Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Тізбектей биологиялық молекулаларда кездесетін, жалпы үш өлшемді құрылымның түрі.
Type of common three dimensional structure in chain like biological molecules
Тізбектей биологиялық молекулаларда, мысалы, белок немесе нуклеин қышқылында, құрылымдық мотив – әртүрлі, эволюциялық жағынан байланыссыз молекулаларда кездесетін, жалпы үш өлшемді құрылым. Құрылымдық мотивті реттілік мотивпен байланыстыру міндетті емес; ол әртүрлі ақуыздарда немесе РНҚ-да әртүрлі және мүлдем байланыссыз реттіліктермен ұсынылуы мүмкін.
In a chain like biological molecule, such as a protein or nucleic acid, a structural motif is a common three dimensional structure that appears in a variety of different, evolutionarily unrelated molecules. A structural motif does not have to be associated with a sequence motif; it can be represented by different and completely unrelated sequences in different proteins or RNA.
Нуклеин қышқылдарында
Кезеңділікке және басқа да жағдайларға байланысты нуклеин қышқылдары биологиялық маңызы бар саналатын әртүрлі құрылымдық мотивтерді құра алады. Сабақтық цикл Сабақтық циклдің ішкі молекулалық базалық жұптасуы – бір тізгілі ДНК-да немесе көбінесе РНК-да кездесетін үлгі. Бұл құрылым шаштық немесе шаштық бұранда деп те аталады. Ол бір тізгілің екі аймағы, әдетте қарама-қарсы бағытта оқылғанда нуклеотидтік тізбектері толықтыратын, екі спиральді құру үшін базалық жұптар жасағанда, жұпталмаған циклмен аяқталады. Нәтижесінде пайда болған құрылым көптеген РНК-ның екіншілік құрылымдарының негізгі құрылыс блогы болып табылады. Крест тәрізді ДНК Крест тәрізді ДНК – B емес ДНК-ның бір түрі, оның құрылымын құру үшін кем дегенде 6 нуклеотидтік инверттік қайталану қажет, ол сабақ, тармақталу нүктесі және крест пішіндес циклден тұрады, теріс ДНК суперспиральдеуімен тұрақтандырылады. ДНК-ның екі классы сипатталған: бүктелген және бүктелмеген. G төртбұрыш G төртбұрышты екіншілік құрылымдар (G4) нуклеин қышқылдарында гуанинге бай тізбектер арқылы қалыптасады. Олар спираль тәрізді пішінде және бір, екі немесе төрт тізгілінен құралатын гуанин тетрадаларын қамтиды. D цикл (D-loop) – екі тізгілі ДНК молекуласының екі тізгісі біршамаға бөлініп, үшінші ДНК тізгісімен бөлек ұсталатын ДНК құрылымы. R цикл D циклға ұқсас, бірақ бұл жағдайда үшінші тізгі ДНК емес, РНК болып табылады. Үшінші тізгі негізгі тізгілердің бірімен толықтырылып, онымен жұптасып, аймақтағы екінші негізгі тізгіні ығыстырады. Осы аймақтағы құрылым үш тізгілі ДНК нысаны болып табылады. Бұл терминді енгізген мақаладағы диаграмма D циклін үлкен "D" әрпіне ұқсас пішінде көрсеткен, онда ығыстырылған тізгі "D" әрпінің циклын құрайды.
