Введение

База данных доменов, семейств и функциональных участков белков

PROSITE – это база данных белков, состоящая из записей, описывающих семейства белков, домены и функциональные участки, а также аминокислотные паттерны и профили в них. Эти записи курируются вручную командой Швейцарского института биоинформатики и тесно интегрированы в аннотацию белков Swiss-Prot. PROSITE была создана в 1988 году Амосом Байрохом, который руководил группой более 20 лет. С июля 2018 года директором PROSITE и Swiss-Prot является Алан Бридж. Области применения PROSITE включают идентификацию возможных функций вновь открытых белков и анализ известных белков для выявления ранее не установленной активности. Свойства хорошо изученных генов могут быть перенесены на биологически родственные организмы, а для различных или малоизвестных генов биохимические функции могут быть предсказаны на основе сходства. PROSITE предоставляет инструменты для анализа последовательностей белков и обнаружения мотивов (см. мотив последовательности, паттерны PROSITE). Она является частью серверов анализа протеомики ExPASy. База данных ProRule основана на описаниях доменов PROSITE и содержит дополнительную информацию о функционально или структурно важных аминокислотах. Правила содержат информацию о биологически значимых остатках, таких как активные центры, участки связывания субстрата или кофактора, участки посттрансляционной модификации или дисульфидные связи, что помогает в определении функции. Они могут автоматически генерировать аннотации на основе мотивов PROSITE.

Статистика

Начиная с 2022 года, выпуск 2022 01 включает 1902 элемента документации, 1311 шаблонов, 1336 профилей и 1352 правила ProRules.