Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Бактериялар тұқымдасы Bifidobacteriaceae – Bifidobacteriales орнындағы бактериялардың жалғыз тұқымдасы. "The All Species Living Tree" жобасы жариялаған 16S rRNA негізіндегі LTP 106 нұсқасы бойынша, Bifidobacteriales орны Micrococcineae кіші орнының ішінде орналасқан клада болып табылады. Сондай-ақ, Bifidobacterium тұқымдасы отбасының басқа тұқымдастарына парафилетикалық, яғни басқа тұқымдастар Bifidobacterium ішінде шоғырланған.
Family of bacteria
The Bifidobacteriaceae are the only family of bacteria in the order Bifidobacteriales. According to the 16S rRNA based LTP release 106 published by 'The All Species Living Tree' Project, the order Bifidobacteriales is a clade nested within the suborder Micrococcineae, also the genus Bifidobacterium is paraphyletic to the other genera within the family, i. e. the other genera are nested within Bifidobacterium.
Геномдық
Бифидобактериялар отрядының RpoB, RpoC және ДНК гираза B негізінде құрылған филогенетикалық ағашында Gardnerella vaginalis түрлері әртүрлі Bifidobacterium түрлерінің арасында тармақталады, бұл Bifidobacterium туысын полифилетті етеді. Егер G. vaginalis Bifidobacterium туысына қосылса, туыс монофилетті болар еді. Салыстырмалы талдау нәтижесінде, біріктірілген белок тізбектерінде Bifidobacteriales отрядына тән екі сақталған ерекше инделдер анықталды. Бірінші индел – L13 рибосомалық протеініндегі 1 аминқышқылының жойылуы, ол барлық Bifidobacteriales түрлерінде кездеседі, ал басқа Actinomycetota класында жоқ. Бұл бүкіл Bifidobacteriales отряды үшін потенциалды молекулалық маркер болып табылады. Екінші анықталған индел – глюкоза-6-фосфат дегидрогеназадағы 1 аминқышқылының қосылуы, ол барлық Bifidobacterium түрлерінде және G. vaginalis-та кездеседі, бірақ басқа Actinomycetota класында жоқ. Осылайша, бұл индел Bifidobacterium түрлері мен G. vaginalis-тан тұратын кладқа тән және осы туыстарды Bifidobacteriales отрядының қалған бөлігінен ажыратуға мүмкіндік береді. Сонымен қатар, Bifidobacteriales отрядына тән 16 сақталған ерекше белок анықталды, оларды осы отрядтың молекулалық маркерлері ретінде пайдалануға болады. Бұдан бөлек, Bifidobacterium және Gardnerella туыстарына тән 6 сақталған белок белгісі анықталды, бұл осы екі туыстың түрлерінің тығыз байланысты екенін көрсетеді және осы туыстардан тұратын клад үшін молекулалық маркерлерді ұсынады.
In a phylogenetic tree for the order Bifidobacteriales, based on RpoB, RpoC, and DNA Gyrase B, Gardnerella vaginalis branches between different Bifidobacterium species, which makes the genus Bifidobacterium polyphyletic. The genus could be made monophyletic if G. vaginalis were placed within Bifidobacterium. Comparative analysis of aligned protein sequences has led to the discovery of two conserved signature indels which are specific for the order Bifidobacteriales. The first indel, a 1 amino acid deletion in ribosomal protein L13, is found in all Bifidobacteriales species and no other Actinomycetota, providing a potential molecular marker for the entire Bifidobacteriales order. The second indel that has been identified is a 1 amino acid insertion in glucose 6 phosphate dehydrogenase found in all Bifidobacterium species and G. vaginalis, but not in any other Actinomycetota. This indel is thus characteristic of the clade consisting of Bifidobacterium species and G. vaginalis and can be used to distinguish these genera from the rest of the order Bifidobacteriales. 16 conserved signature proteins have also been identified which are unique to the order Bifidobacteriales and can be used as molecular markers for this order. Additionally, 6 conserved signature proteins which are unique to Bifidobacterium and Gardnerella have been identified, providing further evidence that species from these two genera are closely related and providing molecular markers for the clade consisting of these genera.
Филогения
Қазіргі таңда қабылданған таксономия Номенклатурадағы тұрақты тізіміндегі Прокариоттар тізіміне негізделген.
The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN).