BioRuby: Библиотека для вычислительной биологии на Ruby
BioRuby
BioRuby: библиотека Ruby для биоинформатики и молекулярной биологии. Анализ ДНК, белков, выравнивание последовательностей, базы данных и плагины Biogem.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
BioRuby — это коллекция кода Ruby с открытым исходным кодом, состоящая из классов для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики. Она включает в себя классы для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания последовательностей, разбора биологических баз данных, структурной биологии и других биоинформатических задач. BioRuby распространяется под лицензией GNU GPL версии 2 или лицензией Ruby и является одним из ряда проектов Bio*, разработанных для сокращения дублирования кода. В 2011 году проект BioRuby представил систему программных плагинов Biogem, к которой ежемесячно добавляется два-три новых плагина. Управление BioRuby осуществляется через веб-сайт BioRuby и репозиторий GitHub.
BioRuby is a collection of open source Ruby code, comprising classes for computational molecular biology and bioinformatics. It contains classes for DNA and protein sequence analysis, sequence alignment, biological database parsing, structural biology and other bioinformatics tasks. BioRuby is released under the GNU GPL version 2 or Ruby licence and is one of a number of Bio* projects, designed to reduce code duplication. In 2011, the BioRuby project introduced the Biogem software plugin system, with two or three new plugins added every month. BioRuby is managed via the BioRuby website and GitHub repository.
Биоруби
Проект BioRuby был впервые запущен в 2000 году Тошиаки Катаямой как реализация на Ruby пакетов биоинформатики, аналогичных BioPerl и BioPython. Первоначальный релиз версии 0.1 часто обновлялся участниками как неформально, так и на организованных мероприятиях в формате “хакатонов”; в июне 2005 года BioRuby получил финансирование от IPA в рамках проекта по исследованию программного обеспечения, что привело к выпуску версии 1.0.0 в феврале 2006 года. В период с 2009 по 2012 год BioRuby был в центре внимания нескольких проектов Google Summer of Code, направленных на улучшение кодовой базы. Версия BioRuby 2.0.0 была выпущена в 2019 году. Любые gem-пакеты, опубликованные через фреймворк Biogem, также перечислены на biogems.info. Цель Biogem – продвижение модульного подхода к пакету BioRuby и упрощение создания модулей за счет автоматизации процесса создания структуры каталогов и файлов, репозитория Git и публикации в онлайн-базах данных пакетов.
The BioRuby project was first started in 2000 by Toshiaki Katayama as a Ruby implementation of similar bioinformatics packages such as BioPerl and BioPython. The initial release of version 0.1 was frequently updated by contributors both informally and at organised “hackathon” events; in June 2005, BioRuby was funded by IPA as an Exploratory Software Project, culminating with the release of version 1.0.0 in February 2006. Between 2009 and 2012, BioRuby was the focus of a number of Google Summer of Code projects to improve the codebase. BioRuby Version 2.0.0 was released in 2019. Any gem published via the Biogem framework is also listed at biogems. info. The aim of Biogem is to promote a modular approach to the BioRuby package and simplify the creation of modules by automating process of setting up directory/file scaffolding, a git repository and releasing online package databases.
Популярные биогемы
# Biogem Описание Версия 1 bio Биоинформатическая библиотека 1.4.3.0001 2 биоразнообразие Парсер научных названий 3.1.5 3 Простой экстрактор таблиц Базовая экстракция содержимого таблиц с использованием Apache poi 0.13.3 4 Bio gem Генератор программного обеспечения для Ruby 1.36 5 Bio samtools Связующее звено для samtools в Ruby 2.1.0 6 t2 сервер Поддержка взаимодействия с сервером Taverna 2 1.1.0 7 bio ucsc api Ruby API для UCSC 0.6.2 8 entrez HTTP-запросы к утилитам Entrez 0.5.8.1 9 bio gadget Биоинформатический гаджет 0.4.8 10 sequenceserver Удобный поиск Blast! 0.8.7
# Biogem Description Version 1 bio Bioinformatics Library 1.4.3.0001 2 biodiversity Parser of scientific names 3.1.5 3 Simple Spreadsheet extractor Basic spreadsheet content extraction using Apache poi 0.13.3 4 Bio gem Software generator for Ruby 1.36 5 Bio samtools Binder of samtools for Ruby 2.1.0 6 t2 server Support for interacting with the taverna 2 server 1.1.0 7 bio ucsc api The Ruby ucsc api 0.6.2 8 entrez http request to entrez e utilities 0.5.8.1 9 bio gadget Gadget for bioinformatics 0.4.8 10 sequenceserver Blast search made easy! 0.8.7