Кіріспе
Үлкен биологиялық молекулалардың халықаралық ашық қолжетімді дерекқоры. Протеиннің деректер банкі (PDB) – бұл әлемдік Протеиннің деректер банкі (wwPDB) бақылайтын протеиндер және нуклеин қышқылы сияқты ірі биологиялық молекулалардың үш өлшемді құрылымдық деректерінің дерекқоры. Бұл құрылымдық деректер әлемдік биологтар мен биохимиктердің рентгендік кристаллография, ЯМР спектроскопиясы және, көбінесе, криоэлектронды микроскопия сияқты эксперименталдық әдістерді қолдану арқылы алынып, сақталады. Барлық ұсынылған деректер сарапшы биокураторлар тарапынан қарастырылады және мақұлданғаннан кейін CC0 Public Domain Dedication негізінде интернетте тегін қолжетімді болады. wwPDB мүше ұйымдарының (PDBe, PDBj, RCSB PDB және BMRB) веб-сайттары деректерге жаһандық қолжеткізуді қамтамасыз етеді.
The Protein Data Bank (PDB) is a database for the three dimensional structural data of large biological molecules such as proteins and nucleic acids, which is overseen by the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). These structural data are obtained and deposited by biologists and biochemists worldwide through the use of experimental methodologies such as X ray crystallography, NMR spectroscopy, and, increasingly, cryo electron microscopy. All submitted data are reviewed by expert biocurators and, once approved, are made freely available on the Internet under the CC0 Public Domain Dedication. Global access to the data is provided by the websites of the wwPDB member organisations (PDBe, PDBj, RCSB PDB, and BMRB
Тарих
Екі күш PDB-ді бастауға себеп болды: рентгендік дифракция арқылы анықталған ақуыз құрылымы деректерінің шағын, бірақ өсіп келе жатқан жиынтығы; және осы ақуыз құрылымдарын 3D-де визуализациялау үшін 1968 жылы қолжетімді болған жаңа молекулалық графикалық дисплей – Брукхейвен растрлік дисплейі (BRAD). 1969 жылы Брукхейвен ұлттық зертханасындағы Уолтер Гамильтонның қолдауымен Эдгар Мейер (Техас A&M университеті) атомдық координаттар файлдарын геометриялық және графикалық бағалау үшін қолжетімді ету мақсатында бағдарламалық жасақтама жазуға кірісті. 1971 жылға қарай Мейердің SEARCH бағдарламасының бірі зерттеушілерге ақуыз құрылымдарын офлайн режимінде зерттеу үшін дерекқордан қашықтан ақпарат алуға мүмкіндік берді. SEARCH желі құруға ықпал етті, осылайша PDB-нің функционалдық бастамасын белгіледі. Протеин деректер банкі 1971 жылдың қазан айында Nature New Biology журналында Ұлыбританияның Кембридж кристаллографиялық деректер орталығы мен АҚШ-тың Брукхейвен ұлттық зертханасының бірлескен жобасы ретінде жарияланды. 1973 жылы Гамильтонның қайтысынан кейін Том Кетцл PDB басшылығын келесі 20 жылға алды. 1994 жылдың қаңтарында Израильдің Вейцман ғылыми институтының Джоэл Суссман PDB басшысы болып тағайындалды. 1998 жылдың қазанында PDB Құрылымдық биоинформатика зерттеу орталығына (RCSB) берілді; трансфер 1999 жылдың маусымында аяқталды. Жаңа директор – Ратгерс университетінің Хелен М. Берман (RCSB-нің басқарушы мекемелерінің бірі, екіншісі – UC San Diego-дағы Сан-Диего суперкомпьютер орталығы). 2003 жылы wwPDB құрылғаннан кейін PDB халықаралық ұйымға айналды. Негіз қалаушы мүшелер – 2006 жылы қосылған PDBe (Еуропа). wwPDB-ның төрт мүшесінің әрқайсысы PDB деректерін сақтау, өңдеу және тарату орталықтары ретінде әрекет ете алады. Деректерді өңдеу wwPDB қызметкерлерінің әрбір ұсынылған жазбаны қарап, түсіндіруіне байланысты. Содан кейін деректердің дұрыстығы автоматты түрде тексеріледі (осы тексеру бағдарламалық жасақтамасының бастапқы коды тегін түрде жұртшылыққа қолжетімді).
