Биоинформатика Базалары
-
Биологиялық деректерді есептеу арқылы талдау
Биоинформатика – биологиялық мәліметтерді талдау және түсіндіру ғылымы. Компьютерлік биология, статистика, бағдарламалау әдістерін қолданады.
-
Протеома: геномдық белсенділік нәтижесінде пайда болатын ақуыз жиынтығы
Протеома – геномдық ақылдықтардың жиынтығы, жасуша, тіндер мен организмде өрнектеледі. Протеомика зерттеуі, жасушалық протеом туралы ақпарат.
-
Протеомдық зерттеулер: ақуыздың кең көлемді талдауы
Протеомика – ірі масштабты ақуыз зерттеуі. Ақуыздардың құрылысы, функциялары, ДНК және иммунитеттегі рөлі туралы біліңіз. 🔬🧬
-
АҚШ Ұлттық Медицина кітапханасының дерекқоры және NCBI туралы мәліметтер
АҚШ Ұлттық медицина кітапханасының NCBI базасы – биотехнология, биомедицина, GenBank және PubMed дерекқоры туралы ақпарат. Биоинформатика құралдары.
-
Ален Институтының Ми Атластары: Гендік экспрессия және нейроанатомияны зерттеу
Ақыл-ой ғылымындағы Аллен атластары: егеуқұйрық және адам миының гендік экспрессия карталары. Зерттеулер нейробиологиялық ауруларды түсінуге көмектеседі. Тегін қолжетімді!
-
Биоақпараттық тізбектер базасы: құрылымы, дамуы және қолданылуы
Биоинформатикадағы тізбектер базасы – ДНК, белок тізбектерін сақтайтын цифрлық дерекқор. UniProt базасы 40 млн-нан астам тізбек сақтайды, іздеу мүмкіндігі бар.
-
Биологиялық дерекқорлар: мазмұны, түрлері және қолданылуы
Биологиялық дерекқорлар: геномика, протеомика, метаболомика сияқты ғылыми зерттеулерден алынған маңызды білімдер қоймасы. Деректерді талдау, іздеу үшін қолданылады.
-
БиоРуби: Есептеу молекулалық биологиясы және биоинформатика кітапханасы
БиоРубин – молекулярлық биология және биоинформатика үшін ашық кодты Ruby кітапханасы. ДНК, белок талдауы, базалармен жұмыс, құрылымдық биология үшін пайдалы.
-
Денсаулық ғылымдарының көп дерекқорлы іздеу жүйесі
Entrez: Медициналық ғылымдар базаларында іздеу! NCBI жүйесі бір сұранышпен көптеген дерекқорларды тезірек қарауға көмектеседі. Деректерді табыңыз!
-
БиоJava: Биологиялық деректерді өңдеуге арналған Java құралдары
BioJava – биологиялық деректерді өңдеуге арналған Java құралдары. ДНК, белок тізбектерін, 3D құрылымдарды талдауға көмектеседі. Ашық кодты бағдарламалық қамтамасыз ету.
-
Биопе́рл: Биоинформатикалық Perl модульдері жиынтығы
BioPerl – биоинформатикалық қолданбалар үшін Perl модульдерінің жиынтығы. Адам геномы жобасында маңызды рөл атқарды. Ашық кодты бағдарламалық құрал.
-
Гендерді болжау: Геном ашудың негізгі қадамдары
Гендік болжам – геном ДНК-сының гендерді кодтайтын аймақтарын анықтау процесі. Биологиялық есептеулерде маңызды, гендерді іздеу және геномды түсінуге көмектеседі.
-
Жасуша ішіндегі молекулалық өзара әрекеттер жиынтығы
Интерактом – жасушадағы молекулалық өзара әрекеттердің толық жиынтығы. Ақуыз-ақуыз өзара әрекеттесулер, гендік байланыстарды қамтиды. Биологиялық желілер.
