Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Биоинформатикада SIDD – стресске түскен (ДНК) дуплекстің тұрақсыздануының қысқаша атауы. Бұл промотордың емес, ДНК-ның суперспиральдік (немесе топологиялық) қасиеттерінің тікелей әсерінен болатын ДНК-ның еруі. Ол Крейг Дж. Бенхам мен Ричард М. Фай жасаған ДНК-ның статистикалық механикалық талдауына негізделген. Бұл стресске байланысты ажырау бактериялық плазмидтердің ДНК-сының промоторлық аймақтарымен сәйкес келетіні және жасушалардың сыртқы ортаның өзгеруіне жаһандық жауабын, қай гендердің транскрипцияланатынын анықтау арқылы бағыттай алатыны көрсетілді. Есептеу моделі ДНК-ның берілген негіз жұптарының тізбегінің денатрулану ықтималдығын, сондай-ақ тізбектің энергиялық профилін есептейді. Осы энергиялық профиль техниканың атын анықтайды: төмен энергиялы негіз жұптары жоғары энергиялыларға қарағанда тұрақсыз (тұрақсызданады) және денатрулануға бейім. ДНК-ның байланысу санына (әсіресе оның бұрылу бөлігіне) байланысты стресс қос спиральдің (дуплекстің) тұрақсыздануына әкеледі; сондықтан, стресске түскен дуплекс тұрақсыздануы.
In bioinformatics, SIDD is short for Stress Induced (DNA) Duplex Destabilization. It is the melting of the DNA which is not induced by a promoter, but purely by the superhelical (also called topological) nature of the DNA. It is based on a statistical mechanics treatment of DNA made by Craig J. Benham and Richard M. Fye. This stress induced unwinding was shown to coincide with DNA promoter regions of bacterial plasmids and may direct the global response of cells to changes in their external environments by affecting which genes are transcribed. The computational model itself calculates the probability profile of a given base pair sequence of DNA to denature, as well as the energy profile of sequence. It is through this energy profile that the technique derives its name: base pairs at lower energies are less stable (destabilized) than those of higher energies and more likely to denature. Stress related to the linking number (specifically its twist component) of the DNA causes the destabilization of the double helix (duplex); hence, Stress Induced Duplex Destabilization.
Апельсин
Крейг Бенхам сонымен қатар кіріс ДНК тізбектерінің SIDD профилін есептейтін онлайн апплет әзірледі. Ол берілген базалық жұп тізбегінің денатруралану ықтималдығының профилін де көрсетеді, сондай-ақ денатруралану тізбектерінің санын және орналасқан жерін санайды. Толық SIDD есептеу әдісі машиналық өңдеу уақытын көп алады (оның күрделілігіне байланысты), сондықтан Бенхам және авторлар тобы ұсынған 1999 жылғы мақаладағы жеделдетілген алгоритм WebSIDD алгоритмінде қолданылады. Бұл жеделдетілген алгоритм кейбір конформациялық күйлердің үлесін ескермей, бөлініс функциясын қысқартады.
Craig Benham has also developed an online applet that calculates the SIDD profile of input DNA sequences. It also shows the probability profile for the given base pair sequence to denature, as well as counting the number and location of denaturation runs. As the full SIDD computational method takes up a large amount of machine processing time (due to its complex nature), an accelerated algorithm proposed by Benham, et al., in their 1999 paper is implemented in the WebSIDD algorithm. This accelerated algorithm truncates the partition function by ignoring contributions of certain conformational states.