Кіріспе

Биологиялық модельдер үшін XML файл форматы

Жүйелік биология таңбалау тілі (SBML) – биологиялық процестердің есептеу модельдерін жеткізу және сақтау үшін XML негізіндегі бейнелеу форматы. Оның мақсаты модельдеушілерге шикі XML жазу немесе GUI құралдарын пайдаланбастан модельдерді жылдам жасауға мүмкіндік беру болды. Екі Python құралы ұсынылады: mod2sbml.py және sbml2mod.py. Айналдыруға көмектесу үшін Python үшін libSBML жинағы қажет. Қазіргі уақытта SBML қысқартуы SBML 3-деңгейінің 1-нұсқасын қолдайды. Төмендегі код энзим-субстрат механизмін сипаттау үшін қолданылатын SBML қысқартуының мысалы болып табылады. @compartments cell=1 @species cell:Substrate=10 cell:Enzyme=5 cell:Complex=0 cell:Product=0 @parameters k1=1 k1r=2 @reactions @rr=Binding Substrate+Enzyme > Complex k1*Substrate*Enzyme k1r*Complex @r=Conversion Complex > Product + Enzyme kcat*Complex : kcat=3

Қауымдастық

2020 жылдың ақпан айына дейін шамамен 300 бағдарламалық жүйе SBML қолдауын ұсынатынын мәлімдейді. Ағымдағы тізім SBML Бағдарламалық қамтамасыз ету нұсқауы түрінде қолжетімді, ол SBML.org сайтында орналасқан. SBML жүйелік биология үшін бағдарламалық платформалар құратын мамандар қауымдастығының белсенді электрондық пошта тізімдері және екі жылдық семинарлар арқылы жасалған және жасалуда. Кездесулер көбінесе басқа биологиялық конференциялармен, әсіресе Халықаралық жүйелік биология конференциясымен (ICSB) бірге өткізіледі. Қоғамдық жұмысты сайланған бес мүшеден тұратын редакциялық алқа үйлестіреді. Әр редактор 3 жылға сайланады, мерзімі қайта жаңартылмайды. Онлайн модельді тексеру құралы, сондай-ақ C, C++, Java, Python, Mathematica, MATLAB және басқа да тілдерде бағдарламаланған бағдарламалық жасақтамаға SBML енгізуге арналған ашық кодты кітапханалар сияқты құралдар SBML тобымен және кең SBML қауымдастығымен бірлесіп әзірленеді.