Введение

Компьютерное программное обеспечение

Комплект разработки по химии (CDK) – это компьютерное программное обеспечение, представляющее собой библиотеку на языке программирования Java для хемоинформатики и биоинформатики. Он доступен для операционных систем Windows, Linux, Unix и macOS. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, распространяемое под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.

История

CDK был создан Кристофом Штайнбеком, Эгоном Виллигагеном и Дэном Гезельтером, разработчиками Jmol и JChemPaint в то время, для обеспечения общей кодовой базы, 27–29 сентября 2000 года в Университете Нотр-Дам. Первый выпуск исходного кода состоялся 11 мая 2011 года. С тех пор более 100 человек внесли вклад в проект, что привело к созданию широкого набора функций, представленного ниже. В период с 2004 по 2007 год CDK News был новостной рассылкой проекта, все статьи которой доступны в общедоступном архиве. В связи с нестабильным темпом поступления вкладов, выпуск рассылки был приостановлен. Позже были внедрены модульное тестирование, проверка качества кода и валидация Javadoc. Раджарши Гуха разработал систему ночной сборки под названием Nightly, которая до сих пор функционирует в Уппсальском университете. В 2012 году проект стал поддерживаться InChI Trust с целью стимулирования дальнейшей разработки. Библиотека использует JNI InChI для генерации международных химических идентификаторов (InChI). В апреле 2013 года Джон Мэйфилд (ранее Мэй) присоединился к команде менеджеров релизов CDK для управления веткой разработки.

Библиотека

CDK – это библиотека, а не пользовательская программа. Однако она была интегрирована в различные среды, чтобы сделать её функции доступными. В настоящее время CDK используется в нескольких приложениях, включая язык программирования R, CDK Taverna (плагин для платформы Taverna), Bioclipse, PaDEL и Cinfony. Также существуют расширения CDK для Konstanz Information Miner (KNIME) и для Excel, называемые LICSS. В 2008 году из библиотеки были удалены фрагменты кода, распространяемого по лицензии GPL. Хотя эти фрагменты кода были независимы от основной библиотеки CDK и не подразумевали распространения с обратным копированием, для снижения путаницы среди пользователей был создан проект ChemoJava.