Введение
Программное обеспечение для визуализации макромолекул
RasMol — это компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекулярной графики и в основном используемая для отображения и исследования структур биологических макромолекул, таких как структуры, содержащиеся в Банке данных белков (PDB).
История
Первоначально он был разработан Роджером Сэйлом в начале 1990-х годов. Исторически, это был важный инструмент для молекулярных биологов, поскольку чрезвычайно оптимизированная программа позволяла программному обеспечению работать на (тогда) персональных компьютерах с умеренной вычислительной мощностью. До появления RasMol программное обеспечение для визуализации работало на графических рабочих станциях, которые из-за своей стоимости были менее доступны для исследователей. RasMol продолжает играть важную роль в исследованиях в области структурной биологии и стал важным инструментом в образовании. RasMol имеет сложную историю лицензирования. Начиная с версии 2.7, исходный код RasMol лицензируется по двойной лицензии: GNU General Public License (GPL) или пользовательской лицензии RASLIC. Начиная с версии 2.7.5, GPL является единственной действующей лицензией для бинарных дистрибутивов. RasMol включает в себя язык скриптов, позволяющий выполнять множество функций, таких как выбор определенных белковых цепей, изменение цветов и т.д. Программы Jmol и Sirius включили этот язык в свои команды. Файлы базы данных белков (PDB) можно загрузить для визуализации с ресурсов участников Всемирной базы данных белков (wwPDB). Эти файлы были загружены исследователями, которые определили структуру молекул, как правило, с помощью рентгеновской кристаллографии, спектроскопии ЯМР белков или криоэлектронной микроскопии.
Межпроцессная связь
Rasmol может взаимодействовать с другими программами через Tcl/Tk в системах Unix и через Dynamic Data Exchange (DDE) в Microsoft Windows. Класс Java, отвечающий за работу с программой множественного выравнивания последовательностей, может свободно использоваться в других приложениях.