Кіріспе

Белгілеу тілі және файл пішімі

Химиялық белгілеу тілі (ChemML немесе CML) – XML және Java сияқты құралдарды қолдана отырып, молекулалық ақпаратты басқару тәсілі. Бұл, қатаң түрде XML-ге негізделген, алдымен DTD-ге, кейіннен XML схемасына құрылған, домендік ерекшелікке ие алғашқы іске асыру. Ол көптеген салалардағы ақпаратты нақты басқару үшін ең сенімді және кеңінен қолданылатын жүйе болып табылады. Мюррей Раст, Рзепа және басқалар бұл жүйені он жылдан астам уақыт бойы әзірледі және оны көптеген салаларда, түрлі машиналарда сынақтан өткізді. Химиялық ақпарат көбінесе әртүрлі файл түрлерінде сақталады, бұл құжаттарды қайта пайдалануға кедерес келтіреді. CML, XML-дің тасымалдану қабілетін пайдаланып, CML әзірлеушілері мен химиктерге өзара үйлесімді құжаттарды жасауға көмектеседі. CML құжаттарын жасауға, өңдеуге және қарауға арналған көптеген құралдар бар. Баспагерлер CML-ді пайдаланып, мысалы RSS құжаттарында, XML құжаттарының ішінде химиялық ақпаратты тарата алады. CML келесі химиялық ұғымдардың кең ауқымын қолдай алады:

молекулалар
реакциялар
спектрлер және аналитикалық деректер
есептеу химиясы
химиялық кристаллография және материалдар

CML туралы толық мәліметтер мен қазіргі талқылаудағы мәселелер CML блогында жарияланған.

Версияларды басқару

Схеманың нұсқалары SourceForge-де қол жетімді. 2012 жылғы сәуір айынан бастап, соңғы тоңазытылған схема CML v2.4 болып табылады. CML v1-дегі кейбір элементтер енді қолданыстан шығарылды.

Құралдар

JUMBO бастапқыда Java Universal Molecular Browser for Objects ретінде құрылған, бірақ қазір CML-ді тексеруге, оқуға және жазуға, сондай-ақ бірнеше ескі форматтарды CML-ге түрлендіруге, мысалы, CML-дегі реакцияны реакцияның анимациялық SVG бейнесіне айналдыруға мүмкіндік беретін Java кітапханасы. JUMBO схемадағы барлық элементтерді қолдайтын кеңейтілген Java кітапханасы – CMLDOM-ға айналды. JUMBO бұрын браузер болғанмен, қазір ашық кодты Jmol және JChemPaint құралдарын пайдалану ұсынылады, олардың кейбіреулері басқа CML кітапханаларын қолданады. Көк обелискіге қараңыз.