Молекулалық модельдеу және визуализация бағдарламасы: VMD туралы
Visual Molecular Dynamics
Молекулалық модельдеу және көруге арналған VMD бағдарламасы туралы ақпарат. Молекулалық динамика нәтижелерін талдау, деректермен жұмыс және скрипттерді қолдау.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Визуализация және модельдеу бағдарламалық жасақтамасы
Visualization and modelling software
Визуалды молекулалық динамика (VMD) – молекулалық модельдеу және визуализацияға арналған компьютерлік бағдарлама. VMD негізінен молекулалық динамика симуляцияларының нәтижелерін көру және талдау құралы ретінде әзірленген. Оған сонымен қатар көлемдік деректермен, тізбектік деректермен және кез келген графикалық объектілермен жұмыс істеуге арналған құралдар да кіреді. Молекулалық көріністерді POV Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language (VRML) және тағы да басқа сыртқы рендеринг бағдарламаларына экспорттау мүмкіндігі бар. Пайдаланушылар VMD ішінде өздерінің Tcl және Python скрипттерін іске қоса алады, себебі ол кіріктірілген Tcl және Python интерпретаторларын қамтиды. VMD Unix, Apple Mac macOS және Microsoft Windows жүйелерінде жұмыс істейді.
Visual Molecular Dynamics (VMD) is a molecular modelling and visualization computer program. VMD is developed mainly as a tool to view and analyze the results of molecular dynamics simulations. It also includes tools for working with volumetric data, sequence data, and arbitrary graphics objects. Molecular scenes can be exported to external rendering tools such as POV Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language (VRML), and many others. Users can run their own Tcl and Python scripts within VMD as it includes embedded Tcl and Python interpreters. VMD runs on Unix, Apple Mac macOS, and Microsoft Windows.
Тарих
VMD негізгі зерттеуші Клаус Шультеннің басшылығымен Иллинойс университетінің Урбана-Шампейндегі Бекман ілмі-техникалық институтының теориялық және есептеу биофизика тобында жасалған. 1992 жылы Майк Крог, Уильям Хамфри және Рик Куфрин VRChem деп аталған алғашқы бағдарламаны құрастырды. VMD-нің бастапқы нұсқасын Уильям Хамфри, Эндрю Далке, Кен Хамер, Джон Лич және Джеймс Филлипс жазды. Ол 1995 жылы жарияланды. VMD-нің ең алғашқы нұсқалары Silicon Graphics жұмыс станциялары үшін әзірленді, сонымен қатар үңгірлік автоматты виртуалды ортада (CAVE) жұмыс істей алатын және наноөлшемді молекулалық динамика (NAMD) симуляциясымен байланысатын болды. Microsoft Windows платформасы үшін VMD-нің бірінші нұсқасы 1999 жылы шықты. 2001 жылы Джастин Гуллингсруд, Пол Грейсон және Джон Стоун тактильді кері байланыс құрылғыларын қосып, VMD мен NAMD арасындағы интерфейсті интерактивті молекулалық динамика симуляцияларын жүргізу үшін одан әрі жетілдірді. Келесі даму кезеңдерінде Джорди Коэн, Гуллингсруд және Стоун графикалық пайдаланушы интерфейстерін толығымен қайта жазып, көлемдік деректерді көрсету және өңдеуге қолдау қосты, сондай-ақ OpenGL Shading Language-ты пайдалану мүмкіндігін енгізді.
VMD has been developed under the aegis of principal investigator Klaus Schulten in the Theoretical and Computational Biophysics group at the Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana–Champaign. A precursor program, called VRChem, was developed in 1992 by Mike Krogh, William Humphrey, and Rick Kufrin. The initial version of VMD was written by William Humphrey, Andrew Dalke, Ken Hamer, Jon Leech, and James Phillips. It was released in 1995. The earliest versions of VMD were developed for Silicon Graphics workstations and could also run in a cave automatic virtual environment (CAVE) and communicate with a Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) simulation. The first version of VMD for the Microsoft Windows platform was released in 1999. In 2001, Justin Gullingsrud, and Paul Grayson, and John Stone added support for haptic feedback devices and further developing the interface between VMD and NAMD for performing interactive molecular dynamics simulations. In subsequent developments, Jordi Cohen, Gullingsrud, and Stone entirely rewrote the graphical user interfaces, added built in support for display and processing of volumetric data, and the use of OpenGL Shading Language.