Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Белоктың құрылымдық мотиві
Protein structural motif
Базалық спираль-ілмек-спираль (bHLH) – димеризацияланатын транскрипция факторларының ең ірі отбасыларын сипаттайтын белоктың құрылымдық мотиві. "Базалық" сөзі күрделілікке емес, мотивтің химиялық құрамына қатысты, себебі транскрипция факторлары ДНҚ-ға байланысуды жеңілдету үшін негізгі аминқышқыл қалдықтарын қамтиды. Әдетте, бір спираль кішірек болады, ал осы ілмектің икемділігі екінші спиральға қарсы бүктеліп, жақындасу арқылы димеризацияға мүмкіндік береді. Үлкен спираль көбінесе ДНҚ-мен байланысатын аймақтарды қамтиды. bHLH белоктары әдетте E қорапшасы деп аталатын CANNTG консенсус тізбегіне байланысады. Канондық E қорапшасы CACGTG (палиндромды), бірақ кейбір bHLH транскрипция факторлары, әсіресе bHLH PAS отбасының мүшелері, E қорапшасына ұқсас, бірақ палиндромды емес тізбектерге байланысады. bHLH ТФ-тары басқа bHLH ТФ-тарымен гомодимеризациялануы немесе гетеродимеризациялануы мүмкін, соның нәтижесінде әрқайсысының өзіндік функциялары бар димерлердің кең спектрін құрайды.
A basic helix–loop–helix (bHLH) is a protein structural motif that characterizes one of the largest families of dimerizing transcription factors. The word "basic" does not refer to complexity but to the chemistry of the motif because transcription factors in general contain basic amino acid residues in order to facilitate DNA binding. In general, one helix is smaller, and due to the flexibility of this loop, allows dimerization by folding and packing against another helix. The larger helix typically contains the DNA binding regions. bHLH proteins typically bind to a consensus sequence called an E box, CANNTG. The canonical E box is CACGTG (palindromic), however some bHLH transcription factors, notably those of the bHLH PAS family, bind to related non palindromic sequences, which are similar to the E box. bHLH TFs may homodimerize or heterodimerize with other bHLH TFs and form a large variety of dimers, each one with specific functions.
Мысалдар
Филогенетикалық талдау bHLH ақуыздары 6 негізгі топқа жататынын көрсетті, олар А-дан F-қа дейінгі әріптермен белгіленеді. bHLH доменін қамтитын транскрипция факторларының мысалдары:
A phylogenetic analysis suggested that bHLH proteins fall into 6 major groups, indicated by letters A through F. Examples of transcription factors containing a bHLH include:
Тарих
1989: Мурре және авторлар тобы bHLH ақуыздарының димерлерінің қысқа ДНК мотивіне (кейін E-қорап деп аталды) байланысатынын көрсетті. Бұл E-қорап CANNTG ДНК тізбегінен тұрады, мұнда N кез келген нуклеотид бола алады. Пабо тобы E-қораптарға байланысқан bHLH ақуыздарын кристалдап, 4 спиральді параллель шоғыр мотивтік циклдің негізгі тізбектерді E-қораптың үлкен ойысындағы нақты нуклеотидтермен өзара әрекеттесуге бағыттайтынын көрсетті. 1994: Уортон және авторлар PAS домендері бар bHLH ақуыздарының (bHLH PAS ақуыздары) кіші тобымен байланысқан асимметриялық E-қораптарды анықтады, оларға Single minded (Sim) және ароматты көмірсутек рецепторы кіреді. 1995: Семенза тобы гипоксияға бейімделетін факторды (HIF) байланысты асимметриялық E-қорапқа байланысатын bHLH PAS гетеродимері ретінде анықтады. 2009: Гроув, Де Маси және авторлар bHLH ақуыздарының кіші тобымен байланысатын жаңа қысқа ДНК мотивтерін анықтады, оларды «E-қорапқа ұқсас тізбектер» деп атады. Олар CAYRMK нысанында, мұнда Y – C немесе T, R – A немесе G, M – A немесе C және K – G немесе T.
1989: Murre et al. showed that dimers of various bHLH proteins bind to a short DNA motif (later called E Box). This E box consists of the DNA sequence CANNTG, where N can be any nucleotide. and Pabo's groups crystallize bHLH proteins bound to E boxes, demonstrating that the parallel 4 helix bundle motif loop orients the basic sequences to interact with specific nucleotides in the major groove of the E box. 1994: Wharton et al. identified asymmetric E boxes bound by a subset of bHLH proteins with PAS domains (bHLH PAS proteins), including Single minded (Sim) and the aromatic hydrocarbon receptor. 1995: Semenza's group identifies hypoxia inducible factor (HIF) as a bHLH PAS heterodimer that binds a related asymmetric E box. 2009: Grove, De Masi et al., identified novel short DNA motifs, bound by a subset of bHLH proteins, which they defined as "E box like sequences". These are in the form of CAYRMK, where Y stands for C or T, R is A or G, M is A or C and K is G or T.