Введение

Проекты, связанные с биоинформатическим программным обеспечением на Linux

BioLinux – это термин, используемый в различных проектах, направленных на упрощение доступа к биоинформатическому программному обеспечению на платформе Linux одним или несколькими из следующих способов:

Предоставление готовых систем
Предоставление репозиториев биоинформатического программного обеспечения
Добавление биоинформатических пакетов в стандартные дистрибутивы
Загрузочные DVD/CD с предустановленным биоинформатическим программным обеспечением
Создание сообщества и системы поддержки

В настоящее время существует множество проектов с аналогичными целями, как на системах Linux, так и на других Unix-подобных системах, и некоторые из них представлены ниже. Обзор этих проектов также содержится в новостной рассылке Canadian Bioinformatics Helpdesk.

Apple/Mac

Многие пакеты Linux совместимы с Mac OS X, и существует несколько проектов, направленных на упрощение установки выбранных пакетов Linux (в том числе биоинформатического программного обеспечения) на компьютер под управлением Mac OS X. (источник?)

BioArchLinux (в переводе с английского)

Репозиторий BioArchLinux содержит более 3770 пакетов для Arch Linux и дистрибутивов, основанных на Arch Linux.

Дебиан

Debian — ещё один очень популярный дистрибутив Linux, который широко используется в различных учебных заведениях, и некоторые биоинформатики распространяют свои программные пакеты для него в формате deb.

Красная Шапка

Хранилища пакетов обычно специфичны для дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике широко распространены различные варианты Linux. Fedora – это свободно распространяемая версия коммерческой системы Red Hat. Red Hat широко используется в корпоративном секторе благодаря предлагаемой коммерческой поддержке и обучающим курсам. Fedora Core – это производная от Red Hat, поддерживаемая сообществом, и она популярна среди тех, кто предпочитает систему Red Hat, но не нуждается в коммерческой поддержке. Многие пользователи биоинформатических приложений создали RPM-пакеты (пакетный формат Red Hat), разработанные для работы с Fedora, которые потенциально можно установить и на системы Red Hat Enterprise Linux. Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE, также используют RPM, поэтому эти пакеты могут работать и на них.

Диски DVD/CD с записью в прямом эфире

Живые DVD или CD не являются оптимальным способом для биоинформатических вычислений, так как они запускаются с привода CD/DVD. Это означает, что они работают медленнее, чем традиционная установка на жесткий диск, и обладают ограниченными возможностями настройки. Тем не менее, они могут быть полезны для оперативного решения задач, когда нет другого доступа к Linux, и даже могут использоваться в качестве основы для установки Linux.

Создание сообщества и системы поддержки

Предоставление поддержки и документации должно быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся специалистами в области информационных технологий, могли быстро находить ответы на свои вопросы. Форумы поддержки или рассылки также полезны для обмена знаниями в научном сообществе. Некоторые из этих ресурсов представлены здесь.