Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Химическая база данных и онтология молекулярных сущностей
Chemical database and ontology of molecular entities
Химические сущности, представляющие биологический интерес, также известные как ChEBI, – это химическая база данных и онтология молекулярных сущностей, ориентированная на «небольшие» химические соединения, являющаяся частью проекта Open Biomedical Ontologies (OBO) в Европейском институте биоинформатики (EBI). Термин «молекулярная сущность» относится к любому «конституционно или изотопно различающемуся атому, молекуле, иону, ионной паре, радикалу, радикальному иону, комплексу, конформеру и т. д., идентифицируемому как отдельно различимая сущность». Рассматриваемые молекулярные сущности являются либо продуктами природы, либо синтетическими продуктами, обладающими потенциальной биоактивностью. Молекулы, непосредственно кодируемые геномом, такие как нуклеиновые кислоты, белки и пептиды, полученные из белков путем протеолитического расщепления, как правило, не включаются в ChEBI. ChEBI использует номенклатуру, символику и терминологию, одобренные Международным союзом теоретической и прикладной химии (IUPAC) и номенклатурным комитетом Международного союза биохимии и молекулярной биологии (NC-IUBMB).
Chemical Entities of Biological Interest, also known as ChEBI, is a chemical database and ontology of molecular entities focused on 'small' chemical compounds, that is part of the Open Biomedical Ontologies (OBO) effort at the European Bioinformatics Institute (EBI). The term "molecular entity" refers to any "constitutionally or isotopically distinct atom, molecule, ion, ion pair, radical, radical ion, complex, conformer, etc., identifiable as a separately distinguishable entity". The molecular entities in question are either products of nature or synthetic products which have potential bioactivity. Molecules directly encoded by the genome, such as nucleic acids, proteins and peptides derived from proteins by proteolytic cleavage, are not as a rule included in ChEBI. ChEBI uses nomenclature, symbolism and terminology endorsed by the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) and nomenclature committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC IUBMB).
Область применения и доступ
Все данные в базе данных не являются собственностью (проприетарными) или получены из источников, не являющихся собственностью. Таким образом, они свободно доступны и открыты для всех. Кроме того, каждый элемент данных полностью отслеживаем и содержит явную ссылку на первоначальный источник. База данных ChEBI связана по охвату с другими базами данных, такими как ChEMBL, ChemSpider, DrugBank, MetaboLights и PubChem. Данные ChEBI доступны через публичное веб-приложение, веб-сервисы, SPARQL-endpoint и загрузки.
All data in the database is non proprietary or is derived from a non proprietary source. It is thus freely accessible and available to anyone. In addition, each data item is fully traceable and explicitly referenced to the original source. It is related in scope other databases such as ChEMBL, ChemSpider, DrugBank, MetaboLights and PubChem. ChEBI data is available through a public web application, web services, SPARQL endpoint and downloads.