Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Амос Байрох (родился 22 ноября 1957 года) — профессор биоинформатики в Департаменте наук о человеческих белках Женевского университета, где он возглавляет группу CALIPHO в Швейцарском институте биоинформатики (SIB), объединяющую биоинформатику, курирование данных и экспериментальные исследования для функциональной характеристики человеческих белков. Его отцом был экономический историк Поль Байрох.
|influences =
|influenced =
|prizes =
| website =
Amos Bairoch (born 22 November 1957) and Professor of Bioinformatics at the Department of Human Protein Sciences of the University of Geneva where he leads the CALIPHO group at the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) combining bioinformatics, curation, and experimental efforts to functionally characterize human proteins. His father was the economic historian Paul Bairoch.
Образование
Его первым проектом в качестве аспиранта была разработка PC/Gene – программного обеспечения для MS DOS, предназначенного для анализа последовательностей белков и нуклеотидов. PC/Gene был коммерциализирован, сначала швейцарской компанией (Genofit), а затем компанией Intelligenetics в США, которая впоследствии была приобретена Oxford Molecular.
His first project as a PhD student was the development of PC/Gene, an MS DOS–based software package for the analysis of protein and nucleotide sequences. PC/Gene was commercialized, first by a Swiss company (Genofit) then by Intelligenetics in the US which was later bought by Oxford Molecular.
Исследования
Его основная работа связана с анализом последовательностей белков и, в частности, с разработкой баз данных и программных инструментов для этой цели. Его наиболее значительный вклад – внесение человеческих знаний посредством тщательной ручной аннотации данных, связанных с белками. Работая над PC/Gene, он начал создавать аннотированную базу данных последовательностей белков, которая впоследствии стала Swiss-Prot и была впервые опубликована в июле 1986 года. С 1988 года это был совместный проект с группой Data Library Европейской лаборатории молекулярной биологии, которая позднее преобразовалась в Европейский институт биоинформатики (EBI). База данных Swiss-Prot является основным мировым ресурсом по последовательностям белков и ключевым инструментом для биоинформатиков и ученых-экспериментаторов в самых различных областях. Показателем успеха проекта является недавняя разработка UniProt – наиболее полного в мире каталога информации о белках. UniProt – это центральный информационный ресурс по последовательностям и функциям белков, созданный путем объединения данных из баз данных Swiss-Prot, TrEMBL и American Protein Information Resource (PIR). В 1988 году он начал разработку PROSITE – базы данных семейств и доменов белков. Вскоре после этого он создал ENZYME – базу данных номенклатуры ферментов, а также SeqAnalRef – библиографическую базу данных по анализу последовательностей. В сотрудничестве с Роном Аппелем в августе 1993 года он инициировал создание первого WWW-сервера по молекулярной биологии – ExPASy. То, что задумывалось как прототип, быстро превратилось в крупный сайт, предоставляющий доступ ко многим базам данных, созданным частично или полностью в Женеве, а также к множеству инструментов для анализа белков (протеомики). В 1998 году вместе с коллегами из Женевы и Лозанны он стал одним из основателей Швейцарского института биоинформатики (SIB), миссия которого заключается в создании в Швейцарии центра передового опыта в области биоинформатики с акцентом на исследования, образование, услуги и разработку баз данных и инструментов. В ноябре 1997 года совместно с Роном Аппелем и Денисом Хохстрассером он основал GeneBio (Geneva Bioinformatics SA) – компанию, специализирующуюся на биологических знаниях. В апреле 2000 года вышеупомянутые лица вместе с Китом Роузом и Робином Оффордом основали GeneProt (Geneva Proteomics) – компанию, занимающуюся высокопроизводительной протеомикой, которая прекратила свою деятельность в 2005 году. С 2009 года, в рамках группы CALIPHO, возглавляемой им и Лиди Лейн, он участвует в разработке neXtProt – ресурса, целью которого является предоставление ученым-биологам широкого спектра знаний обо всех человеческих белках. Он также участвует в разработке Cellosaurus – ресурса знаний о клеточных линиях. Согласно Google Scholar, публикации ведутся в журналах Biochemical Journal, Nature, Briefings in Bioinformatics и Database.
His main work is in the field of protein sequence analysis and more particularly in the development of databases and software tools for this purpose. His most important contribution is the input of human knowledge by careful manual annotation in protein related data. While working on PC/Gene he started to develop an annotated protein sequence database which became Swiss Prot and was first released in July 1986. From 1988 onward it has been a collaborative project with the Data Library group of the European Molecular Biology Laboratory which later evolved into the European Bioinformatics Institute (EBI). The Swiss Prot database is the primary protein sequence resource in the world and has been a key research instrument for both bioinformaticians and laboratory based scientists in a very wide range of applications. A measure of its success is the recent development of UniProt, the world's most comprehensive catalogue of information on proteins. UniProt is a central information resource of protein sequences and functions created by joining the information contained in Swiss Prot, TrEMBL, and the American Protein Information Resource (PIR) databases. In 1988, he started to develop PROSITE, a database of protein families and domains. A little while later he created ENZYME, a nomenclature database on enzymes as well as SeqAnalRef, a sequence analysis bibliographic reference database. In collaboration with Ron Appel he initiated, in August 1993, the first molecular biology WWW server, ExPASy. What was intended as a prototype grew rapidly into a major site that provides access to the many databases produced partially or completely in Geneva as well as many tools for the analysis of proteins (proteomics). In 1998, with colleagues in Geneva and Lausanne, he was one of the founders of the SIB Swiss Institute of Bioinformatics, whose mission is to establish in Switzerland a center of excellence in the field of bioinformatics with an emphasis on research, education, services and the developments of databases and tools. In November 1997, together with Ron Appel and Denis Hochstrasser, he founded GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), a company involved in biological knowledge. In April 2000, the above persons with Keith Rose and Robin Offord founded GeneProt (Geneva Proteomics), a high throughput proteomics company that ceased operations in 2005. Since 2009, in the framework of the CALIPHO group, directed by himself and Lydie Lane, he is involved in the development of neXtProt a resource which aims to provide life scientists with a broad spectrum of knowledge on all human proteins. He is also involved in the development of the Cellosaurus a knowledge resource on cell lines. According to Google Scholar the Biochemical Journal, Nature, Briefings in Bioinformatics, and Database.