусым айында «Ренн» клубымен келісімшарт жасасты. Ол АҚШ құрамасындағы 3 нөмірлі жейдесін алды. Боканегра Франциядағы алғашқы маусымында жақсы өнер көрсетіп, барлық 38 лигалық ойында қатысты. 2009 жылдың 8 наурызында «Ренн» клубы «Осер» клубын 2:0 есебімен жеңіп, ол өзінің алғашқы лигалық голын соқты. Сонымен қатар, ол УЕФА кубогында да гол соқты және клубтың Франция кубогының барлық ойындарында негізгі құрамда шықты. Олардың ішінде 2009 жылдың 9 мамырында «Франс стадионында» өткен Франция кубогының финалында «Гингампқа» қарсы ойында 69-шы минутта «Ренн» клубының алғашқы голын соқты.
Сент-Этьен
2010 жылдың 16 шілдесінде Боканеграны 1-ші лигадағы "Сен-Этьен" клубы 400 000 фунт стерлингке сатып алды. Ол 2010 жылғы ФИФА әлем чемпионатында АҚШ құрамасының капитаны болған кезде 3-ші нөмірлі жейде киген. Боканегра клуб сапындағы дебютін маусымның ашылу ойынында ПСЖ-ға қарсы өткізіп, 3:1 есебімен жеңіліске ұшырады. 2010 жылдың 5 желтоқсанында ол клуб үшін алғашқы голын соқты, Бордоға қарсы өткен матчта 2:2 тең түсті; ал екінші голын "Дерби ду Рон" матчында енгізді, бірақ бұл "Сен-Этьенге" жеңіске жетуге көмектеспеді, команда 4:1 есебімен жеңіліске ұшырады. Боканегра алғашқы маусымында негізгі құрамда жиі пайдаланылды. 2010 жылдың 17 қазанында "Ниццаға" қарсы өткен матчта Боканегра мойынның шағылысу жарақатын алды, ол оны үш аптаға алаңнан шығарды. 2011–12 маусымында Лоик Перриннің жоқтығына байланысты Боканегра уақытша капитандыққа тағайындалды, маусымның ашылу ойынында "Сен-Этьен" Бордоны 2:1 есебімен жеңді. Бұл оның жалғыз ойыны болды. Ол "Рейнджерс" клубына өтуімен байланысты болды, бірақ "Сен-Этьен" оны сатпайтынын ескертті.
Рейнджерлер
2011 жылдың 17 тамызында Боканегра шотландиялық «Рейнджерс» клубына қосылды, үш жылдық келісімшартқа қол қойды, трансфер сомасы жарияланбады. Боканегра 2011 жылдың 18 тамызында УЕФА Еуропа лигасының іріктеу кезеңінде «НК Марибор» клубына қарсы «Рейнджерс» сапындағы тұңғыш ойынын өткізді. Оның осы матчқа қатысуы кейіннен дау тудырды, себебі «Марибор» клубы Боканеграның қатысу құқығына қатысты УЕФА-ға шағымданып, оның қажетті рұқсаттары мен құжаттарының бар-жоғын сұрады. УЕФА 24 тамызда бұл шағымды қабылдамады, өйткені «Марибор» клубы матч өткеннен кейінгі 24 сағат ішінде наразылық білдірмеген. Клуб басшысы кейін «Марибордың» Боканеграның қатысу құқығына қатысты шағымын «мағынасыз әрекет» деп сипаттады. Боканегра «Рейнджерс» сапындағы алғашқы голын «Марибормен» өткен екінші матчта соқты, бірақ «Рейнджерс» турнирден жалпы есеп бойынша 3:2 есебімен шығып қалды. Боканегра клуб сапындағы алғашқы лигалық голын 24 қыркүйекте «Данфермлин Атлетик» клубына қарсы өткен матчта (4:0) соқты. Оның екінші голы үш айдан кейін, 2011 жылдың 17 желтоқсанында «Инвернесс Каледония Тистл» клубына қарсы өткен матчта (2:1) тіркелді. Боканегра орта қорғаушы серігі Дорин Гоянмен жақсы тізімдеме жасағаннан кейін жанкүйерлердің сүйіктісіне айналды. «Рейнджерс» жанкүйерлері оны «Капитан Америка» деп атады және ол 2012 жылдың 8 қаңтарында Шотландия кубогында «Арброат» клубына қарсы өткен матчта (4:0) алғаш рет «Рейнджерс» капитаны болды. Маусым барысында «Рейнджерс» қаржылық қиындықтарға байланысты және HMRC-мен болған дау-жанжалдардың нәтижесінде әкімшілікке түсті, бұл 10 ұпайдан айырылуға әкелді. Боканегра осы оқиға туралы «қорқынышты тәжірибе» деп сипаттап, ойыншыларды көңілсіз жанкүйерлерге қуаныш сыйлауға шақырды. Ол клубта қалу ниетін де білдірді, өзінің онда бақытты екенін айтты. 2012 жылдың 25 наурызында «Олд Фирм» дербисінде 3:2 есебімен жеңіске жеткен кезде Боканегра Георгиос Самарасқа жасаған бұзушылық үшін тікелей қызыл карточка алды. «Рейнджерс» клубы әкімшілікке түскеннен кейін, 2012 жылдың маусымында компанияның активтері, оның ішінде ойыншылардың келісімшарттары Чарльз Гриннің консорциумына сатылды. Көптеген ойыншылар осы жағдайға байланысты клубты тастап кетті, бірақ Боканеграның болашағы белгісіз болды, себебі ол жаттығуларға қатыспады, жоғары деңгейде ойнау үшін клубтан кетуге ниеттенді. Бірнеше аптадан кейін, 2012 жылдың 29 шілдесінде МакКоист Боканеграны «Челлендж Кубогының» бірінші турында «Бречин Сити» клубына қарсы өткен матчта (2:1) капитан етіп тағайындады. Матчтан кейін Боканегра клубтан кетпеуге ант беріп, қалуға ниетті екенін мәлімдеді. Ол маусымның басында алты матчта алаңға шықты. Ұлттық құрамаға шақырылмағаннан кейін Боканегра халықаралық карьерасын жалғастыру мақсатында «Расинг де Сантандер» клубына маусымдық негізде жалға берілді.
