PubChem: бесплатная химическая база данных NCBI с миллионами молекул и данных о биологической активности. Скачать структуры и наборы данных можно по FTP.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
База данных химической информации
Chemical information database
PubChem — это база данных химических молекул и их активности в биологических тестах. Система поддерживается Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), являющимся частью Национальной медицинской библиотеки, которая входит в состав Национального института здоровья США (NIH). Доступ к PubChem осуществляется бесплатно через веб-интерфейс. Миллионы структур соединений и описательных наборов данных можно свободно загрузить по FTP. PubChem содержит множество описаний веществ и малых молекул, состоящих менее чем из 100 атомов и 1000 связей. Более 80 поставщиков баз данных вносят вклад в расширение базы данных PubChem.
PubChem is a database of chemical molecules and their activities against biological assays. The system is maintained by the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a component of the National Library of Medicine, which is part of the United States National Institutes of Health (NIH). PubChem can be accessed for free through a web user interface. Millions of compound structures and descriptive datasets can be freely downloaded via FTP. PubChem contains multiple substance descriptions and small molecules with fewer than 100 atoms and 1,000 bonds. More than 80 database vendors contribute to the growing PubChem database.
История
PubChem был выпущен в 2004 году как компонент Программы молекулярных библиотек (MLP) NIH. По состоянию на ноябрь 2015 года PubChem содержит более 150 миллионов описаний веществ, предоставленных участниками, 60 миллионов уникальных химических структур и 225 миллионов результатов тестов биологической активности (полученных в результате более чем 1 миллиона аналитических экспериментов, проведенных на более чем 2 миллионах малых молекул, охватывающих почти 10 000 уникальных последовательностей белковых мишеней, соответствующих более чем 5 000 генам). Он также содержит анализы скрининга на основе РНК-интерференции (РНКi), нацеленные на более чем 15 000 генов. По состоянию на август 2018 года PubChem содержит 247,3 миллиона описаний веществ, 96,5 миллиона уникальных химических структур, предоставленных 629 источниками данных из 40 стран. В него также включено 237 миллионов результатов тестов биоактивности, полученных в результате 1,25 миллиона биологических анализов, охватывающих более 10 000 последовательностей белков-мишеней (по сравнению с 94 миллионами в 2017 году), и содержит чистые и охарактеризованные химические соединения. Информация о веществах включает 293 миллиона записей (по сравнению с 236 миллионами записей в 2017 году и 163 миллионами в сентябре 2014 года), а также смеси, экстракты, комплексы и неохарактеризованные вещества. BioAssay – результаты биоактивности, полученные из 1,25 миллиона (по сравнению с 6000 в сентябре 2014 года) высокопроизводительных скрининговых программ, содержащих несколько миллионов значений.
PubChem was released in 2004 as a component of the Molecular Libraries Program (MLP) of the NIH. As of November 2015, PubChem contains more than 150 million depositor provided substance descriptions, 60 million unique chemical structures, and 225 million biological activity test results (from over 1 million assay experiments performed on more than 2 million small molecules covering almost 10,000 unique protein target sequences that correspond to more than 5,000 genes). It also contains RNA interference (RNAi) screening assays that target over 15,000 genes. As of August 2018, PubChem contains 247.3 million substance descriptions, 96.5 million unique chemical structures, contributed by 629 data sources from 40 countries. It also contains 237 million bioactivity test results from 1.25 million biological assays, covering >10,000 target protein sequences. (up from 94 million entries in 2017), contains pure and characterized chemical compounds. Substances, 293 million entries (up from 236 million entries in 2017 and 163 million in Sept. 2014), contains also mixtures, extracts, complexes and uncharacterized substances. BioAssay, bioactivity results from 1.25 million (up from 6,000 in Sept. 2014) high throughput screening programs with several million values.