Введение
Американская компания, разрабатывающая программное обеспечение для молекулярного моделирования.
OpenEye Scientific Software — американская компания, основанная Энтони Николсом в 1997 году. Она разрабатывает крупномасштабные приложения и комплекты инструментов для молекулярного моделирования. После приобретения OpenEye компанией Cadence Design Systems за 500 миллионов долларов в сентябре 2022 года компания была переименована в OpenEye Cadence Molecular Sciences и функционирует как подразделение Cadence.
Область применения
Основное предназначение программного обеспечения – поиск и разработка лекарственных препаратов. Области применения включают генерацию конформаций, молекулярный докинг, сравнение форм, расчет зарядов и электростатических взаимодействий, химиоинформатику и визуализацию. Программное обеспечение разработано с акцентом на научную обоснованность, а также скорость, масштабируемость и платформенную независимость. OpenEye предоставляет значительную часть своих технологий в виде комплектов инструментов для индивидуальной разработки. Эти комплекты доступны на языках C++, Python, Java и C#.
Прикладное программное обеспечение
AFITT Кристаллографическое уточнение и анализ. BROOD Идентификация биоизостеров на основе сходства формы, химического состава и электростатических свойств. EON Анализ химического сходства посредством сравнения электростатического перекрытия. FastROCS Поиск трехмерной формы молекул в реальном времени с использованием технологии GPU. FILTER Молекулярный скрининг и отбор по физическим свойствам или функциональным группам. OEDocking Инструменты молекулярного докинга, включая FRED (быстрый докинг), HYBRID (докинг, управляемый лигандом) и POSIT (прогнозирование позы, управляемое лигандом). OMEGA Быстрая и точная генерация конформеров для линейных и макроциклических молекул. pKa Prospector База данных высококачественных измерений pKa. QUACPAC Таутомеры, состояния протонирования и заряды для малых молекул и белков. ROCS Анализ химического сходства с помощью быстрого поиска трехмерной формы молекул. SZMAP Определение участков связывания воды в белковом связывающем центре для повышения активности лиганда. SZYBKI Быстрая оптимизация силового поля лигандов в газовой фазе, растворе или в активном центре белка. VIDA Графический пользовательский интерфейс для визуализации, анализа и управления корпоративными коллекциями молекулярных структур и данных.
Инструментальные наборы
Библиотеки программирования, предоставляющие другим приложениям объектно-ориентированный доступ к определенному набору возможностей. OEChem TK – Хемоинформатика и обработка трехмерных молекулярных данных. OEDepict TK – Элегантное 2D-отображение структуры соединений. OEDocking TK – Молекулярный докинг и оценка аффинности связывания. Grapheme TK – Продвинутое отображение структуры соединений. GraphSim TK – Двумерные молекулярные отпечатки и вычисление сходства. Lexichem TK – Современное преобразование названий соединений в структуры и обратно с поддержкой нескольких языков. MolProp TK – Расчет и фильтрация двухмерных молекулярных свойств. QuacPac TK – Генерация таутомеров. Omega TK – Генерация конформеров. Shape TK – Сравнение молекулярных форм на основе трехмерных наложений. Spicoli TK – Быстрая генерация и манипулирование молекулярной поверхностью. Szmap TK – Водные взаимодействия в активном центре. Szykbi TK – Обобщенная оптимизация функций, например, оптимизация молекулярной структуры. Zap TK – Эффективный решатель уравнений Пуассона-Больцмана для электростатики.