-
Жасуша транскриптомы: РНҚ молекулалары жиынтығы
Транскриптом – жасушадағы барлық РНҚ молекулалары жиынтығы. Гендердің экспрессиясын зерттеуге, ДНК-дан РНҚ синтезіне қатысты маңызды ақпарат береді.
-
Жасушаның реттеуші компоненттері мен регуломдық жүйесі
Жасушаның реттеуші компоненттері: регулом, гендер, АҚТ, белоктар, метаболиттер өзара әрекеттеседі. Жасушаның қалыпты жұмысы үшін маңызды!
-
Биологиялық үлгідегі кіші молекулалардың толық жиынтығы
Метаболом – биологиялық үлгідегі шағын молекулалар жиынтығы. Ішкі және сыртқы метаболиттер, организмнің химиялық құрамы туралы біліңіз.
-
Биоақпараттық тізбектелген мәліметтерді іздеу құралдары
Биоинформатикадағы тізбектелген профильдеу құралдары – ДНК, РНҚ, белок тізбектері туралы мәліметтерді іздеуге арналған бағдарламалар. Дерекқорларды қарастырып, нәтижелерді жинақтайды.
-
Биологиялық жүйелерді компьютерлік модельдеу
Жүйелік биология: Биологиялық жүйелерді модельдеу, компьютерлік симуляция, метаболизм, гендік реттеу, күрделі байланыстарды талдау – маңызды зерттеулер.
-
Гендік онтология: Биоақпараттық бастама және гендер функциясының біріктірілуі
Гендік онтология (GO) – гендер мен гендік өнімдердің қасиеттерін біріктіретін биоинформатикалық жоба. Функционалдық жіктеу, мәліметтерді талдау құралдары ұсынылады.
-
ДНҚ және РНҚ тізбектерінің халықаралық дерекқоры: ынтымақтастық және ашық қол жетімділік
Жаңа ДНК және РНҚ тізбектерін сақтау үшін INSDC (GenBank, EBI, DDBJ) халықаралық базасы ашық қолжетімді. Тегін деректерді пайдаланыңыз! 🧬🔬
-
Протеин ақылмалары мен функционалдық ақпараттар базасы
UniProt – ақуыз тізбегі мен функциясы туралы ақпараттың тегін базасы. Геномдық жобалардың нәтижелерінен құрастырылған, маңызды биоинформатикалық дереккөз.
-
Ферменттердің толық ақпараттық жүйесі BRENDA
БРЕНДА – ферменттердің толыққанды онлайн базасы. Химиялық реакциялар, кинетикалық қасиеттер туралы мәліметтер ғылыми әдебиеттерден алынған.
-
Протеин ақпараттық ресурсы: тарихы мен жетістіктері
Протеин ақпараттық ресурсы (PIR): геномдық зерттеулер, аминқышқыл тізбектері, эволюциялық тарих. 1984 жылдан бері қолдау көрсетуде! 🔍🧬🔬
-
Еуропалық Биоақпараттық Институты: Зерттеулер мен қызметтер орталығы
Еуропалық биоинформатика институты (EMBL-EBI) – биоинформатика зерттеулер, деректер базалары (Ensembl, UniProt) және ғылыми оқыту орталығы. Геномдық деректер!
-
Адам геномының функционалдық элементтерін зерттеу консорциумы
Адам геномының функционалдық элементтерін анықтау мақсатындағы ENCODE жобасы туралы ақпарат. Геномдық деректер, құралдар мен әдістерге қол жеткізіңіз.
-
Егешқұйрық геномының дерекқоры
Жыртқыштар геномының базасы: геномдық, генетикалық, физиологиялық деректер, сондай-ақ адам, егеуқұйрықпен салыстыру. Зерттеушілерге қолдау!
-
Геномдық деректерді талдауға арналған бағдарламалық құралдар жиынтығы
Биокондуктор: геномдық деректерді талдауға арналған ашық кодты бағдарламалық құрал. R тілінде, микромассивтарға қолдау көрсетіледі. Жаңа нұсқаулар жылда 2 рет шығады.
