Протеин домендері, отбасылары және функционалдық орталықтар базасы PROSITE
PROSITE
PROSITE – ақуыздық домендер, отбасылар және функционалдық орталар туралы дерекқор. Swiss Prot ақуыз аннотациясымен байланысты, 1988 жылдан бері қолданылады.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Ақуыз домендері, отбасылары және функционалдық ошақтары туралы деректер базасы
Database of protein domains, families and functional sites
PROSITE – ақуыз деректер базасы. Ол ақуыз отбасыларын, домендерін және функционалдық ошақтарын, сондай-ақ олардың құрамындағы аминқышқылдарының үлгілерін және профильдерін сипаттайтын жазбалардан тұрады. Бұл деректер Швейцария биоинформатика институтының командасымен қолмен жинақталып, Swiss-Prot ақуыз аннотациясына тығыз интеграцияланған. PROSITE 1988 жылы Амос Байрох құрған, ол 20 жылдан астам уақыт бойы топты басқарды. 2018 жылдың шілдесінен бастап PROSITE және Swiss-Prot директоры – Алан Бридж. PROSITE-тің қолданылуына жаңадан ашылған ақуыздардың мүмкін функцияларын анықтау және бұрын анықталмаған белсенділігі бар белгілі ақуыздарды талдау жатады. Жақсы зерттелген гендердің қасиеттері биологиялық жақын туысқан организмдерге таратылуы мүмкін, ал түрлі немесе аз белгілі гендердің биохимиялық функциялары ұқсастықтар арқылы болжануы мүмкін. PROSITE ақуыз тізбегін талдау және мотивтерді анықтау құралдарын ұсынады (қ. реттілік мотивтері, PROSITE үлгілері). Бұл ExPASy протеомика талдау серверлерінің бір бөлігі. ProRule деректер базасы PROSITE домендерінің сипаттамаларына негізделген. Ол функционалдық немесе құрылымдық тұрғыдан маңызды аминқышқылдары туралы қосымша ақпарат береді. Ережелер биологиялық маңызды қалдықтар туралы ақпаратты қамтиды, мысалы, белсенді ошақтар, субстрат немесе кофактор байланыс ошақтары, посттрансляциялық модификация ошақтары немесе дисульфидтік байланыстар, функцияны анықтауға көмектеседі. Олар PROSITE мотивтеріне негізделген аннотацияларды автоматты түрде жасауға мүмкіндік береді.
PROSITE is a protein database. It consists of entries describing the protein families, domains and functional sites as well as amino acid patterns and profiles in them. These are manually curated by a team of the Swiss Institute of Bioinformatics and tightly integrated into Swiss Prot protein annotation. PROSITE was created in 1988 by Amos Bairoch, who directed the group for more than 20 years. Since July 2018, the director of PROSITE and Swiss Prot is Alan Bridge. PROSITE's uses include identifying possible functions of newly discovered proteins and analysis of known proteins for previously undetermined activity. Properties from well studied genes can be propagated to biologically related organisms, and for different or poorly known genes biochemical functions can be predicted from similarities. PROSITE offers tools for protein sequence analysis and motif detection (see sequence motif, PROSITE patterns). It is part of the ExPASy proteomics analysis servers. The database ProRule builds on the domain descriptions of PROSITE. It provides additional information about functionally or structurally critical amino acids. The rules contain information about biologically meaningful residues, like active sites, substrate or co factor binding sites, posttranslational modification sites or disulfide bonds, to help function determination. These can automatically generate annotation based on PROSITE motifs.
Статистика
2022 жылғы деректер бойынша, 2022 01 нұсқасында 1,902 құжаттама жазбасы, 1,311 үлгі, 1,336 профиль және 1,352 ProRules тіркелген.
as of 2022, release 2022 01 has 1,902 documentation entries, 1,311 patterns, 1,336 profiles, and 1,352 ProRules.