Геномдық айырмашылықтарды анықтау әдісі: RDA және ROMA технологиялары
Representational difference analysis
Геномдық зерттеулердегі RDA әдісі: ДНК-ның ерекшеліктерін анықтау, геномдарды салыстыру, MS RDA арқылы метилдеуді зерттеу. Биологиялық зерттеулерге көмектеседі.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Репрезентациялық айырмашылықты талдау (РДА) – биологиялық зерттеулерде екі геномдық немесе кДНҚ үлгісіндегі тізбектелген айырмашылықтарды анықтауға қолданылатын әдіс. Екі үлгіден (мысалы, қатерлі ісік үлгісі және қалыпты үлгі) алынған геномдар немесе кДНҚ тізбектері ПТР арқылы күшейтіледі, ал айырмашылықтар субтрактивті ДНҚ гибридизациясы арқылы талданады. Бұл технологияны жақсарту үшін матрицалық технологияны пайдаланатын репрезентациялық олигонуклеотидтік микроаррай талдауы (ROMA) әзірленді. Бұл әдіс ДНК метилирлеуіндегі айырмашылықтарды анықтау үшін де қолданылуы мүмкін, мысалы, метилирлеуге сезімтал репрезентациялық айырмашылықты талдау (MS RDA) арқылы.
Representational difference analysis (RDA) is a technique used in biological research to find sequence differences in two genomic or cDNA samples. Genomes or cDNA sequences from two samples (i. e. cancer sample and a normal sample) are PCR amplified and differences analyzed using subtractive DNA hybridization. This technology has been further enhanced through the development of representation oligonucleotide microarray analysis (ROMA), which uses array technology to perform such analyses. This method may also be adapted to detect DNA methylation differences, as seen in methylation sensitive representational difference analysis (MS RDA).
Теория
Бұл әдіс "бағыттауыш" және "тестілеуші" ДНҚ деп аталатын екі дерлік бірдей ДНҚ түрінің қорытылған фрагменттері арасындағы гомолог емес ДНҚ аймақтарын дифференциалдық түрде күшейте түсу үшін ПТР-ға негізделген. Әдетте, тестілеуші ДНҚ-да бағыттауыш ДНҚ-ға гомолог емес, қызығушылық тудыратын тізбек болады. Екі түр араласқанда, бағыттауыш тізбек тестілеуге артық мөлшерде қосылады. ПТР кезінде екі тізбекті фрагменттер алдымен ~95 °C-та денатурацияланады, содан кейін отталу температурасына ұшырағанда қайта отталады. Бағыттауыш және тестілеуші тізбектері дерлік бірдей болғандықтан, бағыттауыш ДНҚ фрагменттерінің артық бөлігі тестілеуші түрдің гомологты ДНҚ фрагменттеріне отталады. Бұл ПТР-амплификациясын тоқтатады және гомологты фрагменттердің көбеюіне мүмкіндік бермейді. Дегенмен, екі түрдің арасында өзгешелік бар фрагменттер толыққанды қосылмайды және ПТР арқылы күшейтіледі. РДК циклдарының саны артқан сайын, бірегей тізбек фрагменттерінің көшірмелерінің жиынтығы екі түрде де кездесетін фрагменттерге қарағанда жылдам өседі.
This method relies on PCR to differentially amplify non homologous DNA regions between digested fragments of two nearly identical DNA species, that are called 'driver' and 'tester' DNA. Typically, tester DNA contains a sequence of interest that is non homologous to driver DNA. When the two species are mixed, the driver sequence is added in excess to tester. During PCR, double stranded fragments first denature at ~95 °C and then re anneal when subjected to the annealing temperature. Since driver and tester sequences are nearly identical, the excess of driver DNA fragments will anneal to homologous DNA fragments from the tester species. This blocks PCR amplification and there is no increase in homologous fragments. However, fragments that are different between the two species will not anneal to a complementary counterpart and will be amplified by PCR. As more cycles of RDA are performed, the pool of unique sequence fragment copies will grow faster than fragments found in both species.