Введение
Проект добровольных вычислений на основе BOINC. Similarity Matrix of Proteins (SIMAP) – это база данных сходства белков, созданная с использованием добровольных вычислений. Она свободно доступна для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предварительного вычисления сходства белков, а другое приложение – скрытые марковские модели для поиска белковых доменов. SIMAP является совместным проектом Технического университета Мюнхена, Центра Гельмгольца в Мюнхене и Венского университета.
Similarity Matrix of Proteins (SIMAP) is a database of protein similarities created using volunteer computing. It is freely accessible for scientific purposes. SIMAP uses the FASTA algorithm to precalculate protein similarity, while another application uses hidden Markov models to search for protein domains. SIMAP is a joint project of the Technical University of Munich, the Helmholtz Zentrum München, and the University of Vienna.
Проект
В начале каждого месяца проект обычно получал новые рабочие единицы. В последнее время (в 2010 году) включение экологических последовательностей в базу данных потребовало более длительных периодов работы, например, нескольких месяцев непрерывной работы. Обычно эти обновления происходили дважды в год. В четвертом квартале 2010 года проект был перенесен в Венский университет из-за неисправности электроинфраструктуры в Техническом университете Мюнхена. В рамках этого переноса было создано специальное URL-адрес проекта, что потребовало от существующих волонтеров и пользователей отсоединиться от проекта и снова подключиться к нему. 30 мая 2014 года администраторы проекта объявили, что после 10 лет работы SIMAP покинет платформу BOINC к концу 2014 года. Однако исследования SIMAP будут продолжены с использованием локального оборудования, состоящего из "обычных многоядерных процессоров (нескольких сотен), выполняющих вычисления с использованием SSE-оптимизированной версии алгоритма Смита-Уотермана".
Вычислительная платформа
SIMAP использовал распределённую вычислительную платформу Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC).
Примечания по эксплуатационным характеристикам
Время работы процессора для каждой рабочей единицы значительно варьировалось – от 15 минут до 3 часов. Размер рабочих единиц колебался от 1,5 до 2,2 МБ, в среднем около 2 МБ. SIMAP предоставляет клиентское программное обеспечение, оптимизированное для процессоров с поддержкой SSE и x86-64. Для более старых процессоров доступны приложения без поддержки SSE, однако для их установки требуются дополнительные ручные действия. SIMAP поддерживает операционные системы Linux, Windows, Mac OS, Android и другие платформы UNIX. Поскольку база данных иногда содержала все известные публично доступные последовательности белков и метагеномы, предварительно вычисленные в рамках проекта, доступная работа состояла из недавно опубликованных последовательностей белков и метагеномов, которые необходимо было предварительно вычислить для SIMAP.