Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Рестрикциялық орындар немесе рестрикциялық тану орындары ДНК молекуласында орналасқан, онда рестрикциялық ферменттермен танылатын нақты (4-8 негіз жұптарынан тұратын) нуклеотидтер тізбектері болады. Бұл әдетте палиндромдық тізбектер (өйткені рестрикциялық ферменттер көбінесе гомодимерлер түрінде байланысады), ал нақты рестрикциялық фермент тану орнындағы екі нуклеотид арасында немесе жақын жерде осы тізбекті кесіп тастауы мүмкін.
Restriction sites, or restriction recognition sites, are located on a DNA molecule containing specific (4 8 base pairs in length) sequences of nucleotides, which are recognized by restriction enzymes. These are generally palindromic sequences (because restriction enzymes usually bind as homodimers), and a particular restriction enzyme may cut the sequence between two nucleotides within its recognition site, or somewhere nearby.
Функция
Мысалы, кең таралған шектеу ферменті EcoRI GAATTC палиндромдық тізбесін таниды және жоғарғы және төменгі тізбекте G мен A арасында кесіледі. Бұл жабысқақ ұш деп аталатын (ДНҚ-ның жұптаспаған толықтырғышы бар ДНК тізбегінің соңғы бөлігі) шығыршықты қалдырады. Дегенмен, жабысқақ ДНК ұштары, ашық және жұптаспаған нуклеотидтердің болуына байланысты, ДНҚ лигазасының көмегімен байланысуға бейім. Мысалы, AATTG-мен аяқталатын жабысқақ ұш, 5' және 3' ДНК тізбектерінің толық жұптасқан тұнба ұшына қарағанда лигазамен байланысуға ықтимал. Аталған мысалда, AATTG-нің TTAAC толықтырғыш жұбы болады, бұл ДНҚ лигаза ферментінің тиімділігін төмендетеді.
For example, the common restriction enzyme EcoRI recognizes the palindromic sequence GAATTC and cuts between the G and the A on both the top and bottom strands. This leaves an overhang (an end portion of a DNA strand with no attached complement) known as a sticky end Sticky ends of DNA however are more likely to successfully bind with the help of a DNA ligase because of the exposed and unpaired nucleotides. For example, a sticky end trailing with AATTG is more likely to bind with a ligase than a blunt end where both the 5' and 3' DNA strands are paired. In the case of the example the AATTG would have a complementary pair of TTAAC which would reduce the functionality of the DNA ligase enzyme.
Қолданбалар
Шектеу сайттары молекулалық биологияда, мысалы, шектеу фрагменттері ұзындығының полиморфизмі (RFLP) сияқты көптеген қолданыстарда қолданылуы мүмкін.
Restriction sites can be used for multiple applications in molecular biology such as identifying restriction fragment length polymorphisms (RFLPs).
Деректер қоры
Рестрикциялық сайттар мен ферменттерге арналған бірнеше дерекқорлар бар, олардың ішіндегі ең ірі коммерциялық емес дерекқор – REBASE. Жақында вирустардың геномдарындағы статистикалық маңызды нулломерлер (яғни, күтілетін, бірақ жоқ қысқа мотивтер) рестрикциялық сайттар екені көрсетілді, бұл вирустардың бактериялық жандарға енуді жеңілдету үшін осы мотивтерден құтылған болуы мүмкін екенін көрсетеді. Nullomers Database минималды жоқ мотивтердің толық каталогын қамтиды, олардың көптегені әлі белгілі емес рестрикциялық мотивтер болуы мүмкін.
Several databases exist for restriction sites and enzymes, of which the largest noncommercial database is REBASE. Recently, it has been shown that statistically significant nullomers (i. e. short absent motifs which are highly expected to exist) in virus genomes are restriction sites indicating that viruses have probably got rid of these motifs to facilitate invasion of bacterial hosts. Nullomers Database contains a comprehensive catalogue of minimal absent motifs many of which might potentially be not yet known restriction motifs.