Бактериялар номенклатурасында "Candidatus" атауы қолданылады. ДНК талдауымен жаңа бактерия түрлері анықталады, бірақ оларды зертханада өсіру мүмкін емес.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Бактериологиялық номенклатурадағы белгілеу
Indication in bacteriological nomenclature
Прокариоттар номенклатурасында Candidatus (қысқартылған Ca.; латынша "Римдік лауазымға үміткер") жақсы сипатталған, бірақ әліде өсірілмеген прокариоттық таксондарды атау үшін қолданылады. Қазіргі заманғы секвенирлеу әдістері, мысалы 16S рибосомалық РНҚ секвенирлеуі немесе метагеномика, талданатын организмдер туралы көптеген мәліметтер береді, соның арқасында жеке түрлерді анықтау және сипаттау мүмкін болады. Дегенмен, прокариоттық түрлердің көпшілігі өсіруге келмейді, демек, оларды in vitro зерттеулерде одан әрі сипаттау мүмкін емес. Соңғы кезде көптеген кандидат таксондардың табылуы бактериялық түрлердің әртүрлілігі туралы жаңа түсініктер арқылы тіршілік ағашын кеңейтетін кандидаттық филалардың кеңеюіне алып келді.
In prokaryote nomenclature, Candidatus (abbreviated Ca. ; Latin for "candidate of Roman office") is used to name prokaryotic taxa that are well characterized but yet uncultured. Contemporary sequencing approaches, such as 16S ribosomal RNA sequencing or metagenomics, provide much information about the analyzed organisms and thus allow to identify and characterize individual species. However, the majority of prokaryotic species remain uncultivable and hence inaccessible for further characterization in in vitro study. The recent discoveries of a multitude of candidate taxa has led to candidate phyla radiation expanding the tree of life through the new insights in bacterial diversity.
Тарих
Прокариоттар номенклатурасының алғашқы халықаралық коды (ICNP), сондай-ақ оның алғашқы түзетулері әлі де есірілмейтін прокариоттарды анықтау мүмкіндігін ескермеді. Сондықтан, 1994 жылы Прокариоттардың жүйесі жөніндегі халықаралық комитеттің (ICSP, бұрынғы жүйелі бактериология жөніндегі халықаралық комитет) конференциясында кодты қайта қарауды бастау мақсатында Candidatus термині ұсынылды. Тізбектеу технологияларының дамуымен байланысты Candidatus таксондарының саны артуына байланысты, ICSP 1996 жылы Candidatus таксондарына арналған қосымшаны (соңғы нұсқада 11-қосымша) қосып, Прокариоттар номенклатурасының халықаралық кодексін қабылдады. Дегенмен, Candidatus таксондарының номенклатурасы әлі де Прокариоттар кодексінің жалпы ережелеріне кірмейді, бұл Candidatus таксондарына басымдық беру үшін қолданыстағы кодекске өзгеріс енгізу туралы пікірталас пен ұсыныстарға себеп болып отыр.
The initial International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP) as well as early revisions did not account for the possibility of identifying prokaryotes which were not yet cultivable. Therefore, the term Candidatus was proposed in the context of a conference of the International Committee on Systematics of Prokaryotes, (ICSP, formerly International Committee on Systematic Bacteriology) in 1994 to initiate code revision. Owing to rising numbers of Candidatus taxa associated with ongoing advances of sequencing technologies, the ICSP adopted the International Code of Nomenclature of Prokaryotes in 1996 by adding an appendix for Candidatus taxa (Appendix 11 in the most recent version). However, the nomenclature of Candidatus taxa is still not covered by the general rules of the Prokaryotic Code leading to ongoing discussions and proposals for changing the current code in order to grant priority to Candidatus taxa.
SeqCode (Секс код)
2022 жылғы реттік деректерінен сипатталған прокариоттар номенклатурасының кодексі (SeqCode) ICNP-ден бөлек жүйеде атауларды жариялауды стандарттауды қамтамасыз етеді. Типтік мәдениетті талап етудің орнына, SeqCode номенклатуралық тип ретінде жоғары сапалы геномды талап етеді, нәтижесінде Candidatus атауларын ресмилеуге мүмкіндік береді. Оны Халықаралық микробтық экология қоғамы (ISME) жасады, ол ICSP-мен байланысты емес. SeqCode командасы бастапқыда ICNP-ге осындай жүйені қосу үшін түзетулер енгізуді жоспарлаған, бірақ ICSP өтінішті қабылдамады, осылайша жеке кодекс құру қажет болды.
The Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data (SeqCode) of 2022 standardizes the publication of names in a system separate from the ICNP. Instead of requiring a type culture, the SeqCode requires a high quality genome as the nomenclatural type, in effect offering a route to formalizing Candidatus names. It is produced by the International Society for Microbial Ecology (ISME), which is unrelated to the ICSP. The SeqCode team initially wished to simply amend the ICNP to add such a system, but ICSP rejected the petitition, necessitating the creation of a separate code.
Қоршаған орта факторлары
Көптеген прокариоттық түрлердің зертханада өспеуінің бірнеше себебі бар, олардың көпшілігі әлі толыққанды түсініксіз. Осы себептердің бірі – түрлерді табиғатта қалпына келтіретін ортаны зертхана жағдайында дәлме-дәл қайта жасаудың қиындығы. Көптеген прокариоттардың өте қатаң өсу талаптары бар, оларға белгілі бір қоректік құрам, нақты pH деңгейі, температура, атмосфералық қысым немесе оттегінің мөлшері қажет. Көбінесе саудада қолжетімді өсу орталары мен инкубация протоколдары осы талаптарды толыққанды қанағаттандырмайды, сондықтан қоршаған ортадан алынған үлгілерден қажетті бактерияларды сәтті оқшаулау үшін ортаның жан-жақты бағалануы қажет.
There are several reasons for why many prokaryotic species do not grow in the lab many of which remain poorly understood. One of these reasons is the environment the species are recovered from which can be difficult to simulate in laboratory conditions. Many prokaryotes have highly specific growth requirements including the need for a specific nutrient composition, specific pH conditions, temperatures, atmospheric pressure or levels of oxygen. Most commercially available growth media and incubation protocols poorly met these requirements making a comprehensive habitat assessment necessary in order to successfully isolate the bacteria of interest from environmental samples.
Түрлер арасындағы өзара іс-қимыл
Прокариоттардың көпшілігі жалғыз өмір сүрмейді, керісінше, өмірдің барлық патшалықтарынан басқа түрлермен күрделі қауымдастықтарда өмір сүреді. Осының салдарынан, көптеген түрлер өздерінің жасушалық өсуі үшін көрші түрлерінің метаболиттеріне немесе сигналдық қосылыстарына тәуелді болады. Қажетті заттарды анықтау қиынға түсуі мүмкін, бірақ анықталғаннан кейін бірге өсіру немесе нақты қосылысты қосу арқылы қызығушылық тудыратын түрді өсіруге болады.
Most prokaryotic species do not live alone but rather in complex communities with other species from all kingdoms of life. As a consequence, many species depend on metabolites or signaling compounds of their neighboring species for their own cell growth. The identification of the required substances can be challenging but once identified a co cultivation or addition of the specific compound can be used to potentially cultivate the species of interest.
Геномды қысқарту
Көптеген түрлер арасындағы өзара әрекеттесу симбиоздық сипатта болады, яғни екі немесе одан көп түрлердің арасындағы тығыз, ұзақ мерзімді қарым-қатынас, ол өзара пайдалы, бейтарап немесе зиянды болуы мүмкін. Симбионттың орналасуына қарай, симбионттар эктосимбионттар немесе эндосимбионттар болып бөлінеді. Эндосимбиотикалық бактерияларда гендерді жою арқылы геномның айтарлықтай қысқаруы байқалды, бұл көптеген гендердің қорғалған жағдайда қажетсіз болып қалуымен байланысты деп саналады. Бұл жиі ДНК жөндеу және транскрипциялық реттеуге қатысты гендерге әсер етеді, бұл осы организмдерді иесінен тыс жерде өсіруді қиындатады.
Many instances of species interaction are of symbiotic nature which is defined as an intimate, long term relationship between two or more species which can be either mutualistic, neutral or harmful. Depending on the location of the symbiont, the symbionts can be either ectosymbionts or endosymbionts. Drastic genome reduction through gene deletions has been observed in endosymbiotic bacteria which is thought to be owing to the fact that many genes become unnecessary in the sheltered host environment. This frequently affects genes for DNA repair and transcriptional regulation which makes it difficult to cultivate these organisms outside their host.