Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Британский химик
British chemist
Образование
Ковени был удостоен степени доктора философии Оксфордского университета в 1985 году за его работу в области полуклассических методов рассеяния и спектроскопии.
Coveney was awarded a Doctor of Philosophy degree from the University of Oxford in 1985 for his work on Semiclassical methods in scattering and spectroscopy.
Карьера
Ковени занимал должности в Оксфордском университете, Принстонском университете, Schlumberger и QMUL, и в настоящее время работает в UCL, UvA и Йельском университете, а также входит в состав нескольких академических советов в Великобритании и ЕС.
Coveney has held positions at University of Oxford, Princeton University, Schlumberger and QMUL, and currently holds positions at UCL, UvA and Yale, as well as acting as a Member of several academic councils in the UK and EU.
Исследования
Ковени работал с Ильей Пригожиным в Брюссельском свободном университете (1985-87) и продолжил публикации совместно с математиком Оливером Пенроузом, посвященные строгим основаниям необратимости и выводу кинетических уравнений на основе хаотических динамических систем. Он сотрудничал с Джонатаном Ваттисом в разработке и обобщении уравнений Беккера — Дёринга и Смолуховского для кинетики процессов агрегации-фрагментации, которые были применены к широкому спектру явлений, от самовоспроизводящихся мицелл и везикул до сценария происхождения мира РНК, где было показано, что самовоспроизводящиеся последовательности РНК могут спонтанно возникать из водной смеси нуклеотидных оснований РНК. В Schlumberger Cambridge Research (SCR) Ковени инициировал новые направления исследований, в которых передовые вычислительные методы играли центральную роль. Некоторые из этих работ, направленные на разработку высокомасштабируемых решетчатых газовых и, позднее, решетчатых моделей Болцмана для сложных жидкостей, были выполнены в сотрудничестве с Брюсом М. Богхосяном после приобретения компанией Schlumberger машины Connection Machine CM-5. В качестве предвестника многих современных приложений машинного обучения Ковени показал, что можно использовать комбинацию инфракрасной спектроскопии и искусственных нейронных сетей для прогнозирования свойств цемента, без необходимости углубляться в споры о химическом составе цементных материалов и бетона, образующегося при его затвердевании. Параллельно, используя методы нелинейной динамики, он смог идентифицировать лимитирующие стадии процессов, позволяющие разрабатывать новые соединения, ингибирующие кристаллизацию минерала эттрингита с помощью молекулярного моделирования. С 2006 года Ковени переключился с изучения нефтяных жидкостей на исследование кровотока в организме человека, включая мозг. Работая с аспирантом Марко Маццео, он разработал новый код, названный HemeLB, который моделирует кровоток в сложных геометрических структурах сосудов человека, полученных из различных методов медицинской визуализации. Алгоритм, основанный на непрямой адресации, масштабируется до очень большого количества ядер на суперкомпьютерах, основанных на CPU. Недавно он и его команда разработали версию кода, ускоренную с помощью графических процессоров, которая масштабируется до 20 000 графических процессоров на суперкомпьютере Summit и в ближайшее время будет развернута на первой в мире экзамасштабной машине Frontier. Ковени работает в области многомасштабного моделирования и симуляции. Изначально сотрудничая с Эриком Флеккёем в разработке основ метода диссипативной динамики частиц, а затем с Рафаэлем Дельгадо Бускалиони, он был одним из первых, кто разработал теоретические схемы, объединяющие молекулярную динамику и представления гидродинамики в единой симуляции. Его работа охватывает многочисленные применения этих методов в передовых материалах и биомедицинских областях. Недавние исследования Ковени посвящены быстрому, точному и надежному прогнозированию свободных энергий связывания лигандов с белками – важной задаче в разработке лекарств. Ковени отметил, что классическая молекулярная динамика является хаотичной, и для получения надежных прогнозов необходимо всегда использовать ансамбли. Это практическое проявление его более ранних работ по более простым динамическим системам, для которых возможно термодинамическое описание с использованием вероятностной формулировки. Это стало возможным лишь в эпоху петаскальных вычислений, когда суперкомпьютеры достигли достаточного размера для проведения расчетов ансамблевых средних. Работая с Брюсом Богхосяном и Хунъяном Вангом, Ковени показал, что существует ряд проблем, возникающих при моделировании даже самой простой динамической системы – обобщенного отображения Бернулли – на компьютере. Числа с плавающей запятой стандарта IEEE могут приводить к ошибкам, которые могут быть чрезвычайно большими, а также к ошибкам меньшего масштаба, но все они неверны по сравнению с известным точным математическим описанием динамики. В последние годы Ковени является одним из ведущих разработчиков и пользователей методов валидации, верификации и количественной оценки неопределенности (VVUQ) для компьютерных симуляционных кодов в широком спектре областей. Инструментарий VECAM и, позднее, SEAVEA Toolkit предоставляют набор компонентов программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой, которые можно использовать для инструментации любого кода с целью изучения его характеристик VVUQ. Методы, разработанные его командой, направлены на анализ реальных кодов, обладающих значительной сложностью и работающих на высокопроизводительных компьютерах. Ковени активно занимается квантовыми вычислениями, где он конкретно заинтересован в оценке возможности реализации квантового преимущества при решении задач электронной структуры молекул. Он и его команда в настоящее время занимаются снижением шума и максимально возможной реализацией смягчения ошибок на различных архитектурах квантовых устройств. Ковени возглавлял пилотный проект EPSRC RealityGrid e-Science и его расширенный проект, а также сеть EU FP7 Virtual Physiological Human (VPH) Network of Excellence. Он является главным исследователем проектов EU Horizon 2020 Verified Exascale Computing for Multiscale Applications ("VECMA") и Центра передового опыта в вычислительной биомедицине ("CompBioMed2"). Изначальная инициатива CompBioMed была запущена после того, как Ковени и его команда успешно оспорили решение ЕС после отклонения заявки на грант. Ковени был удостоен грантов US NSF и DoE, а также европейских DEISA и PRACE на использование суперкомпьютеров. Ковени председательствовал на руководящем комитете UK Collaborative Computational Projects и входил в программный комитет Нобелевского симпозиума 2002 года по самоорганизации. Он является одним из основателей Совета по руководству электронной инфраструктурой правительства Великобритании и экспертом, номинированным Медицинской академией, в Совет при премьер-министре Великобритании по науке и технологиям по вопросам данных, алгоритмов и моделирования, что привело к созданию лондонского Института Алана Тьюринга.
