Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Фермент – вирусологияда қолданылатын термин.
Enzyme
the virology term
Pfu ДНК полимеразасы – гипертермофильді архея Pyrococcus furiosus-та табиғатта кездесетін фермент, ол жасуша бөліну кезінде ағзаның ДНК-сын көшіруге қатысады. Зертхана жағдайында Pfu полимераза тізбекті реакцияда (ПТР) ДНК-ны амплификациялау үшін қолданылады, мұнда фермент әрбір кеңейту кезеңінде ДНК-ның жаңа тізбегін көшірудің басты функциясын атқарады. Бұл В тобына жататын ДНК полимераза. Онда В тобы полимеразаларына тән, мысалы ДНК полимераза II сияқты, 3'-5' экзонуклеаза доменіне ұқсас RNase H бар.
Pfu DNA polymerase is an enzyme found in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus, where it functions to copy the organism's DNA during cell division. In the laboratory setting, Pfu is used to amplify DNA in the polymerase chain reaction (PCR), where the enzyme serves the central function of copying a new strand of DNA during each extension step. It is a family B DNA polymerase. It has an RNase H like 3' 5' exonuclease domain, typical of B family polymerase such as DNA polymerase II.
Pfu полимеразаның түзету қабілеті
Pfu ДНК полимеразасы Taq ДНК полимеразасына қарағанда жоғары термотұрақтылыққа және түзету қасиеттеріне ие. Taq ДНК полимеразасынан ерекшелігі, Pfu ДНК полимеразасы 3'-тен 5'-ке дейінгі экзонуклеазалық түзету белсенділігіне ие, яғни ДНК 5'-тен 3'-ке қарай құрастырылғанда, экзонуклеазалық белсенділік өсіп келе жатқан ДНК тізбегінің 3' ұшындағы қате енгізілген нуклеотидтерді дереу жояды. Осының салдарынан Pfu ДНК полимеразасы арқылы алынған ПТР фрагменттерінде Taq арқылы алынған ПТР инсерттеріне қарағанда қателер аз болады. Коммерциялық түрде қол жетімді Pfu әдетте 1,3 миллион негіз жұбына 1 қателік деңгейін көрсетеді және 1 кб фрагменттерді ПТР арқылы күшейткенде 2,6% мутацияланған өнімдерді береді. Дегенмен, Pfu баяу жұмыс істейді және 72°C температурада 1 кб ДНК-ны күшейту үшін әдетте цикл сайын 1-2 минут уақыт қажет. Pfu ДНК полимеразасын ПТР реакцияларында қолдану нәтижесінде сопақ ұштарлы ПТР өнімдері де алынады. Сондықтан Pfu ДНК полимеразасы жоғары дәлдікті ДНК синтезін қажет ететін техникалар үшін Taq ДНК полимеразасынан артық, бірақ Pfu-дың дәлдігін Taq полимеразасының жылдамдығымен алу үшін оны Taq полимеразасымен бірге де қолдануға болады. Олар 1996 жылы экзонуклеазаға тәуелді емес Pfu және толық Pfu үшін патенттер алды. "Deep Vent" (GB D штаммынан) және Pwo ДНК полимеразасы сияқты Pyrococcus штаммдарынан алынған басқа полимеразалар да қолданылған.
Pfu DNA polymerase has superior thermostability and proofreading properties compared with Taq DNA polymerase. Unlike Taq DNA polymerase, Pfu DNA polymerase possesses 3' to 5' exonuclease proofreading activity, meaning that as the DNA is assembled from the 5' end to 3' end, the exonuclease activity immediately removes nucleotides misincorporated at the 3' end of the growing DNA strand. Consequently, Pfu DNA polymerase generated PCR fragments will have fewer errors than Taq generated PCR inserts. Commercially available Pfu typically results in an error rate of 1 in 1.3 million base pairs and can yield 2.6% mutated products when amplifying 1 kb fragments using PCR. However, Pfu is slower and typically requires 1–2 minutes per cycle to amplify 1kb of DNA at 72 °C. Using Pfu DNA polymerase in PCR reactions also results in blunt ended PCR products. Pfu DNA polymerase is hence superior to Taq DNA polymerase for techniques that require high fidelity DNA synthesis, but can also be used in conjunction with Taq polymerase to obtain the fidelity of Pfu with the speed of Taq polymerase activity. They received patents for exonuclease deficient Pfu and the full Pfu in 1996. Other polymerases from Pyrococcus strains such as "Deep Vent" from strain GB D and Pwo DNA polymerase has also seen use.