Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Места ограничения, или сайты распознавания рестрикции, находятся на молекуле ДНК и содержат специфические последовательности нуклеотидов длиной от 4 до 8 пар оснований, которые распознаются ферментами рестрикции. Как правило, это палиндромные последовательности (поскольку ферменты рестрикции обычно связываются в виде гомодимеров), и конкретный фермент рестрикции может разрезать последовательность между двумя нуклеотидами внутри своего сайта распознавания или вблизи него.
Restriction sites, or restriction recognition sites, are located on a DNA molecule containing specific (4 8 base pairs in length) sequences of nucleotides, which are recognized by restriction enzymes. These are generally palindromic sequences (because restriction enzymes usually bind as homodimers), and a particular restriction enzyme may cut the sequence between two nucleotides within its recognition site, or somewhere nearby.
Функция
Например, широко используемый рестрикционный фермент EcoRI распознает палиндромную последовательность GAATTC и разрезает между G и A на обеих цепях ДНК. Это оставляет одноцепочечный выступ (конечный участок цепи ДНК, не имеющий комплементарного соответствия), известный как липкий конец. Однако липкие концы ДНК с большей вероятностью успешно связываются при помощи ДНК-лигазы из-за наличия непокрытых и неспаренных нуклеотидов. Например, липкий конец с последовательностью AATTG с большей вероятностью свяжется с лигазой, чем тупой конец, где обе 5'- и 3'-цепи ДНК спарены. В данном примере последовательность AATTG будет иметь комплементарную пару TTAAC, что снизит эффективность фермента ДНК-лигазы.
For example, the common restriction enzyme EcoRI recognizes the palindromic sequence GAATTC and cuts between the G and the A on both the top and bottom strands. This leaves an overhang (an end portion of a DNA strand with no attached complement) known as a sticky end Sticky ends of DNA however are more likely to successfully bind with the help of a DNA ligase because of the exposed and unpaired nucleotides. For example, a sticky end trailing with AATTG is more likely to bind with a ligase than a blunt end where both the 5' and 3' DNA strands are paired. In the case of the example the AATTG would have a complementary pair of TTAAC which would reduce the functionality of the DNA ligase enzyme.
Приложения
Места рестрикции могут использоваться для множества применений в молекулярной биологии, например, для идентификации полиморфизмов длины рестрикционных фрагментов (RFLP).
Restriction sites can be used for multiple applications in molecular biology such as identifying restriction fragment length polymorphisms (RFLPs).
Базы данных
Существует несколько баз данных участков рестрикции и ферментов, среди которых крупнейшей некоммерческой базой данных является REBASE. Недавно было показано, что статистически значимые нулломеры (то есть короткие отсутствующие мотивы, которые с высокой вероятностью должны присутствовать) в геномах вирусов являются участками рестрикции, что указывает на то, что вирусы, вероятно, избавились от этих мотивов для облегчения инвазии в бактериальные клетки. База данных нулломеров содержит исчерпывающий каталог минимальных отсутствующих мотивов, многие из которых потенциально могут оказаться неизвестными участками рестрикции.
Several databases exist for restriction sites and enzymes, of which the largest noncommercial database is REBASE. Recently, it has been shown that statistically significant nullomers (i. e. short absent motifs which are highly expected to exist) in virus genomes are restriction sites indicating that viruses have probably got rid of these motifs to facilitate invasion of bacterial hosts. Nullomers Database contains a comprehensive catalogue of minimal absent motifs many of which might potentially be not yet known restriction motifs.