Популяциялық дифференциацияны өлшеу: FST индексі – генетикалық құрылымды бағалауға арналған статистика. 0-ден 1-ге дейін өзгереді, маңызды айырмашылық 0.15-тен жоғары.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Халықтың дифференциациялану шамасы
Measure of population differentiation
Фиксация индексі (FST) – генетикалық құрылымға байланысты халықтың дифференциациялану шамасы. Ол көбінесе генетикалық полиморфизм деректерінен, мысалы, жалғыз нуклеотидтік полиморфизмдерден (ЖНП) немесе микросателлиттерден есептеледі. Райттың F статистикасының ерекше жағдайы ретінде жасалған, ол популяциялық генетикада ең көп қолданылатын статистикалардың бірі болып табылады. Оның мәндері 0-ден 1-ге дейін өзгереді, 0,15 – маңызды дифференциациялануды, ал 1 – толық дифференциациялануды көрсетеді.
The fixation index (FST) is a measure of population differentiation due to genetic structure. It is frequently estimated from genetic polymorphism data, such as single nucleotide polymorphisms (SNP) or microsatellites. Developed as a special case of Wright's F statistics, it is one of the most commonly used statistics in population genetics. Its values range from 0 to 1, with 0.15 being substantially differentiated and 1 being complete differentiation.
Есептеу
Іс жүзінде, анықтамалар үшін қолданылатын шамалардың ешқайсысын оңай өлшеу мүмкін емес. Осының салдарынан, әртүрлі бағалаулар ұсынылған. ДНК тізбегі деректеріне қолданылатын ерекше қарапайым бағалаушы:
In practice, none of the quantities used for the definitions can be easily measured. As a consequence, various estimators have been proposed. A particularly simple estimator applicable to DNA sequence data is:
мұндағы және – әртүрлі субпопуляциялардан немесе бір субпопуляциядан алынған екі жеке тұлға арасындағы жұптық айырмашылықтардың орташа санын көрсетеді. Популяция ішіндегі орташа жұптық айырмашылық, жұптардың санына бөлінген жұптық айырмашылықтардың қосындысы арқылы есептеледі. Дегенмен, бұл бағалау, үлгілердің мөлшері кішкентай болғанда немесе популяциялар арасында олар әртүрлі болғанда қате нәтиже береді. Сондықтан, FST-ны есептеу үшін тәжірибеде күрделірек әдістер қолданылады. Ең көп қолданылатын процедуралардың екеуі – Вейр мен Кокерхамның (1984) бағалаушысы немесе молекулалық дисперсияны талдау. Осы әдістерді іске асыру тізімі осы мақаланың соңында келтірілген.
where and represent the average number of pairwise differences between two individuals sampled from different sub populations or from the same sub population The average pairwise difference within a population can be calculated as the sum of the pairwise differences divided by the number of pairs. However, this estimator is biased when sample sizes are small or if they vary between populations. Therefore, more elaborate methods are used to compute FST in practice. Two of the most widely used procedures are the estimator by Weir & Cockerham (1984), or performing an Analysis of molecular variance. A list of implementations is available at the end of this article.
Адамдағы FST
FST мәндері таңдалған популяцияларға күшті түрде байланысты. Даниялықтар мен голландиялықтар, португалдар мен испандар сияқты жақын этностық топтар 1%-дан төмен мәндерді көрсетеді, олар панмиксиядан ажырату мүмкін емес. Еуропа ішінде ең әртүрлі этностық топтардың мәндері шамамен 7% құрайды (самилер мен сардиниялықтар). Егер өте әртүрлі гомогенді топтар салыстырылса, жоғары мәндер табылады: Мбути және Папуа арасындағы ең жоғары мән шамамен 46% болды. 0,125 генетикалық қашықтық, әлемдік популяцияға қатысты, бір ата-тектің туыс емес адамдары арасындағы туыстық дәрежесі, кездейсоқ жұптасушы популяциядағы жартылай бауырлар арасындағы туыстық дәрежесімен тең екенін көрсетеді. Сондай-ақ, егер белгілі бір ата-тектік популяциядан шыққан адамның аралас жарты бауыры болса, онда ол адам өз ата-тектік популяциясынан шыққан туыс емес адамға қарағанда, аралас жарты бауырына генетикалық жағынан жақын болады.
FST values depend strongly on the choice of populations. Closely related ethnic groups, such as the Danes vs. the Dutch, or the Portuguese vs. the Spaniards show values significantly below 1%, indistinguishable from panmixia. Within Europe, the most divergent ethnic groups have been found to have values of the order of 7% (Sámi vs. Sardinians). Larger values are found if highly divergent homogenous groups are compared: the highest such value found was at close to 46%, between Mbuti and Papuans. A genetic distance of 0.125 implies that kinship between unrelated individuals of the same ancestry relative to the world population is equivalent to kinship between half siblings in a randomly mating population. This also implies that if a human from a given ancestral population has a mixed half sibling, that human is closer genetically to an unrelated individual of their ancestral population than to their mixed half sibling.