Темы

Базы данных биоинформатики

Bioinformatics Databases · 42 статей

  1. Вычислительный анализ больших биологических данных

    Биоинформатика: анализ больших биологических данных. Разработка методов и ПО для интерпретации сложных данных с использованием IT, статистики и математики.

    #902 · 18 мин чтения

  2. Протео́м: состав, изучение и применение в медицине.

    Протео́м: все набо́ры белко́в, экспресси́руемые гено́мом, кле́ткой или органи́змом. Изуче́ние протео́ма – протеоми́ка. Разли́чия в кле́точных протео́мах.

    #5736 · 6 мин чтения

  3. Протеомика: Крупномасштабное изучение белков

    Протеомика: масштабное изучение белков, их функций (структура, ферменты, гормоны, антитела) и роли в организме. Анализ протеома для новых открытий.

    #12903 · 20 мин чтения

  4. Национальный центр биотехнологической информации: базы данных и ресурсы NCBI

    NCBI: базы данных NIH по биотехнологиям и биомедицине. GenBank, PubMed и другие ресурсы для биоинформатики. Информация от Национальной медицинской библиотеки США.

    #47060 · 4 мин чтения

  5. Атласы мозга человека и мыши: генетическая карта для нейронауки.

    Атласы мозга человека и мыши от Allen Institute: карты экспрессии генов для изучения нейробиологии и болезней мозга. Бесплатный доступ онлайн.

    #78499 · 7 мин чтения

  6. Базы данных биологических последовательностей: история и современные тенденции.

    Биоинформатика: базы данных последовательностей ДНК и белков, такие как UniProt. Поиск, хранение и анализ миллионов генетических данных.

    #86337 · 2 мин чтения

  7. Биологические базы данных: структура, типы и применение.

    Биологические базы данных: геномика, протеомика, метаболомика и др. Информация о структуре, функциях генов, мутациях и сходстве последовательностей.

    #90433 · 5 мин чтения

  8. BioRuby: Библиотека для вычислительной биологии на Ruby

    BioRuby: библиотека Ruby для биоинформатики и молекулярной биологии. Анализ ДНК, белков, выравнивание последовательностей, базы данных и плагины Biogem.

    #112458 · 2 мин чтения

  9. Поисковая система Entrez для медицинских наук

    Поиск по медицинским базам данных NCBI: Entrez Global Query – единая точка доступа к информации о здоровье, последовательностям и научным статьям.

    #116479 · 2 мин чтения

  10. BioJava: Инструменты для обработки биологических данных на Java

    BioJava: библиотека Java для биоинформатики. Обработка ДНК, белков, структур, парсинг файлов PDB и интеграция с Jmol. Открытый исходный код!

    #116570 · 5 мин чтения

  11. BioPerl: Коллекция модулей Perl для биоинформатики

    BioPerl: коллекция Perl модулей для биоинформатики. Разработка скриптов, анализ генома, поддержка Open Bioinformatics Foundation. История и применение.

    #116571 · 2 мин чтения

  12. Прогнозирование генов: вычислительные методы и современные подходы.

    Прогнозирование генов в биоинформатике: определение участков ДНК, кодирующих гены и регуляторные элементы. Важный этап анализа генома после секвенирования.

    #119267 · 8 мин чтения

  13. Интерактом: Полный набор молекулярных взаимодействий в клетке.

    Интерактом – полный набор молекулярных взаимодействий в клетке: белок-белок, ген-ген, малые молекулы и белки. Графическое представление, сети взаимодействий.

    #178005 · 6 мин чтения

  14. Транскриптом: Состав и методы изучения РНК в клетке.

    Транскриптом: полный набор РНК в клетках. Определение, значение и развитие методов изучения транскриптома – от cDNA библиотек до высокопроизводительных технологий.

    #178009 · 8 мин чтения

  15. Регулом: компоненты и механизмы клеточной регуляции.

    Регулом: компоненты клеточной регуляции – гены, белки, метаболиты. Влияние транскрипционных факторов и комплексов на экспрессию генов, зависимость от среды.

    #178025 · 1 мин чтения

  16. Метаболом: полный набор малых молекул в биологическом образце.

    Метаболом – полный набор малых молекул в биологическом образце. Включает эндогенные и экзогенные метаболиты: аминокислоты, кислоты, витамины и др.

    #178030 · 6 мин чтения

  17. Инструменты профилирования последовательностей в биоинформатике

    Инструменты профилирования последовательностей в биоинформатике: поиск и анализ ДНК, РНК, белков. Упрощают работу с базами данных и литературой.

    #205600 · 7 мин чтения

  18. Компьютерное моделирование биологических систем: вызовы и перспективы.

    Моделирование биологических систем: вычислительная системная биология, алгоритмы, симуляции, анализ и визуализация сложных клеточных процессов и их свойств.

    #209917 · 5 мин чтения

  19. Онтология генов: унификация представления атрибутов генов и генопродуктов.

    Генная онтология (GO): унификация данных о генах и геномах. Функциональная интерпретация, инструменты анализа, машиночитаемые данные для всех видов.

    #219017 · 4 мин чтения

  20. Международное сотрудничество баз данных нуклеотидных последовательностей (INSDC)

    Международные базы нуклеотидных последовательностей (INSDC): GenBank, ENA, DDBJ. Свободный доступ к данным ДНК и РНК для исследований и публикаций.

