Введение
Американский врач и ученый Стюарт Алан Кауфман (родился 28 сентября 1939 года) — американский врач, теоретический биолог и исследователь сложных систем, изучающий происхождение жизни на Земле. Он был профессором в Чикагском университете, Пенсильванском университете и Калгарийском университете. В настоящее время он является профессором биохимии на пенсии в Университете Пенсильвании и приглашенным преподавателем в Институте системной биологии. Он удостоен ряда наград, включая стипендию МакАртура и медаль Винера. Он наиболее известен тем, что утверждает, что сложность биологических систем и организмов может возникать не только в результате дарвиновского естественного отбора, но и благодаря самоорганизации и динамике, далекой от равновесия, что подробно рассматривается в его книге «Происхождение порядка» (1993). В 1967 и 1969 годах он использовал случайные булевы сети для изучения общих самоорганизующихся свойств сетей регуляции генов, предположив, что типы клеток являются динамическими аттракторами в этих сетях, а дифференцировка клеток может быть понята как переходы между аттракторами. Недавние данные подтверждают, что типы клеток у людей и других организмов представляют собой аттракторы. В 1971 году он предположил, что зигота может не иметь доступа ко всем аттракторам типов клеток в своей сети регуляции генов в процессе развития, и что некоторые из недоступных в развитии типов клеток могут быть раковыми клетками. Это позволило предположить возможность «терапии дифференцированием рака». Он также предложил самоорганизованное возникновение коллективно автокаталитических наборов полимеров, в частности пептидов, для возникновения молекулярного воспроизводства, что получило экспериментальное подтверждение.
Stuart Alan Kauffman (born September 28, 1939) is an American medical doctor, theoretical biologist, and complex systems researcher who studies the origin of life on Earth. He was a professor at the University of Chicago, University of Pennsylvania, and University of Calgary. He is currently emeritus professor of biochemistry at the University of Pennsylvania and affiliate faculty at the Institute for Systems Biology. He has a number of awards including a MacArthur Fellowship and a Wiener Medal. He is best known for arguing that the complexity of biological systems and organisms might result as much from self organization and far from equilibrium dynamics as from Darwinian natural selection, as discussed in his book Origins of Order (1993). In 1967 and 1969 he used random Boolean networks to investigate generic self organizing properties of gene regulatory networks, proposing that cell types are dynamical attractors in gene regulatory networks and that cell differentiation can be understood as transitions between attractors. Recent evidence suggests that cell types in humans and other organisms are attractors. In 1971 he suggested that a zygote may not be able to access all the cell type attractors in its gene regulatory network during development and that some of the developmentally inaccessible cell types might be cancer cell types. This suggested the possibility of "cancer differentiation therapy". He also proposed the self organized emergence of collectively autocatalytic sets of polymers, specifically peptides, for the origin of molecular reproduction, which have found experimental support.
Образование и начало карьеры
Кауфман окончил Дартмутский колледж в 1960 году, получил степень бакалавра (с отличием) Оксфордского университета (где он был стипендиатом Маршалла) в 1963 году и завершил обучение в медицинском институте, получив степень доктора медицины (M.D.) в Калифорнийском университете в Сан-Франциско в 1968 году. После окончания интернатуры он занялся изучением генетики развития плодовой мушки, занимая должности сначала в Чикагском университете с 1969 по 1973 год, затем в Национальном институте рака с 1973 по 1975 год, и впоследствии в Пенсильванском университете с 1975 по 1994 год, где он достиг должности профессора биохимии и биофизики.
Карьера
Кауфман стал известен благодаря сотрудничеству с Институтом Санта-Фе (некоммерческий исследовательский институт, посвященный изучению сложных систем), где он был приглашенным преподавателем с 1986 по 1997 год, и благодаря его работе над моделями в различных областях биологии. К ним относятся автокаталитические множества в исследованиях происхождения жизни, сети регуляции генов в биологии развития и ландшафты приспособленности в эволюционной биологии. Вместе с Марком Бальвитом Кауфман является соавтором основополагающих патентов в области комбинаторной химии и прикладной молекулярной эволюции, впервые выданных во Франции в 1987 году, в Англии в 1989 году, а затем в Северной Америке. В 1996 году, совместно с Ernst and Young, Кауфман основал BiosGroup, коммерческую компанию, базирующуюся в Санта-Фе, штат Нью-Мексико, которая применяла методологию сложных систем для решения бизнес-задач. BiosGroup была приобретена NuTech Solutions в начале 2003 года. NuTech была приобретена Netezza в 2008 году, а затем IBM. С 2005 по 2009 год Кауфман занимал совместную должность в Университете Калгари в области биологических наук, физики и астрономии. Он также был адъюнкт-профессором кафедры философии в Университете Калгари. Он был председателем iCORE (Информационный исследовательский центр передового опыта) и директором Института биокомплексности и информатики. Кауфман также был приглашен для участия в запуске инициативы «Наука и религия» в Гарвардской школе богословия, где в 2009 году он был приглашенным профессором. В январе 2009 года Кауфман стал профессором FiDiPro (Finland Distinguished Professor) в Технологическом университете Тампере, на кафедре обработки сигналов. Назначение истекло в декабре 2012 года. Тема исследовательского проекта FiDiPro – разработка запаздывающих стохастических моделей генетических регуляторных сетей на основе данных об экспрессии генов на уровне отдельных молекул. В январе 2010 года Кауфман присоединился к преподавательскому составу Университета Вермонта, где в течение двух лет продолжал свою работу в Центре комплексных систем UVM. С начала 2011 года по апрель 2013 года Кауфман регулярно публиковался в блоге NPR 13.7, «Космос и культура», освещая темы от наук о жизни, системной биологии и медицины до духовности, экономики и права. о «потенциальном состоянии» (см. ниже) – предположительно новом «состоянии материи», обратимо колеблющемся между квантовым и классическим мирами. В 2015 году его пригласили принять участие в инициировании широкой дискуссии о переосмыслении экономического роста для Организации Объединенных Наций. Примерно в то же время он проводил исследования совместно с профессором Оксфордского университета Теппо Фелином.