Depending upon the sequence and other conditions, nucleic acids can form a variety of structural motifs which is thought to have biological significance. Stem loop Stem loop intramolecular base pairing is a pattern that can occur in single stranded DNA or, more commonly, in RNA. The structure is also known as a hairpin or hairpin loop. It occurs when two regions of the same strand, usually complementary in nucleotide sequence when read in opposite directions, base pair to form a double helix that ends in an unpaired loop. The resulting structure is a key building block of many RNA secondary structures. Cruciform DNA Cruciform DNA is a form of non B DNA that requires at least a 6 nucleotide sequence of inverted repeats to form a structure consisting of a stem, branch point and loop in the shape of a cruciform, stabilized by negative DNA supercoiling. Two classes of cruciform DNA have been described; folded and unfolded. G quadruplex G quadruplex secondary structures (G4) are formed in nucleic acids by sequences that are rich in guanine. They are helical in shape and contain guanine tetrads that can form from one, two or four strands. D loop A displacement loop or D loop is a DNA structure where the two strands of a double stranded DNA molecule are separated for a stretch and held apart by a third strand of DNA. An R loop is similar to a D loop, but in this case the third strand is RNA rather than DNA. The third strand has a base sequence which is complementary to one of the main strands and pairs with it, thus displacing the other complementary main strand in the region. Within that region the structure is thus a form of triple stranded DNA. A diagram in the paper introducing the term illustrated the D loop with a shape resembling a capital "D", where the displaced strand formed the loop of the "D".
Белдіктерде
Белоктарда құрылымдық мотив екіншілік құрылымдық элементтердің арасындағы байланысты сипаттайды. Жеке мотив әдетте бірнеше элементтен тұрады, мысалы, «спираль-бұрылыс-спираль» мотиві тек үштен тұрады. Мотивтің барлық нұсқаларында элементтердің кеңістіктік тізбегі бірдей болуы мүмкін, бірақ олар негізгі генде кез келген ретпен кодталуы мүмкін. Екіншілік құрылымдық элементтерден басқа, ақуыздың құрылымдық мотивтеріне көбінесе өзгермелі ұзындығы және нақты емес құрылымы бар циклдар кіреді. Құрылымдық мотивтер тандемдік қайталанулар түрінде де кездесуі мүмкін. Бета-шаштық – өте кең таралған. Екі антипараллель бета-тізбек, олардың арасында бірнеше аминқышқылының тығыз бұрылысымен байланысқан. Грек кілті – үш шашты тігістермен байланысқан төрт бета-тізбек, ал төртіншісі үстіне бүктелген. Омега циклы – циклдің басы мен соңындағы қалдықтардың өте жақын орналасқан циклы. Спираль-цикл-спираль – аминқышқылының циклмен байланысқан бөлігімен байланысқан альфа-спиральдардан тұрады. Бұл мотив транскрипция факторларында кездеседі. Мырыш саусағы – мырыш ионын байланыстыру үшін бүктелген екі бета-жіп және альфа-спираль. ДНК-ны байланыстыратын белоктар үшін маңызды. Спираль-бұрылыс-спираль – аминқышқылының қысқа тізбегімен қосылған екі α-спираль, ген экспрессиясын реттейтін көптеген белоктарда кездеседі. Ұя – өте кең таралған. Үш тізбекті аминқышқылы қалдықтары анионды байланыстыратын ойыс құрайды. Ниша – өте кең таралған. Үш немесе төрт тізбекті аминқышқылы қалдықтары катиондық байланыс белгісін құрайды.
In proteins, a structural motif describes the connectivity between secondary structural elements. An individual motif usually consists of only a few elements, e. g., the 'helix turn helix' motif which has just three. Note that, while the spatial sequence of elements may be identical in all instances of a motif, they may be encoded in any order within the underlying gene. In addition to secondary structural elements, protein structural motifs often include loops of variable length and unspecified structure. Structural motifs may also appear as tandem repeats. Beta hairpin Extremely common. Two antiparallel beta strands connected by a tight turn of a few amino acids between them. Greek key Four beta strands, three connected by hairpins, the fourth folded over the top. Omega loop A loop in which the residues that make up the beginning and end of the loop are very close together. Helix loop helix Consists of alpha helices bound by a looping stretch of amino acids. This motif is seen in transcription factors. Zinc finger Two beta strands with an alpha helix end folded over to bind a zinc ion. Important in DNA binding proteins. Helix turn helix Two α helices joined by a short strand of amino acids and found in many proteins that regulate gene expression. Nest Extremely common. Three consecutive amino acid residues form an anion binding concavity. Niche Extremely common. Three or four consecutive amino acid residues form a cation binding feature.