Химилық қосылыстар мен биоактивтіліктердің ақпараттық базасы
PubChem
PubChem – химиялық қосылыстар мен биологиялық талдаулар туралы ақпараттық база. Тегін қол жетімді, миллиондаған молекулалар мен деректерді жүктеуге болады.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Химиялық ақпараттық база
Chemical information database
PubChem – химиялық молекулалар мен олардың биологиялық талдаулардағы активтілігі туралы ақпаратты қамтитын деректер базасы. Жүйені Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) күтіп бағдарлайды, ол АҚШ Ұлттық денсаулық сақтау институтының (NIH) құрамындағы Ұлттық медицина кітапханасының бөлігі болып табылады. PubChem веб-интерфейсі арқылы тегін қолжетімді. Миллиондаған қосылыс құрылымдары мен сипаттамалық деректер жиынтығын FTP арқылы жүктеуге болады. PubChem-де әртүрлі заттардың сипаттамалары және 100 атомнан кем, 1000 байланыстан тұратын шағын молекулалар бар. 80-нен астам деректер базасының провайдерлері PubChem деректер базасын кеңейтуге үлес қосады.
PubChem is a database of chemical molecules and their activities against biological assays. The system is maintained by the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a component of the National Library of Medicine, which is part of the United States National Institutes of Health (NIH). PubChem can be accessed for free through a web user interface. Millions of compound structures and descriptive datasets can be freely downloaded via FTP. PubChem contains multiple substance descriptions and small molecules with fewer than 100 atoms and 1,000 bonds. More than 80 database vendors contribute to the growing PubChem database.
Тарих
PubChem 2004 жылы NIH молекулалық кітапханалар бағдарламасының (MLP) құрамы ретінде жарияланды. 2015 жылдың қараша айына қарай, PubChem-де 150 миллионнан астам сақтаушылар ұсынған зат сипаттамалары, 60 миллион бірегей химиялық құрылымдар және 225 миллион биологиялық белсенділік сынақ нәтижелері бар (5000-нан астам генге сәйкес келетін 10 000-ға жуық бірегей белок нысана тізбектерін қамтитын 2 миллионнан астам кішкентай молекулаларда жүргізілген 1 миллионнан астам зертханалық эксперименттерден алынған). Сондай-ақ, онда 15 000-нан астам генді нысанаға алған РНК-ның араласуын (РНКi) тексеруге арналған сынақтар бар. 2018 жылдың тамызында PubChem-де 247,3 миллион зат сипаттамасы, 40 елден 629 дерек көзі үлес қосқан 96,5 миллион бірегей химиялық құрылымдар бар. Сонымен қатар, онда 1,25 миллион биологиялық талдаудан алынған 237 миллион биоактивтілік сынақ нәтижелері бар, олар >10 000 мақсатты белок тізбегін қамтиды (2017 жылы 94 миллионнан астам жазба болған), таза және сипатталған химиялық қосылыстар бар. Заттар, 293 миллион жазба (2017 жылы 236 миллион жазбадан және 2014 жылдың қыркүйегінде 163 миллионнан астам жазба), сонымен қатар қоспалар, экстракттар, кешендер және сипатталмаған заттар бар. BioAssay, 1,25 миллионнан (2014 жылдың қыркүйегінде 6000-нан астам) жоғары өнімділіктегі скрининг бағдарламаларынан алынған биоактивтілік нәтижелері, бірнеше миллион мәнді қамтиды.
PubChem was released in 2004 as a component of the Molecular Libraries Program (MLP) of the NIH. As of November 2015, PubChem contains more than 150 million depositor provided substance descriptions, 60 million unique chemical structures, and 225 million biological activity test results (from over 1 million assay experiments performed on more than 2 million small molecules covering almost 10,000 unique protein target sequences that correspond to more than 5,000 genes). It also contains RNA interference (RNAi) screening assays that target over 15,000 genes. As of August 2018, PubChem contains 247.3 million substance descriptions, 96.5 million unique chemical structures, contributed by 629 data sources from 40 countries. It also contains 237 million bioactivity test results from 1.25 million biological assays, covering >10,000 target protein sequences. (up from 94 million entries in 2017), contains pure and characterized chemical compounds. Substances, 293 million entries (up from 236 million entries in 2017 and 163 million in Sept. 2014), contains also mixtures, extracts, complexes and uncharacterized substances. BioAssay, bioactivity results from 1.25 million (up from 6,000 in Sept. 2014) high throughput screening programs with several million values.