Признание и награды
Кауфман был удостоен стипендии МакАртура в период с 1987 по 1992 год. Он также имеет почетную степень доктора наук от Университета Лувена (1997); в 1973 году ему была присуждена Золотая медаль имени Норберта Винера за кибернетику, в 1990 году – Золотая медаль Академии Линчеи в Риме, в 2001 году – премия Троттера за исследования в области информации и сложности, а в 2013 году – премия имени Герберта Саймона за исследования сложных систем. В 2009 году он был избран членом Королевского общества Канады.
Работы
Кауфман наиболее известен тем, что утверждает, что сложность биологических систем и организмов может быть результатом как самоорганизации и динамики, далекой от равновесия, так и дарвиновского естественного отбора в трех областях эволюционной биологии, а именно: динамике популяций, молекулярной эволюции и морфогенезе. В отношении молекулярной биологии структурный подход Кауффмана подвергся критике за игнорирование роли энергии в обеспечении биохимических реакций в клетках, которые справедливо можно назвать самокатализирующимися, но которые не просто самоорганизуются. Некоторые биологи и физики, работающие в области Кауффмана, подвергли сомнению его утверждения о самоорганизации и эволюции. Примером может служить ряд замечаний в книге «Самоорганизация в биологических системах» (2001). Книга Роджера Сансома 2011 года «Инженерные гены: как сети регуляции генов эволюционируют для контроля развития» представляет собой развернутую критику модели самоорганизации Кауффмана в отношении сетей регуляции генов. Заимствуя модели спинового стекла из физики, Кауфман разработал «N K»-ландшафты пригодности, которые нашли применение в биологии и экономике. В смежной работе Кауфман и его коллеги исследовали субкритическое, критическое и супракритическое поведение в экономических системах. Работа Кауффмана переносит его биологические выводы на проблему соотношения сознания и тела, а также на вопросы нейробиологии, предлагая характеристики нового «посредственного состояния», находящегося в неопределенном балансе между квантовой когерентностью и классической физикой. Он опубликовал на эту тему статью «Ответ Декарту: за пределами Тьюринга». Вместе с Джузеппе Лонго и Маэлем Монтевилем он написал (в январе 2012 года) статью «Нет определяющих законов, но возможности в эволюции биосферы», в которой утверждалось, что эволюция не «определяется законом», как это происходит в физике. Работы Кауффмана опубликованы на Physics ArXiv, включая «Преодоление тупика: разум/тело, квантовая механика, свободная воля, возможный панпсихизм, возможное решение квантовой загадки» (октябрь 2014 года) и «Квантовая критичность в происхождении жизни» (февраль 2015 года). Кауфман внес вклад в развивающуюся область кумулятивной технологической эволюции, представив математику «смежных возможностей». Он опубликовал более 350 статей и 6 книг: «Происхождение порядка» (1993), «Дома во Вселенной» (1995), «Исследования» (2000), «Переосмысление священного» (2008), «Человечество в творческой Вселенной» (2016) и «Мир за пределами физики» (2019). В 2016 году Кауфман написал детскую историю «Патрик, Руперт, Слай и Гас – протоклетки», повествующую о создании непредсказуемой ниши в биосфере, которая впоследствии была экранизирована в виде короткого анимационного фильма. В 2017 году, исследуя концепцию о том, что реальность состоит как из онтологически реальных «возможностей» (res potentia), так и из онтологически реальных «действительностей» (res extensa), Кауфман в соавторстве с Рут Кастнер и Майклом Эпперсоном написал работу «Воспринимая Potentia Гейзенберга всерьез».