Макромолекулаларды визуализациялауға арналған бағдарламалық құрал
RasMol
RasMol бағдарламасы – макромолекулалардың 3D моделін көрсетуге арналған құрал. Құрылымдық биология зерттеулерінде, білім беруде маңызды. PDB деректерін қолдайды.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Макромолекулаларды визуализациялауға арналған бағдарламалық құрал
Software for the visualisation of macromolecules
RasMol – молекулалық графиканы визуализациялау үшін жазылған компьютерлік бағдарлама, ол негізінен Ақуыздық деректер банкінде (PDB) сияқты кездесетін биологиялық макромолекулалардың құрылымын көрсету және зерттеуге арналған.
RasMol is a computer program written for molecular graphics visualization intended and used mainly to depict and explore biological macromolecule structures, such as those found in the Protein Data Bank (PDB).
Тарих
Оны 1990 жылдардың басында Роджер Сейл әзірледі. Тарихи тұрғыдан алғанда, бұл молекулалық биологтар үшін маңызды құрал болды, себебі жоғары сапалы оңтайландырылған бағдарлама бағдарламалық жасақтаманы сол кездегі орташа қуатты жеке компьютерлерде жұмыс істеуге мүмкіндік берді. RasMol-ға дейін визуализация бағдарламалары графикалық жұмыс станцияларында іске қосылды, олардың құны жоғары болғандықтан ғалымдар үшін қолжетімділігі шектеулі болды. RasMol құрылымдық биология саласындағы зерттеулер үшін маңыздылығын сақтап келеді және білім беруде кеңінен қолданылады. RasMol лицензиялық шарттарының тарихы күрделі. 2.7 нұсқасынан бастап RasMol бастапқы коды GNU General Public License (GPL) немесе RASLIC жеке лицензиясы бойынша қос лицензиямен ұсынылады. 2.7.5 нұсқасынан бастап, бинарлық таратулар үшін жарамды жалғыз лицензия GPL болып табылады. RasMol құрамына скрипт тілі кіреді, ол белгілі бір ақуыз тізбектерін таңдау, түстерді өзгерту сияқты көптеген функцияларды орындауға мүмкіндік береді. Jmol және Sirius бағдарламалық жасақтамалары осы тілді өз командаларына енгізген. Протеиннің деректер банкінен (PDB) файлдарды Дүниежүзілік протеиннің деректер банкінің (wwPDB) мүшелерінен визуализация үшін жүктеуге болады. Бұл файлдарды молекулалардың құрылымын рентгендік кристаллография, ақуыздық ЯМР спектроскопиясы немесе криогендік электронды микроскопия арқылы анықтаған зерттеушілер жүктеген.
It was originally developed by Roger Sayle in the early 1990s. Historically, it was an important tool for molecular biologists since the extremely optimized program allowed the software to run on (then) modestly powerful personal computers. Before RasMol, visualization software ran on graphics workstations that, due to their cost, were less accessible to scholars. RasMol continues to be important for research in structural biology, and has become important in education. RasMol has a complex licensing version history. Starting with the version 2.7 series, RasMol source code is dual licensed under a GNU General Public License (GPL), or custom license RASLIC. Starting with version 2.7.5, a GPL is the only license valid for binary distributions. RasMol includes a scripting language, to perform many functions such as selecting certain protein chains, changing colors, etc. Jmol and Sirius software have incorporated this language into their commands. Protein Data Bank (PDB) files can be downloaded for visualization from members of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). These have been uploaded by researchers who have characterized the structure of molecules usually by X ray crystallography, protein NMR spectroscopy, or cryogenic electron microscopy.
Процестер арасындағы байланыс
Расмол Unix платформаларында Tcl/Tk және Microsoft Windows жүйесінде Dynamic Data Exchange (DDE) арқылы басқа бағдарламалармен байланыса алады. Көп тізбектік туралау бағдарламасымен бірге, жауапты Java класын басқа қолданбаларда еркін қолдануға болады.
Rasmol can communicate with other programs via Tcl/Tk on Unix platforms, and via Dynamic Data Exchange (DDE) on Microsoft Windows. With a multiple sequence alignment program, the responsible Java class can be freely used in other applications.