-
Геномдық есептеулер және биологиялық мәліметтерді талдау
Геномдық есептеулер: ДНК, РНҚ сақалдарын талдау, гендердің функциясын түсіну, және биологиялық деректерді зерттеу. Биоинформатика, геномика саласы.
-
Химилық қосылыстар мен биоактивтіліктердің ақпараттық базасы
PubChem – химиялық қосылыстар мен биологиялық талдаулар туралы ақпараттық база. Тегін қол жетімді, миллиондаған молекулалар мен деректерді жүктеуге болады.
-
Иммунологияда биоинформатикалық тәсілдер
Иммунология және биоинформатика: геномдық зерттеулер, есептеу әдістері, иммундық жүйені түсіну, ауруларға қарсы препараттар әзірлеу.
-
Метаболизмдік желілерді модельдеу және реконструкциялау
Метаболикалық желілерді модельдеу – организмнің молекулалық механизмдерін зерттеу, геномды физиологиямен байланыстыру. Өсім, геналық қажеттілік талдауға көмектеседі.
-
Биоақпараттық дерекқорлар жинағы: KEGG жүйесі
KEGG дерекқоры: геномдар, жолдар, аурулар, дәрілер туралы ақпарат. Биоинформатика зерттеулері, геномика, метаболомика үшін пайдалы ресурс. 🧬🔬
-
Өсімдік феномикасы: зерттеулер, технологиялар және халықаралық ынтымақтастық
Феномика – организмнің қасиеттерін зерттеу ғылымы. Биология, деректер ғылымы, инженерияны біріктіреді. Геном мен ортаның әсерін анықтайды.
-
Метаболизмдік желілерді модельдеудегі Флюкс баланстық талдау (FBA) әдісі
Метаболизмдік желілерді модельдеуде FBA талдауы – тиімді әдіс. Шамалы деректермен жүргізіледі, жылдам есептелінеді, өнімділікті арттырады (этанол, сүтті қышқыл).
-
Амос Байрох: Швейцариялық биоинформатика ғалымы және протеин зерттеулерінің пионері
Амос Байрох – Женева университетінің биоинформатика профессоры, CALIPHO тобының жетекшісі. Протеиндерді талдау, базалар мен бағдарламалық құралдар жасаумен айналысады.
-
Молекулалық бірліктердің химиялық базасы мен онтологиясы
ChEBI: Биологиялық маңызы бар химиялық қосылыстардың базасы. Химиялық құралымдар, номенклатура, биоактивтілік туралы ақпарат. IUPAC стандарттарымен сәйкес.
-
Биологиялық өзара әрекеттесулердің жалпы репозиторийі (BioGRID)
BioGRID: Ақуыз өзара әрекеттесулері, генетикалық байланыстар туралы мағлұматтар базасы. Зерттеулер үшін толыққанды деректер қоры. NIH, CIHR қолдауымен.
-
Геномдық шолулар: Құралдар мен қолданыстары
Адам геномының толық секвенциясы геномиканы дамытты. Гендерді, эволюцияны зерттеу үшін қолжетімді құралдар қажет. Геном браузері маңызды!
-
Биологиялық жолдардың Reactome базасы
Reactome – биологиялық жолдардың тегін онлайн базасы. Жолдарды толық механикалық тұрғыдан көрнекілейді, деректерге қолжетімділік қамтамасыз етеді. Ғылыми зерттеулер үшін ашық дереккөз!
-
Genevestigator: Гендік экспрессия дерекқоры және талдау құралдары
Genevestigator: Гендік экспрессия дерекқоры, зерттеушілерге жаңа мақсаттарды анықтауға, биомаркерлерді табуға және гендік өзгерістерді түсінуге көмектеседі.
-
OBO Foundry
-
Sequerome