BioPerl: Коллекция модулей Perl для биоинформатики
BioPerl
BioPerl: коллекция Perl модулей для биоинформатики. Разработка скриптов, анализ генома, поддержка Open Bioinformatics Foundation. История и применение.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Коллекция модулей Perl для биоинформатики
Collection of Perl modules for bioinformatics
BioPerl – это набор модулей Perl, упрощающих разработку скриптов Perl для биоинформатических задач. BioPerl сыграл ключевую роль в проекте "Геном человека".
BioPerl is a collection of Perl modules that facilitate the development of Perl scripts for bioinformatics applications. It has played an integral role in the Human Genome Project.
Предыстория
BioPerl – активный проект с открытым исходным кодом, поддерживаемый Фондом открытой биоинформатики. Первый набор Perl-кодов BioPerl был создан Тимом Хаббардом и Джонгом Бхаком в MRC Centre Cambridge, где Фредом Сэнгером было выполнено первое секвенирование генома. Центр MRC был одним из центров и колыбелей современной биоинформатики, поскольку располагал большим количеством последовательностей ДНК и трехмерных структур белков. Хаббард использовал библиотеку th lib.pl Perl, которая содержала множество полезных подпрограмм Perl для биоинформатики. Бхак, первый аспирант Хаббарда, создал jong lib.pl. Бхак объединил эти две библиотеки подпрограмм Perl в Bio.pl. Название BioPerl было предложено совместно Бхаком и Стивеном Бреннером в Центре инженерии белков (CPE). В 1995 году Бреннер организовал сессию, посвященную BioPerl, на конференции Intelligent Systems for Molecular Biology, проходившей в Кембридже. В последующие месяцы у BioPerl появились пользователи, в том числе Георг Фюллен, который организовал учебный курс в Германии. Коллеги и студенты Фюллена значительно расширили BioPerl, а затем это было продолжено другими, включая Стива Червица, который активно разрабатывал Perl-коды для своей базы данных генома дрожжей. Наибольшее расширение произошло, когда к команде разработчиков присоединился студент Кембриджского университета Эван Бирни. Первый стабильный релиз состоялся 11 июня 2002 года, а последний стабильный релиз (с точки зрения API) – 1.7.2 от 7 сентября 2017 года. Также периодически выпускаются релизы для разработчиков. Версия 1.7.x считается наиболее стабильной (с точки зрения ошибок) версией BioPerl и рекомендуется для повседневного использования. Для использования BioPerl пользователю необходимо базовое понимание языка программирования Perl, включая понимание принципов работы со ссылками, модулями, объектами и методами Perl.
BioPerl is an active open source software project supported by the Open Bioinformatics Foundation. The first set of Perl codes of BioPerl was created by Tim Hubbard and Jong Bhak at MRC Centre Cambridge, where the first genome sequencing was carried out by Fred Sanger. MRC Centre was one of the hubs and birthplaces of modern bioinformatics as it had a large quantity of DNA sequences and 3D protein structures. Hubbard was using the th lib. pl Perl library, which contained many useful Perl subroutines for bioinformatics. Bhak, Hubbard's first PhD student, created jong lib. pl. Bhak merged the two Perl subroutine libraries into Bio. pl. The name BioPerl was coined jointly by Bhak and Steven Brenner at the Centre for Protein Engineering (CPE). In 1995, Brenner organized a BioPerl session at the Intelligent Systems for Molecular Biology conference, held in Cambridge. BioPerl had some users in coming months including Georg Fuellen who organized a training course in Germany. Fuellen's colleagues and students greatly extended BioPerl; this was further expanded by others, including Steve Chervitz who was actively developing Perl codes for his yeast genome database. The major expansion came when Cambridge student Ewan Birney joined the development team. The first stable release was on 11 June 2002; the most recent stable (in terms of API) release is 1.7.2 from 7 September 2017. There are also developer releases produced periodically. Version series 1.7. x is considered to be the most stable (in terms of bugs) version of BioPerl and is recommended for everyday use. In order to take advantage of BioPerl, the user needs a basic understanding of the Perl programming language including an understanding of how to use Perl references, modules, objects, and methods.
Преимущества
BioPerl был одним из первых репозиториев биологических модулей, который значительно повысил удобство их использования. Его модули очень легко устанавливаются, а также имеется гибкий глобальный репозиторий. BioPerl использует качественные тестовые модули для широкого спектра задач.
BioPerl was one of the first biological module repositories that increased its usability. It has very easy to install modules, along with a flexible global repository. BioPerl uses good test modules for a large variety of processes.
Недостатки
Существует множество способов использования BioPerl, от простого скриптинга до очень сложного объектно-ориентированного программирования. Это делает язык неоднозначным и порой трудным для понимания. При таком количестве модулей, как у BioPerl, некоторые из них не всегда работают должным образом.
There are many ways to use BioPerl, from simple scripting to very complex object programming. This makes the language not clear and sometimes hard to understand. For as many modules that BioPerl has, some do not always work the way they are intended.