Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Биоинформатикада реттілік логотипі – нуклеотидтердің (ДНК/РНК тізбегінде) немесе аминқышқылдарының (белок тізбегінде) реттілік сақталуын көрсететін графикалық бейнелеу. Реттік логотип бір-біріне сәйкестендірілген тізбектер жиынтығынан жасалады және консенсус тізбегі мен тізбектердің әртүрлілігін көрсетеді. Реттік логотиптер ДНК-дағы белок байланысу орындары немесе белоктардың функционалдық бөлімдері сияқты тізбек ерекшеліктерін көрсету үшін жиі қолданылады.
In bioinformatics, a sequence logo is a graphical representation of the sequence conservation of nucleotides (in a strand of DNA/RNA) or amino acids (in protein sequences). A sequence logo is created from a collection of aligned sequences and depicts the consensus sequence and diversity of the sequences. Sequence logos are frequently used to depict sequence characteristics such as protein binding sites in DNA or functional units in proteins.
Шолу
Тізбелік логотип әр позицияда әріптер жиынтығынан тұрады. Әріптердің салыстырмалы мөлшері тізбектерде олардың жиі кездесуін көрсетеді. Әріптердің жалпы биіктігі позицияның ақпараттық мазмұнын биттермен көрсетеді.
A sequence logo consists of a stack of letters at each position. The relative sizes of the letters indicate their frequency in the sequences. The total height of the letters depicts the information content of the position, in bits.
Артықшылықтары мен кемшіліктері
Консенсус логотиптерінің тізбекті логотиптерге қарағанда басты және айқын артықшылығы – оларды Rich Text Format форматын қолдайтын кез келген редакторда/көрерменде мәтін түрінде енгізуге болады, демек ғылыми қолжазбаларда пайдалануға мүмкіндік бар. Жоғарыда сипатталғандай, консенсус логотипі – тізбекті логотиптері мен консенсус тізбектерінің аралас нұсқасы. Осының салдарынан, тізбекті логотипімен салыстырғанда, консенсус логотипі ақпараттың бір бөлігін (мотивтегі/сәйкестендірудегі әрбір символдың осы позицияны сақтаудағы салыстырмалы үлесін) жояды. Сондықтан, мүмкіндігі болғанда тізбекті логотиптерді пайдалану артық. Алайда, тізбекті логотиптерді көрсету үшін графикалық элементтерді қосу қажеттілігі ғылыми қолжазбаларда консенсус тізбектерін қолдануды жалғастырып келеді, тіпті олар сақталу және жиілік туралы ақпаратты толық жеткізе алмайды. Демек, консенсус логотиптері мотивтің/сәйкестендірудің ақпаратын мәтінмен шектеу қажет болғанда консенсус тізбектерінен жақсырақ.
The main, and obvious, advantage of consensus logos over sequence logos is their ability to be embedded as text in any Rich Text Format supporting editor/viewer and, therefore, in scientific manuscripts. As described above, the consensus logo is a cross between sequence logos and consensus sequences. As a result, compared to a sequence logo, the consensus logo omits information (the relative contribution of each character to the conservation of that position in the motif/alignment). Hence, a sequence logo should be used preferentially whenever possible. That being said, the need to include graphic figures in order to display sequence logos has perpetuated the use of consensus sequences in scientific manuscripts, even though they fail to convey information on both conservation and frequency. Consensus logos represent therefore an improvement over consensus sequences whenever motif/alignment information has to be constrained to text.
Ұзартулар
Жасырын Марков модельдері (ЖММ) сәйкестендірудегі сәйкес келген позициялардың ғана емес, сонымен қатар енгізілімдер мен жойылымдардың ақпараттық мазмұнын да ескереді. Pfam пайдаланатын ЖММ тізбек логотипіне орындылық (көрсетілуі) және енгізілім жиілігін, сондай-ақ күтілетін енгізілім ұзындығын көрсету үшін үш қатар қосылады.
Hidden Markov models (HMMs) not only consider the information content of aligned positions in an alignment, but also of insertions and deletions. In an HMM sequence logo used by Pfam, three rows are added to indicate the frequencies of occupancy (presence) and insertion, as well as the expected insertion length.