the PDB was transferred to the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); the transfer was completed in June 1999. The new director was Helen M. Berman of Rutgers University (one of the managing institutions of the RCSB, the other being the San Diego Supercomputer Center at UC San Diego). In 2003, with the formation of the wwPDB, the PDB became an international organization. The founding members are PDBe (Europe), joined in 2006. Each of the four members of wwPDB can act as deposition, data processing and distribution centers for PDB data. The data processing refers to the fact that wwPDB staff review and annotate each submitted entry. The data are then automatically checked for plausibility (the source code for this validation software has been made available to the public at no charge).
Файл пішімі
PDB бастапқыда қолданған файл пішімі PDB файл пішімі деп аталды. Бастапқы формат компьютерлік перфокарталардың енімен шектелгендіктен, бір жолға 80 символдан аспады. 1996 жылға қарай CIF форматының кеңейтілген түрі – «макромолекулалық кристаллографиялық ақпарат файлы» mmCIF форматы кезең-кезеңмен енгізілді. mmCIF 2014 жылы PDB архивінің стандартты форматына айналды. 2019 жылы wwPDB кристаллографиялық әдістермен жасалған жазбалар тек mmCIF форматында қабылданатынын хабарлады. PDB-нің XML нұсқасы, PDBML, 2005 жылы сипатталды. Құрылым файлдарын осы үш форматтың кез келгенінде жүктеуге болады, бірақ көбінесе жаңа құрылымдар бұрынғы PDB форматына сәйкес келмейді. Жеке файлдарды графикалық бағдарламаларға Интернет мекенжайлары арқылы оңай жүктей аласыз: PDB форматындағы файлдар үшін, мысалы, http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz немесе http://pdbe.org/download/4hhb PDBML (XML) файлдары үшін, мысалы, http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz немесе http://pdbe.org/pdbml/4hhb «4hhb» – PDB идентификаторы. PDB-де жарияланған әрбір құрылым төрт таңбалы әлфа-цифрлық идентификаторды алады, оны PDB ID деп атайды. (Бұл биомолекулалардың бірегей идентификаторы емес, себебі бір молекуланың әртүрлі ортада немесе конформациядағы бірнеше құрылымдары PDB-де әртүрлі PDB ID-мен сақталуы мүмкін.)
For PDB format files, use, e. g., http://www. pdb. org/pdb/files/4hhb. pdb. gz or http://pdbe. org/download/4hhb
For PDBML (XML) files, use, e. g., http://www. pdb. org/pdb/files/4hhb. xml. gz or http://pdbe. org/pdbml/4hhb
The "4hhb" is the PDB identifier. Each structure published in PDB receives a four character alphanumeric identifier, its PDB ID. (This is not a unique identifier for biomolecules, because several structures for the same molecule—in different environments or conformations—may be contained in PDB with different PDB IDs.)
Деректерді қарау
Құрылым файлдарын Jmol, Pymol, VMD, Molstar және Rasmol сияқты бірнеше тегін және ашық кодты компьютерлік бағдарламалардың көмегімен қарауға болады. Басқа тегін емес, үлестірілетін бағдарламаларға ICM Browser, MDL Chime, UCSF Chimera, Swiss PDB Viewer, StarBiochem (интеграцияланған протеин деректер қоры іздеуімен Java негізіндегі интерактивті молекулалық көруші), Sirius және VisProt3DS (анаглиф және басқа режимдердегі 3D стереоскопиялық көріністе ақуызды визуализациялау құралы) және Discovery Studio жатады. RCSB PDB веб-сайтында тегін және коммерциялық молекулалық визуализация бағдарламаларының, сондай-ақ веб-браузер плагиндерінің толық тізімі бар.