Кіріспе
Компьютерлік химиядағы әдіс. Ішкі координаттық механика (ICM) – молекулалық геометрияны анықтайтын ішкі координаттар кеңістігін (байланыс ұзындығы, байланыс бұрыштары және диэдр бұрыштары) қарастыру арқылы молекулалардың төмен энергиялық конформацияларын болжауға арналған бағдарламалық қамтамасыз ету және алгоритм. ICM-де әрбір молекула кіріс атомнан бастап ағаш тәрізді құрылады, мұнда әрбір келесі атом алдыңғы үш атомынан үш ішкі айнымалы арқылы қайталанған түрде салынады. Сақиналар қатаң ұсталады немесе қосымша шектеулер арқылы белгіленеді. ICM пептидтерді және субстраттар мен коэнзимдермен болатын өзара әрекеттесуді модельдеу үшін қолданылады.
Internal Coordinate Mechanics (ICM) is a software program and algorithm to predict low energy conformations of molecules by sampling the space of internal coordinates (bond lengths, bond angles and dihedral angles) defining molecular geometry. In ICM each molecule is constructed as a tree from an entry atom where each next atom is built iteratively from the preceding three atoms via three internal variables. The rings kept rigid or imposed via additional restraints. ICM is used for modelling peptides and interactions with substrates and coenzymes.
Бағдарламалық жасақтама
ICM сонымен қатар есептеу химиясы және есептеу құрылымдық биологиясы, реттілік талдау және рационалды дәрі-дәрмектерді жобалау сияқты әртүрлі міндеттер үшін бағдарламалау ортасы болып табылады. Бастапқы мақсат – байлам ұзындығы, байлам бұрыштары, бұрылыс бұрыштары және фазалық бұрыштар сияқты ішкі координаттардың кез келген жиынтығына қатысты бірнеше биополимерлердің энергиясын оңтайландыру алгоритмдерін жасау еді. Бастапқы ICM әдісінен дамыған тиімді және жалпы жаһандық оңтайландыру әдісі әлі де бағдарламаның орталық бөлігі болып табылады. Осы негізгі алгоритм пептидтерді болжау, гомологиялық модельдеу және циклдық симуляциялар, икемді макромолекулалық докинг және энергияны жетілдіру үшін қолданылады. Дегенмен, құрылымды болжау және талдаумен байланысты мәселелердің күрделілігі, сондай-ақ қанағаттандыру, ықшамдық және дәйектілікке ұмтылыс бағдарламаның графика, химия, реттілік талдау және деректер базасын іздеу, математика, статистика және кестелерді құру сияқты көршілес салаларға кеңеюіне әкелді. Бастапқы мағынасы тым тар болып қалды, бірақ атауы сақталды. Қазіргі интеграцияланған ICM қабығы жүздеген айнымалылар, функциялар, командалар, деректер базасы және веб-құралдар, құрылымды болжау және талдау үшін жаңа алгоритмдерді қамтиды, бұл оны ICM деп аталатын қуатты, бірақ ықшам бағдарламаға айналдырды. Жеті негізгі сала қабық тілінің және деректерді талдау мен визуализацияның жалпы ядросына бағытталған.