Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Семейство бактерий
Family of bacteria
Bifidobacteriaceae – единственное семейство бактерий в отряде Bifidobacteriales. Согласно LTP release 106 на основе 16S рРНК, опубликованному проектом «The All Species Living Tree», отряд Bifidobacteriales представляет собой кладу, вложенную в подотряд Micrococcineae. Кроме того, род Bifidobacterium является парафилетическим по отношению к другим родам в этом семействе, то есть другие роды вложены внутрь рода Bifidobacterium.
The Bifidobacteriaceae are the only family of bacteria in the order Bifidobacteriales. According to the 16S rRNA based LTP release 106 published by 'The All Species Living Tree' Project, the order Bifidobacteriales is a clade nested within the suborder Micrococcineae, also the genus Bifidobacterium is paraphyletic to the other genera within the family, i. e. the other genera are nested within Bifidobacterium.
Генемика
В филогенетическом дереве отряда Bifidobacteriales, построенном на основе RpoB, RpoC и ДНК-гиразы B, Gardnerella vaginalis располагается между различными видами Bifidobacterium, что делает род Bifidobacterium полифилетическим. Род можно было бы сделать монофилетическим, если бы G. vaginalis был включен в состав Bifidobacterium. Сравнительный анализ выровненных последовательностей белков привел к обнаружению двух консервативных сигнатурных инделей, специфичных для отряда Bifidobacteriales. Первый индел, делеция в 1 аминокислоту в рибосомном белке L13, встречается во всех видах Bifidobacteriales и ни в одном другом представителе Actinomycetota, что делает его потенциальным молекулярным маркером для всего отряда Bifidobacteriales. Второй идентифицированный индел – это вставка в 1 аминокислоту в глюкозо-6-фосфат-дегидрогеназу, обнаруженная во всех видах Bifidobacterium и G. vaginalis, но отсутствующая у других представителей Actinomycetota. Таким образом, этот индел характерен для клады, состоящей из видов Bifidobacterium и G. vaginalis, и может быть использован для их отличия от остальной части отряда Bifidobacteriales. Также было выявлено 16 консервативных сигнатурных белков, уникальных для отряда Bifidobacteriales, которые могут служить молекулярными маркерами для этого отряда. Кроме того, идентифицировано 6 консервативных сигнатурных белков, уникальных для Bifidobacterium и Gardnerella, что предоставляет дополнительные доказательства тесного родства видов этих двух родов и обеспечивает наличие молекулярных маркеров для клады, состоящей из этих родов.
In a phylogenetic tree for the order Bifidobacteriales, based on RpoB, RpoC, and DNA Gyrase B, Gardnerella vaginalis branches between different Bifidobacterium species, which makes the genus Bifidobacterium polyphyletic. The genus could be made monophyletic if G. vaginalis were placed within Bifidobacterium. Comparative analysis of aligned protein sequences has led to the discovery of two conserved signature indels which are specific for the order Bifidobacteriales. The first indel, a 1 amino acid deletion in ribosomal protein L13, is found in all Bifidobacteriales species and no other Actinomycetota, providing a potential molecular marker for the entire Bifidobacteriales order. The second indel that has been identified is a 1 amino acid insertion in glucose 6 phosphate dehydrogenase found in all Bifidobacterium species and G. vaginalis, but not in any other Actinomycetota. This indel is thus characteristic of the clade consisting of Bifidobacterium species and G. vaginalis and can be used to distinguish these genera from the rest of the order Bifidobacteriales. 16 conserved signature proteins have also been identified which are unique to the order Bifidobacteriales and can be used as molecular markers for this order. Additionally, 6 conserved signature proteins which are unique to Bifidobacterium and Gardnerella have been identified, providing further evidence that species from these two genera are closely related and providing molecular markers for the clade consisting of these genera.
Филогения
В настоящее время общепринятая таксономия основана на Списке названий прокарiót с устоявшейся номенклатурой (LPSN).
The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN).