Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Энзим, известный как Pfu ДНК-полимераза, — это фермент, обнаруженный в гипертермофильном археоне Pyrococcus furiosus, где он выполняет функцию копирования ДНК организма в процессе деления клеток. В лабораторных условиях Pfu используется для амплификации ДНК в полимеразной цепной реакции (ПЦР), где фермент играет центральную роль в копировании новой цепи ДНК на каждом этапе элонгации. Это ДНК-полимераза семейства B. Она обладает 3'-5' экзонуклеазным доменом, подобным RNase H, что характерно для полимераз семейства B, таких как ДНК-полимераза II.
Enzyme
the virology term
Pfu DNA polymerase is an enzyme found in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus, where it functions to copy the organism's DNA during cell division. In the laboratory setting, Pfu is used to amplify DNA in the polymerase chain reaction (PCR), where the enzyme serves the central function of copying a new strand of DNA during each extension step. It is a family B DNA polymerase. It has an RNase H like 3' 5' exonuclease domain, typical of B family polymerase such as DNA polymerase II.
Способность корректировки полимеразы Pfu
По сравнению с Taq ДНК-полимеразой, Pfu ДНК-полимераза обладает превосходной термостабильностью и способностью к вычитке ошибок. В отличие от Taq ДНК-полимеразы, Pfu ДНК-полимераза имеет 3'-5'-экзонуклеазную активность коррекции, что означает, что по мере сборки ДНК от 5'-конца к 3'-концу, эта активность немедленно удаляет ошибочно включенные нуклеотиды с 3'-конца растущей цепи ДНК. Следовательно, ПЦР-фрагменты, полученные с помощью Pfu ДНК-полимеразы, будут содержать меньше ошибок, чем ПЦР-вставки, полученные с помощью Taq ДНК-полимеразы. Коммерчески доступный Pfu обычно имеет частоту ошибок 1 на 1,3 миллиона пар оснований и может давать 2,6% мутировавших продуктов при амплификации фрагментов размером 1 кб с использованием ПЦР. Однако Pfu работает медленнее и обычно требует 1–2 минуты на цикл для амплификации 1 кб ДНК при 72 °C. Использование Pfu ДНК-полимеразы в ПЦР-реакциях также приводит к образованию ПЦР-продуктов с тупыми концами. Таким образом, Pfu ДНК-полимераза превосходит Taq ДНК-полимеразу для методов, требующих высокоточного синтеза ДНК, но также может использоваться в сочетании с Taq полимеразой для достижения точности Pfu при скорости, обеспечиваемой активностью Taq полимеразы. В 1996 году они получили патенты на Pfu с дефицитом экзонуклеазной активности и на полнофункциональную Pfu. Другие полимеразы из штаммов Pyrococcus, такие как "Deep Vent" из штамма GB D и Pwo ДНК-полимераза, также находят применение.
Pfu DNA polymerase has superior thermostability and proofreading properties compared with Taq DNA polymerase. Unlike Taq DNA polymerase, Pfu DNA polymerase possesses 3' to 5' exonuclease proofreading activity, meaning that as the DNA is assembled from the 5' end to 3' end, the exonuclease activity immediately removes nucleotides misincorporated at the 3' end of the growing DNA strand. Consequently, Pfu DNA polymerase generated PCR fragments will have fewer errors than Taq generated PCR inserts. Commercially available Pfu typically results in an error rate of 1 in 1.3 million base pairs and can yield 2.6% mutated products when amplifying 1 kb fragments using PCR. However, Pfu is slower and typically requires 1–2 minutes per cycle to amplify 1kb of DNA at 72 °C. Using Pfu DNA polymerase in PCR reactions also results in blunt ended PCR products. Pfu DNA polymerase is hence superior to Taq DNA polymerase for techniques that require high fidelity DNA synthesis, but can also be used in conjunction with Taq polymerase to obtain the fidelity of Pfu with the speed of Taq polymerase activity. They received patents for exonuclease deficient Pfu and the full Pfu in 1996. Other polymerases from Pyrococcus strains such as "Deep Vent" from strain GB D and Pwo DNA polymerase has also seen use.