Амос Байрох: Швейцариялық биоинформатика ғалымы және протеин зерттеулерінің пионері

Кіріспе

Әмос Байрох (22 қараша 1957 жылы туған) – Женева университетінің Адам протеиндері ғылымы бөліміндегі биоинформатика профессоры және Швейцария биоинформатика институтында (SIB) CALIPHO тобының жетекшісі. Ол биоинформатика, мәліметтерді жинақтау және тәжірибелік жұмыстарды үйлестіре отырып, адам протеиндерін функционалды сипаттауға бағытталған зерттеулер жүргізеді. Оның әкесі экономикалық тарихшы Пол Байрох болды.

Білім

Оның докторлық диссертациясы бойынша алғашқы жобасы – ақуыз және нуклеотид тізбектерін талдауға арналған MS DOS негізіндегі PC/Gene бағдарламалық пакетін жасау болды. PC/Gene алғаш швейцариялық Genofit компаниясы, содан кейін АҚШ-тағы Intelligenetics компаниясы арқылы коммерцияландырылды, ал кейіннен Oxford Molecular оны сатып алды.

Зерттеу

Оның негізгі жұмысы ақуыз тізбегін талдау саласында, әсіресе осы мақсатта деректер базаларын және бағдарламалық құралдарды әзірлеуде. Оның ең маңызды үлесі – ақуызға қатысты деректерге мұқият қолмен түсініктемелер қосу арқылы адам білімін енгізу. PC/Gene-де жұмыс істеп жүргенде, ол 1986 жылдың шілдесінде алғаш рет жарияланған, анотацияланған ақуыз тізбегінің дерекқоры Swiss-Prot-ты әзірлеуді бастады. 1988 жылдан бастап ол Еуропалық молекулалық биология зертханасының Деректер кітапханасы тобымен бірлесіп жұмыс істеді, кейіннен ол Еуропалық биоинформатика институтына (EBI) айналды. Swiss-Prot дерекқоры – әлемдегі ақуыз тізбегінің негізгі ресурсы және биоинформатиктер мен зертханалық ғалымдар үшін өте кең ауқымды қолданыстарда маңызды зерттеу құралы болып табылады. Оның табыстылығының бір өлшемі – жақында құрылған UniProt, әлемдегі ең толық ақуыздар туралы ақпарат каталогы. UniProt – ақуыз тізбегі мен функциялары туралы орталық ақпараттық ресурс, ол Swiss-Prot, TrEMBL және Американдық ақуыз ақпараттық ресурсы (PIR) дерекқорларындағы ақпаратты біріктіру арқылы құрылған. 1988 жылы ол ақуыз отбасылары мен домендерінің дерекқоры PROSITE-ты әзірлеуді бастады. Біраз уақыттан кейін ол ферменттер туралы номенклатуралық дерекқор ENZYME және тізбек талдауының библиографиялық анықтамалық дерекқоры SeqAnalRef-ті құрды. Рон Аппельмен бірлесіп, 1993 жылдың тамызында ол алғашқы молекулалық биология WWW серверін ExPASy іске қосты. Бастапқыда прототип ретінде жоспарланған сайт, Женевада толық немесе жартылай өндірілген көптеген деректер базасына және ақуыздарды талдауға арналған көптеген құралдарға (протеомика) қол жеткізуді қамтамасыз ететін ірі сайтқа айналды. 1998 жылы ол Женева мен Лозаннадағы әріптестерімен бірге Швейцарияда биоинформатика саласындағы орталықты құру мақсатында SIB Швейцарияның биоинформатика институтын құрушылардың бірі болды. 1997 жылдың қарашасында Рон Аппель және Денис Хохстрассермен бірге ол биологиялық біліммен айналысатын GeneBio (Geneva Bioinformatics SA) компаниясын құрды. 2000 жылдың сәуірінде жоғарыда аталған тұлғалар Кит Роуз және Робин Оффордпен бірге GeneProt (Geneva Proteomics) компаниясын құрды, ол 2005 жылы қызметін тоқтатты. 2009 жылдан бастап, CALIPHO тобының аясында, өзі және Лиди Лейн басқаратын, ол neXtProt ресурсын әзірлеуге қатысады, оның мақсаты – ғалымдарға барлық адам ақуыздары туралы кең ауқымды білім беру. Ол сондай-ақ жасуша желілері туралы білім беру ресурсы Cellosaurus-ты әзірлеуге қатысады. Google Scholar деректері бойынша, Biochemical Journal, Nature, Briefings in Bioinformatics және Database.

His main work is in the field of protein sequence analysis and more particularly in the development of databases and software tools for this purpose. His most important contribution is the input of human knowledge by careful manual annotation in protein related data. While working on PC/Gene he started to develop an annotated protein sequence database which became Swiss Prot and was first released in July 1986. From 1988 onward it has been a collaborative project with the Data Library group of the European Molecular Biology Laboratory which later evolved into the European Bioinformatics Institute (EBI). The Swiss Prot database is the primary protein sequence resource in the world and has been a key research instrument for both bioinformaticians and laboratory based scientists in a very wide range of applications. A measure of its success is the recent development of UniProt, the world's most comprehensive catalogue of information on proteins. UniProt is a central information resource of protein sequences and functions created by joining the information contained in Swiss Prot, TrEMBL, and the American Protein Information Resource (PIR) databases. In 1988, he started to develop PROSITE, a database of protein families and domains. A little while later he created ENZYME, a nomenclature database on enzymes as well as SeqAnalRef, a sequence analysis bibliographic reference database. In collaboration with Ron Appel he initiated, in August 1993, the first molecular biology WWW server, ExPASy. What was intended as a prototype grew rapidly into a major site that provides access to the many databases produced partially or completely in Geneva as well as many tools for the analysis of proteins (proteomics). In 1998, with colleagues in Geneva and Lausanne, he was one of the founders of the SIB Swiss Institute of Bioinformatics, whose mission is to establish in Switzerland a center of excellence in the field of bioinformatics with an emphasis on research, education, services and the developments of databases and tools. In November 1997, together with Ron Appel and Denis Hochstrasser, he founded GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), a company involved in biological knowledge. In April 2000, the above persons with Keith Rose and Robin Offord founded GeneProt (Geneva Proteomics), a high throughput proteomics company that ceased operations in 2005. Since 2009, in the framework of the CALIPHO group, directed by himself and Lydie Lane, he is involved in the development of neXtProt a resource which aims to provide life scientists with a broad spectrum of knowledge on all human proteins. He is also involved in the development of the Cellosaurus a knowledge resource on cell lines. According to Google Scholar the Biochemical Journal, Nature, Briefings in Bioinformatics, and Database.