OpenEye Scientific Software – 1997 жылы Энтони Николлз құрған американдық бағдарламалық жасақтама компаниясы. Ол кең ауқымды молекулалық модельдеу қолданбаларын және құралдар жиынтығын әзірлейді. 2022 жылдың қыркүйегінде Cadence Design Systems компаниясы OpenEye-ді 500 миллион долларға сатып алғаннан кейін, компания OpenEye Cadence Molecular Sciences деп қайта аталды және Cadence аясындағы бизнес-бөлім ретінде жұмыс істейді.
OpenEye Scientific Software is an American software company founded by Anthony Nicholls in 1997. It develops large scale molecular modelling applications and toolkits. Following OpenEye's acquisition by Cadence Design Systems for $500million in September 2022, the company was rebranded to OpenEye Cadence Molecular Sciences and operates as a business unit under Cadence.
Қолданылу аясы
Негізінен, жаңа дәрілерді табу және жобалауға бағытталған, қолданылу салаларына молекулалық конформацияны жасау, байланыстыру, пішіндемелерді салыстыру, заряд/электростатика, химиялық информатика және визуализация кіреді. Бұл бағдарламалық қамтамасыз ету ғылыми дәлдікке, сондай-ақ жылдамдыққа, кеңейтімділікке және платформадан тәуелсіздікке ерекше назар береді. OpenEye өзінің көптеген технологияларын жеке дамуға қолайлы құралдар жиынтығы түрінде ұсынады. Аталған құралдар жиынтығы C++, Python, Java және C# сияқты бірнеше бағдарламалау тілінде қолжетімді.
Primarily geared towards drug discovery and design, areas of application include conformation generation, docking, shape comparison, charge/electrostatics, cheminformatics and visualization. The software is designed for scientific rigor, as well as speed, scalability and platform independence. OpenEye makes much of its technology available as toolkits suitable for custom development. The toolkits are available in multiple languages: C++, Python, Java and C#.
Қолданбалық бағдарламалық қамтамасыз ету
AFITT кристаллографиялық тазарту және талдау. BROOD пішін, химия және электростатикалық ұқсастық арқылы биоизостерлерді анықтау. EON электростатикалық қабаттастыру арқылы химиялық ұқсастық талдауы. FastROCS ГПУ технологиясын қолдана отырып, молекулалық пішіндерді 3D нақты уақыт режимінде іздеу. FILTER физикалық қасиеттері немесе функционалдық топтары бойынша молекулалық скрининг және іріктеу. OEDocking молекулалық докинг құралдары, оның ішінде FRED (жылдам докинг), HYBRID (лигандпен басқарылатын докинг) және POSIT (лигандпен басқарылатын конформацияны болжау). OMEGA сызықтық және макроциклді молекулалар үшін жылдам, дәл конформерлерді жасау. pKa Prospector жоғары сапалы pKa өлшемдерінің дерекқоры. QUACPAC кіші молекулалар мен белоктар үшін таутомерлер, протондану күйлері және зарядтар. ROCS 3D молекулалық пішіндерді жылдам іздеу арқылы химиялық ұқсастық талдауы. SZMAP лигандтың тиімділігін арттыру үшін ақуыз байланыс орнындағы су орындарын анықтау. SZYBKI газ фазасында, ерітіндіде немесе ақуыздың белсенді орнында лигандтардың күштік өрісін жылдам оңтайландыру. VIDA молекулалық құрылымдар мен ақпараттың корпоративтік жиынтықтарын визуализациялайтын, талдайтын және басқаратын графикалық пайдаланушы интерфейсі.
AFITT Crystallographic refinement and analysis. BROOD Bioisostere identification using shape, chemistry and electrostatic similarity. EON Chemical similarity analysis via comparison of electrostatics overlay. FastROCS Real time 3D molecular shape searches, using GPU technology. FILTER Molecular screening and selection based on physical property or functional group. OEDocking Molecular docking tools including FRED (fast docking), HYBRID (ligand guided docking) and POSIT (ligand guided pose prediction). OMEGA Fast, accurate conformer generation, for linear and macrocyclic molecules. pKa Prospector A database of high quality pKa measurements. QUACPAC Tautomers, protonation states and charges for small molecules and proteins. ROCS Chemical similarity analysis via rapid 3D molecular shape searches. SZMAP Identify water sites in a protein binding site for improving ligand potency. SZYBKI Fast forcefield optimization of ligands in gas phase, solution, or within a protein active site. VIDA Graphical user interface that visualizes, analyzes and manages corporate collections of molecular structures and information.
Құрал жиынтығы
Басқа қолданбаларға белгілі бір мүмкіндіктер жиынтығына объектіге бағытталған қолжетімділікті қамтамасыз ететін бағдарламалау кітапханалары. OEChem TK – Химиоинформатика және 3D молекулалық деректерді өңдеу. OEDepict TK – Қосылыстардың әдемі 2D құрылымдарын көрсету. OEDocking TK – Қосылу және бағалау. Grapheme TK – Құрамы күрделі қосылыстарды кеңейтілген көрсету. GraphSim TK – 2D молекулалық іздер және ұқсастық есептеулері. Lexichem TK – Көп тілді қолдаумен қосылыстардың атауын және құрылымын түрлендірудің қазіргі заманғы деңгейі. MolProp TK – 2D молекулалық қасиеттерін есептеу және сүзу. QuacPac TK – Таутомерлерді жасау. Omega TK – Конформерлерді жасау. Shape TK – 3D қабаттастыру негізінде молекулалық пішіндерді салыстыру. Spicoli TK – Молекулалық бетін жылдам жасау және өңдеу. Szmap TK – Байлану орнындағы судың әсері. Szykbi TK – Жалпы функцияларды оңтайландыру, мысалы, молекулалық құрылымды оңтайландыру. Zap TK – Poisson Boltzmann электростатикасын тиімді шешетін құрал.
Programming libraries providing other applications with object oriented accessibility to a given set of capabilities. OEChem TK Cheminformatics and 3D molecular data handling. OEDepict TK Elegant 2D structure rendering of compounds. OEDocking TK Docking and scoring. Grapheme TK Advanced structure rendering of compounds. GraphSim TK 2D molecular fingerprints and similarity calculations. Lexichem TK State of the art compound name and structure interconversion with support for multiple languages. MolProp TK 2D molecular property calculation and filtering. QuacPac TK Tautomer generation. Omega TK Conformer generation. Shape TK Molecular shape comparisons based on 3D overlays. Spicoli TK Rapid molecular surface generation and manipulation. Szmap TK Water interactions in the binding site. Szykbi TK Generalized function optimization, e. g. molecular structure optimization. Zap TK An efficient Poisson Boltzmann electrostatics solver.