Введение

XML-формат файла для биологических моделей

Язык разметки системной биологии (SBML) – это формат представления, основанный на XML, для обмена и хранения вычислительных моделей биологических процессов. Его целью было предоставить моделировщикам возможность быстрее создавать модели, не прибегая к написанию "сырого" XML-кода или использованию инструментов с графическим интерфейсом. Предоставлены два инструмента Python: mod2sbml.py и sbml2mod.py. Для помощи в преобразовании требуется пакет libSBML для Python. В настоящее время сокращённая нотация SBML поддерживает SBML Level 3, версия 1. Следующий код является примером использования сокращённой нотации SBML для описания простой схемы ферментативно-субстратного механизма. @compartments
cell=1
@species
cell:Substrate=10
cell:Enzyme=5
cell:Complex=0
cell:Product=0
@parameters
k1=1
k1r=2
@reactions
@rr=Binding
Substrate+Enzyme > Complex
k1*Substrate*Enzyme k1r*Complex
@r=Conversion
Complex > Product + Enzyme
kcat*Complex : kcat=3

Сообщество

По состоянию на февраль 2020 года почти 300 программных систем заявляют о поддержке SBML. Актуальный список доступен в виде Руководства по программному обеспечению SBML, размещенного на сайте SBML.org. SBML разрабатывается и продолжает разрабатываться сообществом людей, создающих программные платформы для системной биологии, посредством активных рассылок и двухгодичных семинаров. Эти встречи часто проводятся совместно с другими биологическими конференциями, в частности с Международной конференцией по системной биологии (ICSB). Координацию работы сообщества осуществляет избранный редакционный совет, состоящий из пяти членов. Каждый редактор избирается на трехлетний несменяемый срок. Инструменты, такие как онлайн-валидатор моделей, а также библиотеки с открытым исходным кодом для интеграции SBML в программное обеспечение, написанное на языках C, C++, Java, Python, Mathematica, MATLAB и других, разрабатываются частично командой SBML, а частично более широким сообществом SBML.