Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Гексамерлік моторлы белок.
Hexameric motor protein
T7 ДНҚ геликазасы (gp4) – T7 фагтарымен кодталған гексамерлік моторлы белок, ол dTTP гидролизінен алынған энергияны пайдаланып, бір бағытта ДНҚ-ны өңдейді, алға жылжығанда екі тізбекті (геликаза) ажыратады. Сонымен қатар, ол ДНК синтезін бастайтын қысқа РНК тізбектерін жасайтын примаза болып табылады. Ол T7 ДНҚ полимеразасымен кешен құрайды. Оның гомологтары митохондрияларда (Twinkle түрінде) және хлоропластарда табылған.
T7 DNA helicase (gp4) is a hexameric motor protein encoded by T7 phages that uses energy from dTTP hydrolysis to process unidirectionally along single stranded DNA, separating (helicase) the two strands as it progresses. It is also a primase, making short stretches of RNA that initiates DNA synthesis. It forms a complex with T7 DNA polymerase. Its homologs are found in mitochondria (as Twinkle) and chloroplasts.
Кристалдық құрылым
Кристалдық құрылым 2000 жылы 3.0 Å ажыратымдылықпен шешілді, бұл сілтемедегі суретте көрсетілгендей. (А) суретінде жеке суббірліктердің альфа-спираль мен жанындағы суббірлік арасындағы өзара әрекеттесу арқылы бекітілгені байқалады. (B) суретінде үш циклдан тұратын алты жиынтық бар. Қызыл түсті цикл, II цикл деп аталады, үш лизин қалдығын қамтиды және ферменттің ортасынан өтетін бір тізбекті ДНК-ға (ssDNA) байланысуға қатысады деп саналады.
The crystal structure was solved to 3.0 Å resolution in 2000, as shown in the figure in the reference. In (A), notice that the separate subunits appear to be anchored through interactions between an alpha helix and an adjacent subunit. In (B), there are six sets of three loops. The red loop, known as loop II, contains three lysine residues and is thought to be involved in binding the ssDNA that is fed through the center of the enzyme.
Тізбекті dTTP гидролизі механизмі
Crampton және басқалар Т7 ДНК геликазасының ssDNA-ға тәуелді dTTP гидролизінің механизмін, төмендегі суретте көрсетілгендей ұсынды. Олардың моделінде әр гексамерикалық кішібірлікте орналасқан ақуыз тізбектері, олардың әрқайсысында үш лизин қалдығы бар, ssDNA-ның теріс зарядталған фосфат тірекшесімен тікелей әрекеттеседі. Бұл әрекеттесу белсенді байланысқан кішібірліктің конформациялық өзгерісіне алып келеді, бұл dTDP-нің dTTP байланыс орнынан тиімді босатылуын қамтамасыз етеді. dTDP босатылу процесінде ssDNA ұқсас процестен өтетін көршілес кішібірлікке беріледі. Алдыңғы зерттеулер ssDNA бір уақытта екі гексамерлік кішібірлікке байланыса алатынын көрсеткен.
Crampton et al. have proposed a mechanism for the ssDNA dependent hydrolysis of dTTP by T7 DNA helicase as shown in the figure below. In their model, protein loops located on each hexameric subunit, each of which contain three lysine residues, sequentially interact with the negatively charged phosphate backbone of ssDNA. This interaction presumably causes a conformational change in the actively bound subunit, providing for the efficient release of dTDP from its dTTP binding site. In the process of dTDP release, the ssDNA is transferred to the neighboring subunit, which undergoes a similar process. Previous studies have already suggested that ssDNA is able to bind to two hexameric subunits simultaneously.