Кіріспе

Геномдық деректерді талдауға арналған бағдарламалық жоба. Bioconductor – молекулалық биологиядағы ылғалды зертханалық тәжірибелер нәтижесінде алынған геномдық деректерді талдау және түсіну үшін жасалған тегін, ашық кодты және ашық дамытылатын бағдарламалық жоба. Bioconductor негізінен статистикалық R бағдарламалау тіліне негізделген, бірақ басқа бағдарламалау тілдеріндегі үлестер де бар. Жылына екі рет, R-дің жарты жылдық жаңа нұсқаларымен бірге жаңа нұсқалар шығарылады. Кез келген уақытта қолданыстағы нұсқа (release version) және дамытылып жатқан нұсқа (development version) болады, олар тиісінше R-дің жаңа және дамытылып жатқан нұсқаларына сәйкес келеді. Көптеген пайдаланушылар үшін қолданыстағы нұсқа өз қажеттіліктеріне жеткілікті болады. Сонымен қатар, әртүрлі микромассивтерге бағытталған, бірақ оған ғана шектелмейтін, көптеген геномдық аннотация пакеттері қолжетімді. Биологиялық деректерді түсіндіруге арналған есептеу әдістері дамып келе жатқандықтан, Bioconductor жобасы R бағдарламалау ортасында жасалған статистикалық құралдардың кең жиынтығын қамтитын ашық кодты бағдарламалық репозиторий болып табылады. R-дің бай статистикалық және графикалық мүмкіндіктерін пайдалана отырып, әртүрлі деректерді талдау қажеттіліктерін қанағаттандыру үшін көптеген Bioconductor пакеттері әзірленді. Бұл пакеттерді пайдалану R бағдарламалау/командалық тілін негізгі деңгейде түсінуге көмектеседі. Осының нәтижесінде, күшті есептеу базасы бар R және Bioconductor пакеттерін көптеген биологтар қолданады, олар деректерді талдау мүмкіндігінен айтарлықтай пайда көреді. Бұл нәтижелер биологтарға бағдарламалау білімі болмаса да геномдық деректерді талдауға оңай қол жеткізуге мүмкіндік береді. Жоба 2001 жылдың күзінде басталды және оны негізінен Фред Хатчинсон қатерлі ісіктерді зерттеу орталығындағы Bioconductor негізгі тобы басқарады, ал оның басқа мүшелері халықаралық мекемелерден келген.

Пакеттер

Bioconductor компоненттерінің көпшілігі R пакеттері түрінде таратылады, олар R үшін қосымша модульдер болып табылады. Бастапқыда Bioconductor бағдарламалық жасақтамасының көп бөлігі бір арналы Affymetrix және екі немесе одан көп арналы cDNA/Oligo микромассивтерін талдауға бағытталған. Жоба дамыған сайын, бағдарламалық қамтамасыз ету пакеттерінің функционалдық көлемі SAGE, тізбек немесе SNP деректері сияқты геномдық деректердің барлық түрлерін талдауды қамтуға дейін кеңейді.

Басты оқиғалар

Bioconductor-дің әрбір шығарылымы таңдалған R нұсқасымен ең жақсы жұмыс істеу үшін жасалған. Қателерді түзетулер мен жаңартулардан өзге, жаңа шығарылым әдетте пакеттерді қосады. Төмендегі кесте Bioconductor шығарылымын R нұсқасымен байланыстырып, сол шығарылым үшін қолжетімді Bioconductor бағдарламалық қамтамасы пакеттерінің санын көрсетеді.

Нұсқа Шығарылған күні Пакеттер саны R тәуелділігі
3.19 2024 05 01 2300 R 4.4
3.18 2023 10 25 2266 R 4.3
3.16 2022 11 02 2183 R 4.2
3.14 2021 10 27 2083 R 4.1
3.11 2020 04 28 1903 R 4.0
3.10 2019 10 30 1823 R 3.6
3.8 2018 10 31 1649 R 3.5
3.6 2017 10 31 1473 R 3.4
3.4 2016 10 18 1296 R 3.3
3.2 2015 10 14 1104 R 3.2
3.0 2014 10 14 934 R 3.1
2.13 2013 10 15 749 R 3.0
2.11 2012 10 03 610 R 2.15
2.9 2011 11 01 517 R 2.14
2.8 2011 04 14 466 R 2.13
2.7 2010 11 18 418 R 2.12
2.6 2010 04 23 389 R 2.11
2.5 2009 10 28 352 R 2.10
2.4 2009 04 21 320 R 2.9
2.3 2008 10 22 294 R 2.8
2.2 2008 05 01 260 R 2.7
2.1 2007 10 08 233 R 2.6
2.0 2007 04 26 214 R 2.5
1.9 2006 10 04 188 R 2.4
1.8 2006 04 27 172 R 2.3
1.7 2005 10 14 141 R 2.2
1.6 2005 05 18 123 R 2.1
1.5 2004 10 25 100 R 2.0
1.4 2004 05 17 81 R 1.9
1.3 2003 10 30 49 R 1.8
1.2 2003 05 29 30 R 1.7
1.1 2002 10 19 20 R 1.6
1.0 2002 05 01 15 R 1.5