БиоРуби: Есептеу молекулалық биологиясы және биоинформатика кітапханасы
BioRuby
БиоРубин – молекулярлық биология және биоинформатика үшін ашық кодты Ruby кітапханасы. ДНК, белок талдауы, базалармен жұмыс, құрылымдық биология үшін пайдалы.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
BioRuby – есептеу молекулалық биология және биоинформатика салаларына арналған Ruby бағдарламалық кодының ашық көзді жиынтығы. Ол ДНК және белок тізбектерін талдау, тізбектерді салыстыру, биологиялық деректер базаларын өңдеу, құрылымдық биология және басқа да биоинформатикалық міндеттерге арналған сыныптарды қамтиды. BioRuby GNU GPL нұсқасы 2 немесе Ruby лицензиясы бойынша таратылады және кодты дубликациялауды азайту мақсатында жасалған Bio* жобаларының бірі болып табылады. 2011 жылы BioRuby жобасы Biogem бағдарламалық плагиндер жүйесін ұсынды, және әр ай сайын екі-үш жаңа плагин қосылады. BioRuby BioRuby веб-сайты және GitHub репозиторийі арқылы басқарылады.
BioRuby is a collection of open source Ruby code, comprising classes for computational molecular biology and bioinformatics. It contains classes for DNA and protein sequence analysis, sequence alignment, biological database parsing, structural biology and other bioinformatics tasks. BioRuby is released under the GNU GPL version 2 or Ruby licence and is one of a number of Bio* projects, designed to reduce code duplication. In 2011, the BioRuby project introduced the Biogem software plugin system, with two or three new plugins added every month. BioRuby is managed via the BioRuby website and GitHub repository.
Биоруби
BioRuby жобасын алғаш рет 2000 жылы Тошиаки Катаяма BioPerl және BioPython сияқты ұқсас биоинформатикалық пакеттердің Ruby тіліндегі нұсқасы ретінде бастады. 0.1 нұсқасының алғашқы шығарылымын үлескерлер бейресми түрде де, ұйымдастырылған «хакатон» шараларында да жиі жаңартып отырды. 2005 жылдың маусымында BioRuby IPA-ның «Зерттеуші бағдарламалық жоба» ретінде қаржыландырылды, нәтижесінде 2006 жылдың ақпанында 1.0.0 нұсқасы жарық көрді. 2009 және 2012 жылдар аралығында BioRuby код базасын жақсартуға бағытталған бірнеше Google Summer of Code жобалары жүзеге асырылды. BioRuby 2.0.0 нұсқасы 2019 жылы шығарылды. Biogem шеңбері арқылы жарияланған кез келген пакет biogems.info сайтында тізімделеді. Biogem-нің мақсаты – BioRuby пакетіне модульдік тәсілді енгізуді және каталогтар/файлдардың бастапқы құрылымын жасау, git репозиторийін құру және онлайн пакеттер базасын жариялау процесін автоматтандыру арқылы модульдерді құруды жеңілдету.
The BioRuby project was first started in 2000 by Toshiaki Katayama as a Ruby implementation of similar bioinformatics packages such as BioPerl and BioPython. The initial release of version 0.1 was frequently updated by contributors both informally and at organised “hackathon” events; in June 2005, BioRuby was funded by IPA as an Exploratory Software Project, culminating with the release of version 1.0.0 in February 2006. Between 2009 and 2012, BioRuby was the focus of a number of Google Summer of Code projects to improve the codebase. BioRuby Version 2.0.0 was released in 2019. Any gem published via the Biogem framework is also listed at biogems. info. The aim of Biogem is to promote a modular approach to the BioRuby package and simplify the creation of modules by automating process of setting up directory/file scaffolding, a git repository and releasing online package databases.
Халыққа танымал био-асыл тастар
# Biogem Сипаттамасы Нұсқа 1 bio Биоинформатика Кітапханасы 1.4.3.0001 2 биологиялық әртүрлілік Ғылыми атауларды талдау құралы 3.1.5 3 Қарапайым электрондық кестеден мәліметтерді алу Apache poi қолданып базалық кесте мазмұнын алу 0.13.3 4 Био gem Ruby үшін бағдарламалық жасақтаманы жасау құралы 1.36 5 Био samtools Ruby үшін samtools байланыстырғышы 2.1.0 6 t2 сервер Таверна 2 серверімен өзара әрекеттесуді қолдайды 1.1.0 7 bio ucsc api Ruby үшін ucsc api 0.6.2 8 entrez entrez e құралдарына http сұрау 0.5.8.1 9 био гаджет Биоинформатикаға арналған гаджет 0.4.8 10 реттілік сервер Blast іздеуді жеңілдетті! 0.8.7
# Biogem Description Version 1 bio Bioinformatics Library 1.4.3.0001 2 biodiversity Parser of scientific names 3.1.5 3 Simple Spreadsheet extractor Basic spreadsheet content extraction using Apache poi 0.13.3 4 Bio gem Software generator for Ruby 1.36 5 Bio samtools Binder of samtools for Ruby 2.1.0 6 t2 server Support for interacting with the taverna 2 server 1.1.0 7 bio ucsc api The Ruby ucsc api 0.6.2 8 entrez http request to entrez e utilities 0.5.8.1 9 bio gadget Gadget for bioinformatics 0.4.8 10 sequenceserver Blast search made easy! 0.8.7