Жарыс санаткері
2012 жылдың 31 тамызында Боканегра Испанияның Сегунда Дивизионындағы "Расинг Сантандер" клубына маусымдық несиеге өтті. Боканегра несиелік келісімшарты аяқталғаннан кейін "Рейнджерс" клубына қайта оралуды қалайтынын айтты. 2012 жылы 22 қыркүйекте ол "Мирандес" клубымен 1:0 есебімен өткен ойында клуб сапында тұңғыш рет алаңға шықты. Алайда, Сантандердегі уақыты "апатты" деп бағаланды, себебі ол қалған матчтардың бірінен де бастап ойнамады, бірақ тұрақты түрде ойынға қосылып, қосалқы құрамда ойнады. Клуб келесі дивизионға түсіп қалды. 2013 жылдың 9 сәуірінде Карлос өзінің Twitter парақшасында 2013–14 маусымында "Рейнджерс" клубына қайта оралатынын жариялады. Оның қайта оралуын жариялағаннан кейін, АҚШ Ұлттық құрамасының бас жаттықтырушысы Юрген Клинсманн Карлосты келесі маусымда "Рейнджерс" сапында ойнамауға ескертті.
Chivas АҚШ
2013 жылдың жазында Боканегра «Рейнджерс» клубын тастап, «Чивас ЮСА» клубымен келісімшарт жасасты. «Чивас ЮСА» оның қолтаңбасын алу үшін «Торонто ФК» клубымен құралымдық таңдау ретін ауыстырды, соның шарты бойынша 2015 жылғы MLS SuperDraft бірінші айналымының таңдау құқығы және халықаралық слот канадалық клубқа жіберілді. Боканегра 2014 жылғы MLS маусымының соңында карьерасын аяқтады.
Халықаралық мансап
Боканегра 1999 жылғы ФИФА жастар арасындағы әлем чемпионатында АҚШ құрамасы сапында ойнады және 2001 жылғы 9 желтоқсанда Оңтүстік Кореяға қарсы АҚШ құрамасының сапында тұңғыш рет алаңға шықты. 2003 жылы ол команданың маңызды ойыншысына айналып, 2003 жылғы Алтын кубокта өзінің орнын нығайтып, сол жылы өткен он үш ойында барлық қорғаушылардың ішінде ең көп ойынға қатысты. 2005 жылғы әлем чемпионатына іріктеу кезінде ұлттық құрамадағы оның рөлі ашық болмады, себебі ол орталық және сол жақ қорғаушы позицияларын кезекпен ауыстырды. 2006 жылғы 2 мамырда Боканегра Германияда өткен әлем чемпионатының құрамасына шақырылды. 2006 жылғы әлем чемпионатында ол сол жақ қорғаушы ретінде үш ойынның екеуін бастады. Боканегра бас жаттықтырушы Боб Брэдлидің басшылығымен АҚШ құрамасының бірінші капитаны болды. Боканегра ұлттық құраманы алғаш рет 2007 жылғы 2 маусымда Қытайға қарсы өткен жолдастық ойында 4:1 есебімен жеңіске жеткізгенде капитандыққа тағайындалды. Боканегра 2009 жылғы 24 маусымда ФИФА Конфедерациялар кубогының жартылай финалында әлемдік рейтингте бірінші орында тұрған Испанияны ұтып, жеңіске жеткен АҚШ құрамасына жетекшілік етті. Ол 2010 жылғы ФИФА әлем чемпионатында да лидерлік рөлін жалғастырды, Англия мен Словенияға қарсы сол жақ қорғаушы ретінде, ал Алжир мен Ганаға қарсы сол жақ орталық қорғаушы ретінде ойынды бастады. 2011 жылғы 15 қарашада Боканегра Словенияға қарсы өткен жолдастық ойында 100-ші халықаралық матчын өткізіп, 100 матчтық клубқа қосылды. 2013 жылғы наурызда Боканегра әлем чемпионатына іріктеудің соңғы кезеңіне алдын ала құрамаға енгізілді, бірақ ол соңғы тізімге ілікпеді. Боканеграның іріктеуден толықтай шеттелуі, оның клубтағы тұрақсыз жағдайына байланысты, Клинт Демпсидің USMNT капитаны болып тағайындалуына әкелді. Содан кейін Боканегра 2013 жылғы Алтын кубок немесе 2014 жылғы әлем чемпионатында команда құрамына енбеді.
Ойын-сауық мансабынан кейін
Боканегра 2015 жылдың наурызында «Атланта Юнайтед» клубының техникалық директоры болып тағайындалды. 2017 жылдың қазан айында ол клубпен жаңа төрт жылдық келісімшартқа қол қойды, сонымен қатар оның лауазымына вице-президент атағы да қосылды. 2018 жылдың сәуір айында ол АҚШ Футбол федерациясының Техникалық даму комитетінің тең төрағасы болып тағайындалды. 2020 жылдың қыркүйегінде Боканегра Ұлттық футбол даңқы залына енгізілді.