Протеиндердің ұқсастық матрицасы: SIMAP жобасының тарихы мен дамуы
Similarity Matrix of Proteins
SIMAP – әсерлі күштерді пайдаланатын ақуыз ұқсастығының базасы. Ғылыми зерттеулер үшін тегін қолжетімді. FASTA және жасырын Марков модельдерін қолданады.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
BOINC негізіндегі ерікті есептеу жобасы
BOINC based volunteer computing project
Similarity Matrix of Proteins (SIMAP) – ерікті есептеуді пайдалана отырып құрылған ақуыз ұқсастығының деректер базасы. Ол ғылыми мақсаттар үшін тегін қолжетімді. SIMAP ақуыз ұқсастығын алдын ала есептеу үшін FASTA алгоритмін пайдаланады, ал тағы бір қосымша ақуыз домендерін іздеу үшін жасырын Марков модельдерін қолданады. SIMAP – Мюнхен техникалық университеті, Мюнхен Гельмгольц орталығы және Вена университетінің бірлескен жобасы.
Similarity Matrix of Proteins (SIMAP) is a database of protein similarities created using volunteer computing. It is freely accessible for scientific purposes. SIMAP uses the FASTA algorithm to precalculate protein similarity, while another application uses hidden Markov models to search for protein domains. SIMAP is a joint project of the Technical University of Munich, the Helmholtz Zentrum München, and the University of Vienna.
Жобалық
Жоба әдетте әр айдың басында жаңа жұмыс бірліктерін алатын. Бірақ соңғы кезде (2010), дерекқорға экологиялық тізбектерді қосу үшін ұзақ уақыт, мысалы, бірнеше ай бойы үздіксіз жұмыс істеу қажет болды. Мұндай жаңартулар әдетте жылына екі рет жүзеге асырылатын. 2010 жылдың төртінші тоқсанында Мюнхен техникалық университетінің электр инфрақұрылымының нашарлауына байланысты жоба Вена университетіне көшірілді. Бұл көшірудің бір бөлігі ретінде жобаға арналған жаңа URL мекенжайы құрылды, бұл қолданыстағы еріктілер мен пайдаланушыларды жобадан ажыратып, қайта қосылуды талап етті. 2014 жылдың 30 мамырында жоба әкімшілері 10 жылдық тарихтан кейін SIMAP жобасының 2014 жылдың соңына дейін BOINC жүйесінен шығатынын хабарлады. Алайда, SIMAP зерттеулері "Смит-Уотерман алгоритмінің SSE-оптимизацияланған нұсқасын есептейтін, бірнеше жүз қарапайым көп ядролы процессорлардан" тұратын жергілікті аппараттық құралдарды пайдалана отырып жалғастырылатын болады.
The project usually got new work units at the beginning of each month. More recently, (2010), inclusion of environmental sequences into the database has required longer periods of activity, several months of continuous work for example. Typically, these updates occurred twice each year. In the fourth quarter of 2010, the project relocated to the University of Vienna due to the failing electrical infrastructure at the Technical University of Munich. Part of this exercise involved the creation of a project specific URL requiring existing volunteers and users to detach/reattach to the project. On May 30, 2014, it was announced by project administrators that after a 10 year history, SIMAP would be leaving BOINC by the end of 2014. SIMAP research, however, will go forward with the use of local hardware consisting of "ordinary multi core CPUs (some hundreds), crunching a SSE optimized version of the Smith Waterman algorithm."
Есептеу платформасы
SIMAP Berkeley желілік есептеулерге арналған ашық инфрақұрылым (BOINC) таралған есептеу платформасын пайдаланды.
SIMAP used the Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) distributed computing platform.
Қолданбаның жұмыс істеуіне арналған жазбалар
Жұмыс бірлігінің процессорлық уақыты кең ауқымда өзгерді, 15 минуттан 3 сағатқа дейін болды. Жұмыс бірліктерінің көлемі 1,5-тен 2,2 МБ-қа дейін, орташа есеппен шамамен 2 МБ құрады. SIMAP SSE мүмкіндігі бар процессорлар мен x86 64 процессорлары үшін оңтайландырылған клиенттік бағдарламалық жасақтаманы ұсынды. Ескі процессорлар үшін SSE қолдаусыз қосымшалар да ұсынылады, бірақ оларды қолмен орнату қажет. SIMAP Linux, Windows, Mac OS, Android және басқа UNIX платформаларын қолдайды. Дерекқор кейде барлық жарияланған ақуыз тізбектерімен және метагеномдармен жоба бойынша алдын ала есептелгендіктен, қолжетімді жұмыс SIMAP үшін алдын ала есептеуді қажет ететін жаңа жарияланған ақуыз тізбектерінен және метагеномдардан тұрды.
Work unit CPU times varied widely, ranging between 15 minutes and 3 hours. Work units varied in size from 1.5 to 2.2 MB each, averaging around 2 MB. SIMAP provided client software optimized for SSE enabled processors and x86 64 processors. For older processors non SSE applications are provided but require manual installation steps to be taken. Operating Systems supported by SIMAP are Linux, Windows, Mac OS, Android, and other UNIX platforms. Since the database had sometimes been completed with all publicly known protein sequences and metagenomes having been precalculated by the project, the work available consisted of newly published protein sequences and metagenomes that needed to be precomputed for SIMAP.