    #222772 · 1 мин чтения

  21. UniProt: База данных по последовательностям и функциям белков

    UniProt: база данных аминокислотных последовательностей и функций белков. Информация из геномных проектов и научных публикаций. Бесплатный доступ.

    #239641 · 5 мин чтения

  22. BRENDA: Всеобъемлющая база данных ферментов

    БРЕНДА: Полная база данных ферментов с информацией о реакциях, кинетических свойствах и молекулярных данных. Извлечено из научных публикаций.

    #262975 · 1 мин чтения

  23. Ресурс белковой информации PIR: история и развитие

    Белки и геномика: PIR – база данных белковых последовательностей, история с 1964 года. Исследования, эволюция, идентификация и анализ протеома.

    #264097 · 2 мин чтения

  24. Европейский институт биоинформатики: исследования и ресурсы для анализа биологических данных.

    Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI): исследования, базы данных (Ensembl, UniProt), обучение биоинформатике. Работа с геномными данными.

    #276744 · 4 мин чтения

  25. Энциклопедия элементов ДНК: Исследование функциональных элементов генома человека.

    Энциклопедия ENCODE: исследование функциональных элементов ДНК человека и модельных организмов. Данные, инструменты и ресурсы для геномных исследований.

    #284117 · 7 мин чтения

  26. База данных генома крысы (RGD)

    База данных генома крысы (RGD): геномика, генетика, физиология. Сравнение с геномами человека и мыши. Инструменты для анализа данных и QTL.

    #285078 · 13 мин чтения

  27. Биокондуктор: программное обеспечение для анализа геномных данных.

    Bioconductor: бесплатный opensource проект для анализа геномных данных на R. Статистические инструменты, пакеты аннотации генома, обновления дважды в год.

    #306380 · 4 мин чтения

  28. Вычислительная геномика: анализ геномных данных и открытие новых возможностей в биологии.

    Вычислительная геномика: анализ геномных данных для понимания биологии. Методы, инструменты и применение в биоинформатике и статистической генетике.

    #321569 · 1 мин чтения

  29. PubChem: Химическая информационная база данных

    PubChem: бесплатная химическая база данных NCBI с миллионами молекул и данных о биологической активности. Скачать структуры и наборы данных можно по FTP.

    #343864 · 2 мин чтения

  30. Биоинформатика в иммунологии

    Биоинформатика в иммунологии: анализ геномных данных, вычислительные методы для понимания иммунной системы и разработки лекарств. Исследования иммунитета.

    #362468 · 12 мин чтения

  31. Моделирование метаболических сетей: реконструкция и анализ

    Моделирование метаболических сетей: анализ молекулярных механизмов организма, связь генома и физиологии. Оценка роста, ресурсов и функций генов.

    #382417 · 9 мин чтения

  32. Коллекция биоинформатических баз данных KEGG: обзор и возможности

    KEGG база данных: геномы, пути, болезни, лекарства. Инструмент для биоинформатики, геномики, метаболомики и разработки лекарств. Создана в 1995 году.

    #416849 · 5 мин чтения

  33. Феномика растений: методы, платформы и международное сотрудничество.

    Феномика: систематическое изучение фенотипов – набора признаков организма. Междисциплинарная область, объединяющая биологию, data science и инженерию.

    #421776 · 2 мин чтения

  34. Анализ потоков веществ: математическое моделирование метаболизма.

    Флукс-балансовый анализ (FBA): моделирование метаболизма, оптимизация промышленных процессов (этанол, янтарная кислота). Быстрый и эффективный метод!

    #423754 · 10 мин чтения

  35. Амос Байрох: Пионер биоинформатики и создатель ключевых протеомных баз данных

    Амос Байрох – профессор биоинформатики, эксперт в анализе белковых последовательностей. Разработчик ПО PC/Gene, лидер группы CALIPHO (SIB).

    #433355 · 3 мин чтения

  36. Химическая база данных и онтология молекулярных сущностей ChEBI

    ChEBI: химическая база данных и онтология малых молекул с биологической активностью. Соответствует номенклатуре IUPAC/NC-IUBMB. EBI, OBO.

    #437118 · 1 мин чтения

  37. BioGRID: Всеобъемлющая база данных биологических взаимодействий

    BioGRID: база данных биологических взаимодействий (белок-белок, генетических и химических). Курируемые данные, модель организмов, поиск по публикациям.

    #440640 · 3 мин чтения

  38. Геномные браузеры: инструменты для исследования и анализа генома человека

    Геном человека: расшифровка, исследования и инструменты анализа. Обзор генома, изучение генов, генетических заболеваний и эволюции. Новые технологии секвенирования.

    #443906 · 5 мин чтения

  39. Reactome: База данных биологических путей и взаимодействий.

    Reactome: бесплатная база данных биологических путей. Механистические схемы, ручная курация, интеграция с другими базами. Для биоинформатики и исследований.

    #445042 · 5 мин чтения

  40. Genevestigator: База данных экспрессии генов для биомедицинских исследований

    Genevestigator: база данных экспрессии генов и инструменты анализа для биомедицинских и растительных исследований. Поиск биомаркеров и мишеней для лекарств.

    #452432 · 2 мин чтения

  41. OBO Foundry

    #469355 · 6 мин чтения

  42. Sequerome

    #483922 · 3 мин чтения