Молекулалық бірліктердің химиялық базасы мен онтологиясы
ChEBI
ChEBI: Биологиялық маңызы бар химиялық қосылыстардың базасы. Химиялық құралымдар, номенклатура, биоактивтілік туралы ақпарат. IUPAC стандарттарымен сәйкес.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Химиялық деректер қоры және молекулалық бірліктердің онтологиясы
Chemical database and ontology of molecular entities
Биологиялық тұрғыдан қызығушылық тудыратын химиялық бірліктер, сондай-ақ ChEBI деп белгілі, – «кішкентай» химиялық қосылыстарға бағытталған химиялық деректер қоры және молекулалық бірліктердің онтологиясы. Ол Еуропалық биоинформатика институтының (EBI) Ашық биомедициналық онтологиялар (OBO) жобасының бір бөлігі болып табылады. «Молекулалық бірлік» термині кез келген «құралымдық немесе изотоптық тұрғыдан ерекшеленетін атом, молекула, ион, иондық жұп, радикал, радикал-ион, кешен, конформер және т.б., жеке-жеке анықтауға болатын бірлік ретінде» анықталатын кез келген нәрсені білдіреді. Бұл молекулалық бірліктер табиғатта кездесетін немесе синтезделген, биологиялық белсенділікке ие болуы мүмкін өнімдер болып табылады. Геноммен тікелей кодталған молекулалар, мысалы нуклеин қышқылы, ақуыздар және ақуыздардан протеолитикалық ыдырау арқылы алынған пептидтер, әдетте ChEBI-ге кірмейді. ChEBI Халықаралық таза және қолданбалы химия одағының (IUPAC) және Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының (NC IUBMB) номенклатура комитеті бекіткен номенклатураны, символизмді және терминологияны пайдаланады.
Chemical Entities of Biological Interest, also known as ChEBI, is a chemical database and ontology of molecular entities focused on 'small' chemical compounds, that is part of the Open Biomedical Ontologies (OBO) effort at the European Bioinformatics Institute (EBI). The term "molecular entity" refers to any "constitutionally or isotopically distinct atom, molecule, ion, ion pair, radical, radical ion, complex, conformer, etc., identifiable as a separately distinguishable entity". The molecular entities in question are either products of nature or synthetic products which have potential bioactivity. Molecules directly encoded by the genome, such as nucleic acids, proteins and peptides derived from proteins by proteolytic cleavage, are not as a rule included in ChEBI. ChEBI uses nomenclature, symbolism and terminology endorsed by the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) and nomenclature committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC IUBMB).
Қолданылу аясы мен қолжетімділік
Деректер қорындағы барлық деректер жеке меншік емес немесе жеке меншік емес көздерден алынған. Осыған байланысты, олар кез келген адамға тегін қолжетімді және қолданылуға дайын. Әрі, әрбір дерек элементі толыққанды ізге түсіріледі және бастапқы көзіне нақты сілтеме беріледі. Олар ChEMBL, ChemSpider, DrugBank, MetaboLights және PubChem сияқты басқа да деректер базаларымен байланысты. ChEBI деректеріне ашық веб-қосымша, веб-қызметтер, SPARQL нүктесі және жүктеу арқылы қол жеткізуге болады.
All data in the database is non proprietary or is derived from a non proprietary source. It is thus freely accessible and available to anyone. In addition, each data item is fully traceable and explicitly referenced to the original source. It is related in scope other databases such as ChEMBL, ChemSpider, DrugBank, MetaboLights and PubChem. ChEBI data is available through a public web application, web services, SPARQL endpoint and downloads.