Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Программное обеспечение для визуализации и моделирования
Visualization and modelling software
Визуальная молекулярная динамика (VMD) – это компьютерная программа для молекулярного моделирования и визуализации. VMD разрабатывалась главным образом как инструмент для просмотра и анализа результатов расчетов методом молекулярной динамики. Она также включает инструменты для работы с объемными данными, данными о последовательностях и произвольными графическими объектами. Молекулярные сцены можно экспортировать во внешние инструменты рендеринга, такие как POV Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language (VRML) и многие другие. Пользователи могут запускать собственные скрипты на языках Tcl и Python внутри VMD, поскольку в ней встроены интерпретаторы Tcl и Python. VMD работает в операционных системах Unix, Apple Mac macOS и Microsoft Windows.
Visual Molecular Dynamics (VMD) is a molecular modelling and visualization computer program. VMD is developed mainly as a tool to view and analyze the results of molecular dynamics simulations. It also includes tools for working with volumetric data, sequence data, and arbitrary graphics objects. Molecular scenes can be exported to external rendering tools such as POV Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language (VRML), and many others. Users can run their own Tcl and Python scripts within VMD as it includes embedded Tcl and Python interpreters. VMD runs on Unix, Apple Mac macOS, and Microsoft Windows.
История
VMD был разработан под эгидой главного исследователя Клауса Шультена в группе теоретической и вычислительной биофизики Института передовых наук и технологий Бекмана при Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн. Программа-предшественник, VRChem, была разработана в 1992 году Майком Крогом, Уильямом Хамфри и Риком Куфрином. Первоначальная версия VMD была написана Уильямом Хамфри, Эндрю Далке, Кеном Хэмером, Джоном Личем и Джеймсом Филлипсом. Она была выпущена в 1995 году. Самые ранние версии VMD разрабатывались для рабочих станций Silicon Graphics и могли также работать в среде автоматической виртуальной реальности (CAVE) и взаимодействовать с симуляцией наномасштабной молекулярной динамики (NAMD). Первая версия VMD для платформы Microsoft Windows была выпущена в 1999 году. В 2001 году Джастин Галлингсруд, Пол Грейсон и Джон Стоун добавили поддержку устройств тактильной обратной связи и усовершенствовали интерфейс между VMD и NAMD для проведения интерактивных симуляций молекулярной динамики. В ходе дальнейшей разработки Джорди Коэн, Галлингсруд и Стоун полностью переписали графические пользовательские интерфейсы, добавили встроенную поддержку для отображения и обработки объемных данных, а также использование языка шейдеров OpenGL.
VMD has been developed under the aegis of principal investigator Klaus Schulten in the Theoretical and Computational Biophysics group at the Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana–Champaign. A precursor program, called VRChem, was developed in 1992 by Mike Krogh, William Humphrey, and Rick Kufrin. The initial version of VMD was written by William Humphrey, Andrew Dalke, Ken Hamer, Jon Leech, and James Phillips. It was released in 1995. The earliest versions of VMD were developed for Silicon Graphics workstations and could also run in a cave automatic virtual environment (CAVE) and communicate with a Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) simulation. The first version of VMD for the Microsoft Windows platform was released in 1999. In 2001, Justin Gullingsrud, and Paul Grayson, and John Stone added support for haptic feedback devices and further developing the interface between VMD and NAMD for performing interactive molecular dynamics simulations. In subsequent developments, Jordi Cohen, Gullingsrud, and Stone entirely rewrote the graphical user interfaces, added built in support for display and processing of volumetric data, and the use of OpenGL Shading Language.