Кіріспе

Linux-та биоинформатикалық бағдарламалық жасақтамамен айналысатын жобалар

БиоLinux – Linux платформасында биоинформатикалық бағдарламалық жасақтамаға қолжетімділікті жеңілдетуге бағытталған түрлі жобаларда қолданылатын термин. Бұл жобалар келесі әдістердің бірін немесе бірнешесін пайдаланады:

Толыққанды жүйелерді ұсыну
Биоинформатикалық бағдарламалық жасақтама қоймаларын ұсыну
Стандартты дистрибутивтерге биоинформатикалық пакеттерді қосу
Биоинформатикалық бағдарламалық жасақтамасы қосылған тікелей DVD/CD дискілері
Қоғамдастық құру және қолдау жүйелері

Қазір Linux жүйелерінде де, басқа Unix жүйелерінде де ұқсас мақсаттарға қол жеткізуге бағытталған көптеген жобалар бар, олардың ішінен кейбіреулері төменде келтірілген. Сондай-ақ, Канадалық биоинформатикалық көмекші жаңалықтарында Linux негізіндегі кейбір жобалар туралы толық мәліметтер бар.

Apple/Mac

Көптеген Linux пакеттері Mac OS X-пен үйлесімді, және Mac OS X жүйесінде жұмыс істейтін компьютерге таңдалған Linux пакеттерін (биоинформатикалық бағдарламалық қамтамасын қоса алғанда) орнатуды жеңілдетуге бағытталған бірнеше жоба бар. (дерегі?)

BioArchLinux-тің атауы

BioArchLinux қоймасы Arch Linux және Arch Linux негізіндегі дистрибутивтер үшін 3770-нен астам пакетті қамтиды.

Debian-тың атауы

Debian көптеген академиялық мекемелерде қолданылатын тағы бір өте танымал Linux дистрибутиві, сонымен қатар кейбір биоинформатиктер осы дистрибутив үшін deb форматында өздерінің бағдарламалық пакеттерін қолжетімді еткен.

Қызыл шапқын

Пакет репозиторийлері, әдетте, биоинформатиктің қолданатын Linux дистрибутивтеріне қатысты. Биоинформатикалық жұмыстарда Linux-тың көптеген нұсқалары кең таралған. Fedora – Red Hat коммерциялық жүйесінің тегін таратылатын нұсқасы. Red Hat корпоративтік әлемде кеңінен қолданылады, себебі олар коммерциялық қолдау және оқу пакеттерін ұсынады. Fedora Core – Red Hat-тың қауымдық қолдауымен жасалған нұсқасы және Red Hat жүйесін ұнататындардың, бірақ коммерциялық қолдау қажет етпейтіндердің арасында танымал. Көптеген биоинформатикалық қолданбалардың пайдаланушылары Fedora-мен жұмыс істеуге арналған RPM (Red Hat пакеттік форматы) пакеттерін жасады, оларды Red Hat Enterprise Linux жүйелеріне де орнатуға болады. Mandriva және SUSE сияқты басқа дистрибутивтер де RPM-ді пайдаланады, сондықтан бұл пакеттер осы дистрибутивтерде де жұмыс істей алады.

Тірі DVD/CD дискілері

Тірі DVD-лер немесе CD-лер биоинформатикалық есептеулерді ұсынудың тиімді тәсілі емес, себебі олар CD/DVD дискінен іске қосылады. Бұл олардың әдеттегі қатты дискіде орнатылған жүйеден баяу жұмыс ілеп, конфигурациялау мүмкіндігінің шектеулі екенін көрсетеді. Дегенмен, олар басқа Linux-қа қолжетімділік болмаған жағдайда жедел шешімдерді ұсынуға ыңғайлы болуы мүмкін, тіпті Linux орнатудың бастапқы негізі ретінде де пайдаланылуы мүмкін.

Қоғамдық құрылымдар мен қолдау жүйелері

Қолдау көрсету және құжаттама әзірлеу кез келген BioLinux жобасының маңызды бөлігі болуы тиіс, осылайша IT маманы емес ғалымдар өздерінің нақты мәселелеріне жылдам жауап таба алады. Білімді ғылыми қауымдастықта тарату үшін қолдау форумдары немесе электрондық пошта тізімдері де пайдалы. Кейбір осындай ресурстар төменде сілтемеленген.