Coveney worked with Ilya Prigogine at the Free University of Brussels (1985 87) and went on to publish work with the mathematician Oilver Penrose on rigorous foundations of irreversibility and the derivation of kinetic equations based on chaotic dynamical systems. He collaborated with Jonathan Wattis on extensions and generalisations of the Becker Döring and Smoluchowski equations for the kinetics of aggregation fragmentation processes which they applied to a wide range of phenomena, from self reproducing micelles and vesicles to a scenario for the origin of the RNA world in which they showed that self reproducing sequences of RNA can spontaneously arise from an aqueous mixture of the RNA nucleotide bases. At Schlumberger Cambridge Research (SCR), Coveney initiated new lines of research in which advanced computational methods played a central role. Some parts of this work, to develop highly scalable lattice gas and, later, lattice Boltzmann models of complex fluids, was done in collaboration with Bruce M. Boghosian, following Schlumberger’s acquisition of a Connection Machine, the CM 5, from the company. In a forerunner of many contemporary applications of machine learning, Coveney showed that one can use a combination of infrared spectroscopy and artificial neural networks to predict the setting properties of cement, without any need to dwell on the polemics of the chemical composition of cementitious materials and the concrete that forms when it hardens. At the same time, using methods from nonlinear dynamics, he was able to identify the rate determining processes that enable one to design new compounds which inhibit the crystallisation of the mineral ettringite by molecular modelling. From 2006, Coveney moved away from studying oilfield fluids to investigate blood flow in the human body, including the brain. Working with a PhD student, Marco Mazzeo, he developed a new code, named HemeLB, which simulates blood flow in the complex geometries of the human vasculature, as derived from a variety of medical imaging modalities. The algorithm, based on indirect addressing, scales to very large core counts on CPU based supercomputers. Most recently, he and his team have developed a GPU accelerated version of the code which scales to around 20,000 GPUs on the Summit supercomputer and will soon be deployed on the world’s first exascale machine, Frontier. Coveney works in the domain of multiscale modelling and simulation. Working initially with Eirik Flekkøy on foundations of the dissipative particle dynamics method and then with Rafael Delgado Buscalioni, he was among the first to develop theoretical schemes which couple molecular dynamics and continuum fluid dynamics representations of fluids in a single simulation. His work covers numerous applications of these methods in advanced materials and biomedical domains. Coveney’s recent work is on the rapid, accurate, precise and reliable prediction of free energies of binding of ligands to proteins, a major topic in drug discovery. Coveney has noted that classical molecular dynamics is chaotic and to make robust predictions from it requires the use of ensembles at all times. This is a practical manifestation of his earlier work on simpler dynamical systems, for which a thermodynamic description is possible using a probabilistic formulation. It has only become possible in the era of petascale computing, when supercomputers have grown to sufficient size to make calculations of ensemble averages feasible. Working with Bruce Boghosian and Hongyan Wang, Coveney showed that there are a variety of problems which arise when simulating even the simplest of all dynamical systems — the generalised Bernoulli map — on a computer. The IEEE floating point numbers can produce errors which are extremely large as well others of more modest scale, but they are each wrong when compared with the known exact mathematical description of the dynamics. In recent years, Coveney has been a leading player in the development and application of validation, verification and uncertainty quantification (VVUQ) to computer simulation codes across a wide range of domains. The VECAM Toolkit and later SEAVEA Toolkit provide a set of open source, open development software components which can be used to instrument any code so as to study its VVUQ characteristics. The methods his team has developed are aimed at the analysis of real world codes of substantial complexity which run on high performance computers. Coveney has become active in quantum computing, where he is specifically concerned with seeking to assess the feasibility of realising quantum advantage from its application to the solution of molecular electronic structure problems. He and his team are currently dealing with noise reduction and implementing error mitigation as extensively as possible on a range of quantum device architectures. Coveney led the EPSRC RealityGrid e Science Pilot Project and its extension project, and the EU FP7 Virtual Physiological Human (VPH) Network of Excellent. He is the Principal Investigator on the EU Horizon 2020 projects Verified Exascale Computing for Multiscale Applications, "VECMA" and Centre of Excellence in Computational Biomedicine,"CompBioMed2". The original CompBioMed initiative was launched after Coveney and his team successfully challenged the EU following a rejected grant proposal. Coveney has been the recipient of US NSF and DoE, and European DEISA and PRACE supercomputing awards. Coveney has chaired the UK Collaborative Computational Projects Steering Panel and served on the programme committee of the 2002 Nobel Symposium on self organization. He is a founding member of the UK Government's e Infrastructure Leadership Council and a Medical Academy Nominated Expert to the UK Prime Minister's Council for Science and Technology on Data, Algorithms and Modelling, which has led to the creation of the London based Alan Turing Institute.