Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Репрезентациялық олигонуклеотид микроаррельдік талдау (ROMA) - 2003 жылы Майкл Виглер мен Роб Луситоның Колд Спринг Харбор зертханасында (CSHL) әзірлеген әдісі. Виглер мен Луцито қазіргі уақытта РОМА-ны пайдаланып, қатерлі ісік пен басқа да генетикалық аурулардағы геномдық көшірме санының өзгеруін зерттеу үшін CSHL-де зертханалар жүргізеді. Бұл әдісте екі геномның көшірме санының айырмашылығы микроарреде салыстырылады. ROMA технологиясы RDA (Representational Difference Analysis) деп аталатын бұрынғы әдістен пайда болды. ROMA басқа салыстырмалы геномдық гибридтеу (CGH) әдістерімен салыстырғанда, микроарреге геномдық фрагмент гибридтеудің тиімділігін жоғарылататын шектеу ферментімен геномның күрделілігін азайтудың артықшылығы бар. ROMA-да геном рестрикциялық ферментпен өңделеді, рестрикциялық фрагменттің жабысқақ ұштарына тән адаптерлермен байланады және ПТР-мен күшейтеді. ПТР кезеңінен кейін бүкіл геномның бейнелері (шектеу фрагменттері) екі геномдағы салыстырмалы көбеюді, азаюды немесе бірдей көшірме санын сақтауды білдіру үшін күшейтеді. Екі түрлі геномның бейнелері әр түрлі флюорофорлармен таңбаланады және бүкіл адам геномның әр жеріне тән зондтармен микромассивке біріктіріледі. ROMA микроаррель суреті талдауы аяқталғаннан кейін бүкіл адам геномның көшірме нөмірі профилі жасалады. Бұл зерттеушілерге бүкіл геномда болатын ампликацияларды (ампликондарды) және deletions-ті жоғары дәлдігімен анықтауға мүмкіндік береді. Қатерлі ісік кезінде геном өте тұрақсыз болады, нәтижесінде белгілі бір аймақтар жойылуы мүмкін (егер олар ісік қысымшысын қамтитын болса) немесе күшейтеді (егер олар онкогенді қамтитын болса). Көбейтулер мен өшірулер қалыпты адам популяциясында да байқалды және олар көшірме саны полиморфизмдері (CNP) деп аталады. Джонатан Себат 2004 жылы "Science" журналында осы CNP-тер адамның геномдық өзгеруіне себепші болатынын және біздің фенотиптік айырмашылықтарға ықпал етуі мүмкін екенін баяндаған алғашқы зерттеушілердің бірі болды. Қазіргі уақытта адамда қалыпты өзгерістер мен аутизм сияқты неврологиялық аурулар кезінде CNP-тің рөлін түсіну үшін үлкен зерттеулер жүргізілуде. Геномның қай аймақтарында аурулардың көшірме санының полиморфизмі бар екенін түсіну арқылы ғалымдар ақыр соңында асыра экспрессияланған немесе жойылған гендерді анықтап, генетикалық ауруларды емдеу үшін осы гендерді өтейтін дәрі-дәрмектерді жасай алады.
Representational oligonucleotide microarray analysis (ROMA) is a technique that was developed by Michael Wigler and Rob Lucito at the Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) in 2003. Wigler and Lucito currently run laboratories at CSHL using ROMA to explore genomic copy number variation in cancer and other genetic diseases. In this technique, two genomes are compared for their differences in copy number on a microarray. The ROMA technology emerged from a previous method called representational difference analysis (RDA). ROMA, in comparison to other comparative genomic hybridization (CGH) techniques, has the advantage of reducing the complexity of a genome with a restriction enzyme which highly increases the efficiency of genomic fragment hybridization to a microarray. In ROMA, a genome is digested with a restriction enzyme, ligated with adapters specific to the restriction fragment sticky ends and amplified by PCR. After the PCR step, representations of the entire genome (restriction fragments) are amplified to pronounce relative increases, decreases or preserve equal copy number in the two genomes. The representations of the two different genomes are labeled with different fluorophores and co hybridized to a microarray with probes specific to locations across the entire human genome. After analysis of the ROMA microarray image is completed, a copy number profile of the entire human genome is generated. This allows researchers to detect with high accuracy amplifications (amplicons) and deletions that occur across the entire genome. In cancer, the genome becomes very unstable, resulting in specific regions that may be deleted (if they contain a tumor suppressor) or amplified (if they contain an oncogene). Amplifications and deletions have also been observed in the normal human population and are referred to as Copy Number Polymorphisms (CNPs). Jonathan Sebat was one of the first researchers to report in the journal 'Science' in 2004 that these CNPs give rise to human genomic variation and may contribute to our phenotypic differences. Tremendous research efforts are being conducted now to understand the role of CNPs in normal human variation and neurological diseases such as autism. By understanding which regions of the genome have undergone copy number polymorphisms in disease, scientists can ultimately identify genes that are overexpressed or deleted and design drugs to compensate for these genes to cure genetic diseases.