Қос өлшемді ЯМР спектрлерін шешуде тізбектік жүріс әдісі
Sequential walking
2D ЯМР спектрлерін шешуге арналған Sequential walking әдісі. Бұл әдіс байланыстарды анықтап, нуклеотидтер арасындағы кеңістіктік өзара әрекеттесуді көрсетеді.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Тізбекті жалғастыру – әртүрлі 2D NMR спектрлерін шешуге қолданылатын техника. 2D экспериментте қиылысқан сигналдар дұрыс ядролармен сәйкестендірілуі керек. Тізбекті жалғастыру арқылы, дұрыс ядроларды олардың қиылысқан сигналдарымен байланыстыруға болады. Белгіленген қиылысқан сигналдар ядролар арасындағы кеңістіктік өзара әрекеттесу сияқты құнды ақпарат бере алады. Мысалы, ДНҚ-ның NOESY спектрінде әр нуклеотидке тән химиялық ығысу болады. Жалпы, А нуклеотидтері төменгі жағында, Т нуклеотидтері жоғарғы жағында, ал С және Г нуклеотидтері орталықта орналасады. Әр нуклеотидтің дезоксирибоза қантында протондары бар, оларды тізбекті жалғастыру арқылы анықтауға болады. Мұны істеу үшін тізбектегі бірінші нуклеотидті анықтау қажет. ДНҚ тізбегін білу көмектеседі, бірақ әдетте бірінші нуклеотидті келесі ережелерді қолдану арқылы анықтауға болады. 1. Нуклеотидтің 2' және 2" протондары оның бағанында, сондай-ақ тізбектегі келесі нуклеотидтің бағанында көрінеді. Мысалы, CATG тізбегінде C бағанында оның өзінің 2' және 2" протондары ғана көрінеді, ал басқа нуклеотидтерден ешқайсысы жоқ. А үшін оның өзінің 2' және 2" протондары, сондай-ақ С нуклеотидінен де көрінеді. 2. Нуклеотидтегі метил топтары метил тобы бар нуклеотидтің бағанында, сондай-ақ оған дейінгі нуклеотидтің бағанында көрінеді. Мысалы, CATG тізбегінде A және T нуклеотидтерінде T-дегі метил тобына сәйкес метил шыңы болады, бірақ G нуклеотидінде болмайды. Бірінші нуклеотид анықталғаннан кейін, сіз оның жанында қай нуклеотид орналасқанын анықтайсыз, өйткені ол алдыңғы нуклеотидтің 2' және 2" протондарын қамтуы керек. Бұл спектр бойынша "жүру" арқылы іске асырылады. Бұл процесс барлық нуклеотидтер анықталғанша тізбекті жалғастыру арқылы қайталанады.
Sequential walking is a technique that can be used to solve various 2D NMR spectra. In a 2D experiment, cross peaks must be correlated to the correct nuclei. Using sequential walking, the correct nuclei can be assigned to their crosspeaks. The assigned crosspeaks can give valuable information such as spatial interactions between nuclei. In a NOESY of DNA, for example, each nucleotide has a different chemical shift associated with it. In general, A's are more downstream, T's are more upstream, and C's and G's are intermediate. Each nucleotide has protons on the deoxyribose sugar, which can be assigned using sequential walking. To do this, the first nucleotide in the sequence must be detected. Knowing the DNA sequence helps, but in general the first nucleotide can be determined using the following rules. 1. 2' and 2" protons of a nucleotide will show up in its column, as well as in the column of the next nucleotide in the sequence. For example, in the sequence CATG, in the column for C, its own 2' and 2" protons will be seen, but none of the other nucleotides. For A, its own 2' and 2" protons will be seen, as well as those from C.
2. Methyl groups on the nucleotide are seen in the column for the nucleotide containing a methyl group, as well as for the nucleotide preceding it. For example, in CATG, the A and T will contain the methyl peak corresponding to the methyl group on T, but G will not. Once the first nucleotide has been found, you determine which nucleotide is next to it because it should contain the 2' and 2" protons from the previous nucleotide. This is done by "walking" across the spectrum. This process is then repeated sequentially until all nucleotides have been assigned.